由于历史的原因，“国大代表”还是“行宪”时选举的第一届“国代”，还存在一批拥蒋派。在这一次蒋经国去世后的第一次“总统”选举中，“国代”拥蒋派配合宋美龄、蒋纬国、林洋港、郝柏村以及李焕等人，与李登辉较量。亲蒋势力一边在李焕出局的同时，一边推出蒋家传人蒋纬国出场竞争。非主流派制定了周密的计划，一是进行文宣攻势，为蒋纬国造势；二是成立组织为蒋助威。从1989年10月中旬以来，先后成立了“各界支援贤能人士竞选委员会”。“拥护蒋纬国竞选总统助选团后援会”、“中华全民民主统一会”等三个组织，为蒋纬国辅选；三是组织“国代”连署举荐向李登辉施加压力。在国民党临中全会即将召开之际，孔令侃等蒋系人物也相继从国外抵台，聚集台北。岛内舆论认为：蒋家或亲蒋一些代表人物在“国代”中大都各有山头，他们正在运用其影响，“重新整合所属派系”，为蒋纬国竞选“副总统”作“最后一搏”。对“副总统候选人”提名有关键作用的李登辉，虚晃一枪，挑逗亲蒋派群起揭剥李焕痛处。李焕形象大损的情况下，李登辉宣布将与“总统府秘书长”李元簇搭档参选正、副“总统”。
对李元簇来说，是深感意外。一年前出任“总统府秘书长”时，已经在野4年，年已66岁高龄的他根本就没有再想入朝为官，竟然被李登辉予以如此高的职务，这已是非分之想，如今竟然又被选作“副总统候选人”，喜从天降。李登辉之所以选他，是因为李元簇在国民党内不具备充当“副总统”资格。李登辉自己在国民党内没有资历，当然也不会选择有资历者充当副手。再一个原因是因为李元簇正值有为之年出任“司法部长”时，就被蒋经国抛弃，曾被蒋经国的文臣们排挤出官场，李登辉再予以重用，则变成一种特殊的看重，甚至是一种“恩赐”，李元簇将会全力以赴支持李登辉的从政路线和方针。这不能不说是李登辉玩弄权术的高招。
1990年2月11日，国民党第十三届临时中央全会在台北中山楼举行，会议的主要议程是决定国民党的正、副“总统候选人6。会上围绕正、副“总统候选人”产生方式展开激烈争执。以国民党中央党部宋楚瑜为代表的亲李派的一些人（被称为“丰流派”），主张仿效蒋家父子时期以“起立，举手表决”方式产生“正副总统”候选人。以李焕、林洋港等为代表的一些人（被称为“非主流派”），主张以“无记名投票”方式选举产生候选人。经过激烈争论，以“举手”方式通过由“总统候选人”李登辉提名的“副总统候选人”李元簇。这次会议是国民党逃台40年来党内爆发的一场最大的公开权力斗争。以这次会议为标志，国民党内部分裂成“主流派”与“非主流派”两大政治派别。
临时全会的决定，等于封死了非主流派力争蒋纬国为“副总统候选人”之路，只得改行它道，走连署之路。非主流派见李登辉已无退让之意，也开始在“国民大会”开辟新的战线，自行组织连署活动。非主流派在郝柏村和李焕的策划下，打出的“总统牌”是省籍政治势力另一龙头老大、资历远深于李登辉，与李登辉一起被称为“台籍双雄”的林洋港。林洋港的“副总统”搭档，先是中生代斗士陈履安，借用其父陈诚留下的政治资源。后来，非主流派经过衡量，与其用第二代争取第一代的资源，还不如直接用老人。蒋纬国有着蒋家传人的招牌，在资深“国代”群中的支持率要高于陈履安，于是决定由蒋纬国与林洋港配合，与“双李”对抗。
“林蒋”出场，对“双李”构成很大威胁。主流派凭着掌握在手的现成“行政、党务资源”，一是尽力拉票，李登辉与李元簇不顾政务，前往许多“国代”家巾游说。“国大”党部层层部署，采取“一对一”、“人盯人”战术，确保万无一失。二是分化非主流派，李登辉又拿出看家本领，分化政敌。他以“低姿态”分别约见，李焕、林洋港、郝柏村、蒋纬国，陈履安和亲蒋派核心人物，与他们分别进行恳谈，以低姿态出现，化解对立。三是请出“八大老”周旋。三月三日，李登辉在“总统府”约见黄步谷、袁守谦、陈立夫、辜振甫、李国鼎、倪文亚、谢东闵及蒋彦士等与非主流派关系很深的国民党“八大老”，请他们分头协调非主流派人士，重点是要劝说“林蒋”退选。“八大老”和许多国民党人士担心国民党出现分裂，呼吁“以大局安定为重”，以免“成为历史罪人”，实际上是要非主流派临阵退却。在“八大老”的协调下，非主流派全线退却。四是动员各种力量谴责非主流派。主流派利用民众巾广泛存在的厌蒋情绪和地方势力中“谁在台上支持谁”的心理，有组织地动员力量对社会媒体和政团进行拉拢，向拥蒋“国代”施加压力，逼迫蒋纬国、林洋港退出竞选。3月9日，林洋港在台北宾馆发表声明：谢绝任何连署他出任“总统候选人”的美意；次日，蒋纬国独木难支，也宣布退选。
李登辉、李元簇在“总统”、“副总统”选举中分别以高票当选。这是台湾在结束蒋氏父子“强人政治”后第一次“总统”选举。
李登辉在“国大”中以高票当选，标志着大陆籍“法统”势力主政时代的结束，以李登辉为首的“本省独台”势力主政时代的正式确立。
李登辉根本无法认同李焕，在他看来，虽然非主流派也一度批判过李焕，但一年政局之所以动荡，前“行政院长”俞国华辞职事件，第八届“副总统候选人”提名、“二月政争”，以至政坛上刮起不正常的拥李（焕）连任（“行政院长”）风，都与李焕的翻云覆雨有关。如果不及早将李焕排挤出政治中心，主流派是不会安心的。
李焕及支持他的人马，采取一连串“院长保卫战”。“立法院长”梁肃戎和林洋港等人公开出面支持李焕。
李登辉器重梁肃戎，很想听听他的意见，1990年3月3日，约梁肃戎到总统府谈李焕续任阁揆问题。
这时正值国民党的政府国民大会召开，总统、副总统的候选人有李登辉、李元簇、林洋港、蒋纬国，针对动荡的政局，粱肃戎出于既保李焕、又不伤害李登辉的动机，建议：
“为了瓦解另外三个候选人的斗志，应该把李焕拉紧，请他继续担任阁揆。现在立法院已有一百三十多位委员联名请李焕续任行政院长。众不可伤啊！当初为使您当党的代理主席，李焕和每一位中常委谈话，外省份的中常委都赞成；台湾籍的中常委，却有不同意的；认为您统揽党政权，会无法制约您。李焕苦口婆心，一一说服了这些人。这样您才顺利地集党政权于一身，我和李焕都是支持您的。因为：我当政策会秘书长、立法院副院长、院长，都是主席提拔的。我衷心感谢您。”李登辉见梁肃戎一·记着自己的帮助，很动情，说：
“肃戎啊，别说了。你能干啊！”梁肃戎补充道；
“那可不是，还是要靠有人知遇提拔啊！当年蒋经国在世时，李焕和现在的李焕，都是一个人，也没有让他当行政院长，是您把他重用了啊！行政院长和总统，是政府的政治中枢，做为我，不但支持李焕院长，也支持总统。”梁肃戌又谈到“本土化”和“台湾化”问题，说这些已使外省籍的人产生自危感。
李登辉听了梁肃戎讲到敏感处，故作镇静，不以为然地说：
“我没有省籍的区别，我对外省籍的人也是很照顾的。”梁肃戎说：
“我相信总统讲的，但是我有感觉：立法院的反对党及新增的这些台湾籍委员，言行排外。我希望总统应该引起注意：
中国是一个整体，台湾与大陆同等并重；不要过分地推动本土化。”李登辉说：
“我找你来，就是希望你能代我向李院长转达继续倚重之意。”梁肃戎说：
“我是可以传达总统的意思，不过，希望总统还是能亲自与李院长商谈。”李登辉看了看表，已十一点多，说道：
“我中午约见了几位将军，下午四点，又要在官邸约见大老会谈。”梁肃戎询问下午三点是否可以。
李登辉表示可以，并要梁肃戎代为通知。
梁肃戎马上向李焕转达李登辉的意思，并且向他强调：总统及行政院长对于安定政局都有责任，希望他能诚恳地向李登辉表达意见。
李焕于下午准时到总统官邸。
李登辉听到梁肃戎不是揭短也是揭短的话，又看到“立法院，一一百三十多名委员签名留李焕续任行政院长，认为梁肃戎做为“立法院院长”，此举不能说与梁肃戎无关。自知硬整李焕，时机不成熟，很不情愿地同意李焕继续当行政院长，与此同时，对梁肃戎也开始有了想法。
梁肃戎当选“立法院长”不到个月，民进党委员就要求重新改选院长，国民党集思会委员林钰祥正式提出改选方案，国民党中央并没有阻止，实际是在默许，这不能不令人怀疑李登辉对梁肃戎也开贬了。
总统府资政陈立夫关注梁肃戎的政治命运，向负责协调的蒋彦士询问李登辉到底支不支持梁肃戎继续做“立法院长”。蒋彦士为了准确地回答陈立夫，在总统府找到了与梁肃戎志合的资深“立委”了解老委员们对梁的态度。得知多数立‘委拥护梁肃戎。他把掌握的情况向李登辉报告。
李登辉说：
“梁肃戎是我提名，当然我支持他，转告梁肃戎：请他放心！”这消息通过陈立夫反馈给梁肃戎，梁肃戎多少还存疑虑，当不断有消息传来，证明李登辉确实支持梁肃戎的时候，李焕的去留x列入国民党中央的议事内容，梁肃戎在二李之间的立场，面临鲜明的考验。
4月25日，国民党中常会后，李登辉约见梁肃戎，让他表态。
梁肃戎表示：
“我是立法院长，无论从公私的角度，都要支持服从总统的决定；而且我还是中央委员，从这一点上来讲，也应遵从主席的指示。您要我退，我马上无怨言地退；如果他人用威胁的口吻及手段要我退，我绝不妥协。”李登辉再一次给梁肃戎吃了定心丸：支持梁肃戎。
梁肃戎不顾李登辉的反感，再一次提到关于李焕去留问题，强调李焕对李登辉的贡献；李登辉毫不为之所动。梁肃戎努力从记忆中搜索有利于留任李焕的典型事迹，来感化李登辉。他说：
“李焕很是辛苦，有一次立法院的民进党委员当面指责李焕，说李焕的公子李庆华是‘匪谍，令李焕难堪。”梁肃戎言之目的是让李登辉知道李焕工作的甘苦。
李登辉听了却另有所思，反问道：
“有这种事呢？”4月30日，李登辉在约见洪昭男等国民党籍立委时，采取了借刀杀人的办法，说：
“梁肃戎都讲了，李焕曾向他透露行政院长太辛苦，不想再干了”。
李登辉制造促使李焕下台的舆论。
这使梁肃戎很是被动，在5月1日上午的立法院会议召开前，梁肃戎找到李焕，向李焕解释自己与李登辉谈话的原意，李焕了解梁肃戎，没有认为他是两面派的权势小人。梁肃戎在这一天的院会结束前，当众公布了与李登辉谈话的内容，以正视听。
梁肃戎的努力，付之东流，李焕还是被李登辉从行政院长位置上赶下去了，为什么会这样呢，据说原因有两条：
第一个原因是李登辉到李焕家，李焕夫人避不见面。这真是天大冤枉。由于要竞选下任总统，当天李登辉按行程去拜访一位国大代表，临时又通知李焕说要拜访李焕夫人——资深“国大代表”潘香凝。
李焕说：“都是自己人，不用啦！”李焕夫人是东北人，东北人有个规矩，家里有客人来时，如果自己身体不舒服或没有化妆，就要人说她不在家。当时李焕夫人生病，住国泰医院，刚回家不久，脸色不好，且行动不便，见面不礼貌。所以总统来访时，就挡架：“不要见面好了”。
李总统却为此大为恼火，当场发作，以为是故意侮辱他；而且又传说这是李庆华替他妈妈出的主意。
第二个原因，据说是有人密告李登辉：李焕在某一场合上说，‘总统可以给李总统做，当主席则要他下来。李登辉听到后，恼火地说：“我把行政院长给他，他却不要我当主席，行政院长没他的分了。”原来，李登辉许愿，李焕不当行政院长，还可以当国统会委员，届时，连国统会委员也没有聘任。
宋楚瑜取代了李焕，当上行政院长。
梁肃戎没有畏惧李登辉的权势，他针对李登辉在李焕身上所表现的表里不一、口是心非和忘恩负义之举，向台湾的记者说：
“李登辉散布李焕不想当行政院长了，事实上，李焕没有这样讲，他讲的是“自己当仁不让”，而李登辉却是亲口说：自己主席不干了，可他照样不让出来！作为一个政治家，应有诚信，言而无信，最不好！”梁肃戎的揭露，使李登辉怀恨在心，同时也使台湾人看清了李登辉的人品、政品。
梁肃戎力保李焕阁揆，实质上也是在最大程度地阻止李登辉的本土化向“台独”方向发展。
