还在1837—1838年，当达尔文刚刚相信了关于物种是变异的产物的见解时，他就不得不趋向于一种想法，就是：人类也应该是依照同样的法则而出世的。因此，他就开始收集人类起源方面的材料。不过，因为材料很少，而且说服力不强，所以，达尔文并没有把它发表出来的任何意图。而且，当时，对他来说更重要的是物种问题。如果达尔文光是摆出对人类起源的观点，而并不提出任何证据来加以充实，那么对于《物种起源》这一著作的成功来说，不但没有益处，反而会有害。达尔文在《物种起源》第1版中，关于“大量光明将投射在人类的起源和他们的历史上”的一句话，就引起了对达尔文的理论极其猛烈的攻击。
随着时间的推移，达尔文的进化论逐渐被人们所接受。到1867年，在英国比任何人都更强烈地反对他的“伦敦昆虫学会”的会员们，除了两三个老人以外，也都“在某种程度上同意”他的观点。甚至在达尔文的理论影响较小的法国，古生物学家也拿起了“进化论”这个思想武器。日内瓦国民协会的主席卡尔·福格特在1969年也说：“没有人再敢坚持——至少在欧洲是这样——物种全然是独立地被创造出来的。”
达尔文的进化学说日益被人们接受后，关于人类的起源这个问题，自然而然地被提出来了。最先是达尔文的才华横溢的朋友赫胥黎对“人类在自然界的地位”这一问题作了许多研究，而且特别细致地研究了类人猿的脑和人脑的构造，因为人们认为脑体结构正是人和所有其他哺乳动物在身体上最主要的差别。赫胥黎在和奥温的论战中证明，并不是这么一回事。
华莱士在人类问题上有自己独特的见解。他认为：人类的祖先通过自然选择而获得的体质在人脑充分发达后不再改变，人类往后的整个进步，是与已经达到高水平的人类智能发展相联系的，人类的智能发展导致了发明工具，交通工具，火等等。
他认为，人类种族之间的斗争，过去是而且将来也是更多地取决于精神的后天变异，而不是更多地取决于身体，即更多地取决于人的智力和道德上的品质。当人仅仅在智力上，在脑和颅骨的结构上变化时，动物则借助于选择仅仅在肉体上发生变化。动物和人之间的差别先达到了属的程度，也可能是达到了科的程度。由于人类这种古老性，所以人种也像哺乳动物种同样古老。如果赫胥黎根据人体特征指出人类这一种的等级，那么人类这一科学起源就可以追溯到更远，即现在一些哺乳动物目首次形成的那个时候。因此华莱士认为，根据人类的起源及其大脑的发展情况来划分人类的等级是可能的。同样，他也把人种的形成推迟了很久，他认为，人种体质上的特征与当前人种的地理分布无关，因为各种人种有足够的时间远离他们形成的地方。
赫克尔在1868年问世的《自然创造史》中，详细地研究了人类起源这一问题。
人们在认识上的进步，特别是越来越多的自然科学家完全赞成了物种进化学说，使达尔文打消了顾虑，开始着手整理、加工自己关于人类起源方面的笔记，准备出版。当然他也清楚，在他所处的那个时代，用以说明人类的进化这个问题，还缺乏像生物的现在和过去的地理分布及其所处的地质层序列这样一些问题的颇有成效地一般说明生物进化的“强有力的证据”。因此，达尔文不得不只限于研究一些例接的证据，这些证据足以使人相信人类起源于某种低级的生物，足以做出人类是怎样发展来的这样的设想。
起初，《人类的起源及性选择》这本书打算写成《关于人类的一章》，但是很快达尔文就决定出一本篇幅不大的书，其中有一章写人和动物的感觉的表现。他在1842年和1844年的两个《概要》中就已经表述过的性选择原则，并在动物界各纲中运用这一理论。
这样，已构思好的书篇幅越来越大。有关这本书的材料的收集工作，在1867年因写其他几部著作而中断了几次，也因他的健康状况几度恶化而停顿。1869年华莱士在《每季评论》上，发表了一篇评论赖尔第十版《地质学原理》和第六版《地质学要素》的文章。文章涉及到赖尔及赖尔接受达尔文进化学说理论的问题；陈述了华莱士本人对人类起源的观点，而这些观点与达尔文的观点截然相反。这篇文章的发表，促使达尔文更紧张地编写《人类的起源》。达尔文在1869年4月14日给华莱士的信中，非常赞赏他写赖尔的地质思想在科学史上的作用和意义的文章的第一部分，也夸奖他“非常出色地”论述了自然选择理论；达尔文在对华莱士的过分谦虚略表埋怨后，谈到了文章的第二部分：“要是您不告诉我，我会以为这些话（即关于人类起源问题的那些意见）是另外某个人胡乱加上去的（因为文章是匿名的）。正如您所预料的一样，我是忧郁的，同您的意见极不相同，这使我感到痛心。关于人类，我不认为有必要把离得比较远的直接原因扯上来。不过这个问题太大了，在一封信中是讨论不了的。我特别高兴谈到您的推论，因为目前我正在写人类问题，并且考虑得很多。”毫无疑问，1864年，特别是1870年，是他写《人类的起源》最紧张的时刻。1870年8月底似前，该书脱稿，耗时3年，8月30日付印。
书的布局很差，确实，有一半以上的篇幅是谈性选择理论和应用该理论来解释动物第二性征的产生问题。涉及到人类的那一部分篇幅较小，其中不少于三分之一是讨论人种和人种借助性选择而产生的问题，而其余的三分之二，则专谈整个人类起源的问题。我们认为从前面六章开始来分析达尔文这本书是恰当的。
达尔文在第一章叙述了他所收集的许多事实，这些事实证明人类非常明显起源于某种低等生物，在另一章中，他详细地研究了人类由低等生物发展起来的方式。还有三章专谈人的智能和动物智能的比较以及人的智能的发展问题。达尔文和华莱士之间的意见分歧正在于此，也正是在这里，达尔文认为有必要用全部事实来反驳华莱士的思想。第六章结束了书的这一部分，并且明确了人类在动物界体系里占据什么地位和人类的谱系一般是怎样的这样一个问题。
总之，达尔文在第一章中，详细地研究了人体的构造。人的骨骼、肌肉、神经、血管和内脏，所有这一切都表明人是哺乳动物，具有哺乳动物的一切特征。奥温和其他一些作者当年曾用来区分人和其他哺乳动物那种人和类人猿在脑构造方面的差别，正如赫胥黎已经指出的那样，实际上比类人猿和其他最接近类人猿的猴子（如长尾猴和蛮猴）之间的差别还要小。人和猴子之间的极大相似之处在生理学上也表现出来了：共同的疾病，药物的相同作用，甚至像抽烟、喝酒等等所引起的快感也是相同的。人类的增殖和发育无疑具有猴子所固有的特点：所生的婴儿也是弱小无力的，性别也是各不相同的。
人的胚胎发育，首先同其他哺乳动物，甚至同其他脊椎动物纲，有共同的特征：卵细胞的大小和其他哺乳动物相同，和所有其他脊椎动物纲有一样的鳃沟；人的脚和手也像蜥蜴、鸟和哺乳动物的胚胎上的脚和手，有同样的位置。接着达尔文引用了所有当时大家都知道的比较胚胎学方面的成就：搏动的血管状的心脏装置，胎儿排泄腔的形成，一条发育虽不完全但是真正的尾巴的尾骨的存在，人体胚胎的沃尔夫氏体——长成的鱼的肾脏同系物的发育。他指出，7个月的胎儿的大脑皱壁，就像成年的猩猩的大脑皱壁一样。他在援引赫胥黎的话时指出：“人无可争辩地相似猴子有过于猴子相似狗。”
达尔文特别注意人的未发育器官（痕迹器官）。他强调指出，这些器官毫无用处，它们具有特别的变异性以及常有返祖现象。他描述了人的皮下肌肉能抽动皮肤的残存现象（其他哺乳动物，比如马的皮下肌肉都能抽动皮肤），肌肉能耸动眉毛和颈肌的残存现象，这种颈肌已经不能任意收缩；他谈到了一些返祖现象（收缩某些皮下肌肉的能力），这就是在个别人的身上作为例外现象出现的一种能力，例如摆动耳朵的能力，这种能力经常作为一个家庭的特点遗传下去。他指出，猩猩和黑猩猩的耳朵不能摆动，这是与人的耳朵相似的缘故，指出人的外耳存在特别的、微尖的突出部，后来这一部分被称之为“达尔文突出部”，他把这一部分看作是哺乳动物耳朵尖部的同系物。他举出人的眼睛上的半月形皱纹，说这是第三眼睑或者说是瞬膜的同系物。原始人种的嗅觉比较灵敏，他把这看作是过去留下来的遗传物。他认为，人的头发又长又密，这只是过去某个时候祖先周身都有浓密的毛发层这一现象的残余。对一些人眉毛中夹有几根长毛（这也是蛮猴和一些狒狒所具有的特征）的现象，他也是这样解释的。他用这一观点还研究了细毛——6个月的胎儿身上有茸毛状的毛发层。
达尔文也确定了其他痕迹器官在特征范围上差异比较大的一些情况，例如智齿，对文明的种族来说，是无关紧要的，而对另一些人种来说，却是非常发达的。他强调指出阑尾——人的盲肠缩短部分的残余——的变异性。他指出在凶猛的、有许多育儿袋的狐猴的肱骨下端，有一条发育得很好的管道（神经和动脉的通道），而人的这一管道，有时却只有它的明显的痕迹存在。他把人的尾骨看作是已经完全丧失功能的第三节尾椎骨早已形成的痕迹器官。他把脊髓的末端纤维、男子的乳腺和所谓的前列腺囊——男子子宫的同系物都列入痕迹器官。达尔文不同于他的前辈，即使是在这里，他也是以充分的事实来说明问题的。
