司马德宗虽然被人控制，完全没有自主权，不过，司马道子人老但也算是一个明白人，他很是知晓其中的道理，一边暗示皇帝把军权交于己手，一边早已经备好战争人选。也许是东晋偏好授人以黄钺，皇帝在给他兵权时，不忘给他这么一个东东，而这个东西的作用不亚于大家熟知的尚方宝剑和金牌了，而且在某些时候的作用会更大。一切得到之后，司马道子让自己的儿子司马元显兼任中军将军。下令徐州刺史谢琰兼任吴兴义兴军事，正式讨划孙恩。而北府军团的“掌门人”刘牢之，主动请缨，奏折刚上完，立刻带人手出发。
正规军队出征，战事基本就是成一边倒的架势，谢琰在干掉变民首领许允之之后，因为那个地方正是义兴郡，所以，就把之前逃走的郡长魏隐（还记得吗？）接了回来，现在明白，为什么他们敢于弃城而逃了吧，连年的战乱，导致一座城池常常易主，而当时的政令并不会因为你放弃城池而带来什么后果，所以，只要能够走的一般都会走。一切交结完后，谢琰又收复吴兴郡，因为郡守是被好事之徒给杀了，也就不用再接回来。此二战役之后，谢琰和刘牢之合兵一处。然后，打仗就如同走路一般轻松，毕竟只是乌合之众。哪里是久经沙场的北府军团的对手。打的差不多了，谢琰留守乌程，谢琰派司马（职务）高素协助刘牢之进攻钱塘江（也就是现在的浙江）。在进军的途中，刘牢之再次升官，兼任都督吴郡军事，吴郡的内史不是桓谦吗，当时孙恩来了之后，他首先跑路了，所以内史职务不能给刘牢之。其实刘牢之此人也不是什么厚道人物，以后我还会再讲。
好，主角上场，刘牢之命令刘裕带领几十人担任斥候（这个有些像侦察兵），侦察变民军的虚实情况。难得任务上手，刘裕自然好好干，可是想不到，刘裕带着这几十个人好不容易收集到一些信息。正要返回，突然遭遇到几千人的变民军队，我了个去！“出门前得好好看黄历才行”这恐怕是刘裕当时心中所想吧。但是碰上了，想走那是不可能的，这几千号人，追你十几个人怕是很容易吧。所以，二话没说，变民军以排山倒海之势就过来了，结果没几分钟就杀得只剩下刘裕一个人，而刘裕自己也跌在河岸之下。变民军站在岸上，想下岸，刘裕用力地举起长刀，仰面杀了几个人后，翻身上岸，大声呐喊着冲向这些变民们，这些变民们一看，这小子玩命，先躲躲再说，急行后撤，就这样，一个人追着几千个人砍，而这些变民们也确实害怕的不行，死命的逃，尔后跑在后面的就挂了，史料记载“所杀伤甚众”。恰在这个时候，刘牢之的儿子刘敬宣因正疑惑刘裕探个情况为什么这么久都没有回来，怕是有什么事情，就来了。站在山上，看到了他这一辈子，怕是都很难忘记的一个画面吧，一个人在追着几千个人，这个场景……只能说刘裕其人确实有过人之处。愣了一会儿，感叹一会儿之后，刘敬宣带领着这些人一起上，大破变民军，杀伤俘一千多人。
消息传回孙恩军营，孙恩料想着去建康怕是不可能了，就对手底下说：“去建康当官，怕是不可能了，不过，保住钱塘江以南的地区，当个一方诸侯是没有问题，请各位不要担心。”但是，如果你不进取，只想呆呆地等着别人不动，成功自动找上你，怕是也太天真了。当刘牢之的大军渡过浙江时，孙恩也意识到这小子不好惹，就说：“我不认为逃走就是羞辱。”还真能为自己找借口。率领他的庞大阵营二十余万人向东撤退，一路上因怕政府军走的太快（要知道政府军可是没有像孙恩一样带着这么多累赘，孙恩为了建立自己的王国，只要是投靠他的信徒，他一律带着。），就把带在身上金银之物大部分抛弃在路上，这些政府军一看如此多白花花，亮闪闪地东西就疯狂抢夺，然后，孙恩就这样从容不迫的到达了他的大本营，虽然没能去成建康，但是带着这么多人上岛，还有那些金银，虽然是丢了大部分，不过，收获还是不小的，整体还是赚了。而那些被孙恩委派管理那几个郡的人就没有这么值得了，官还没当几天，就被高素（谢琰的人）悉数弄成了“水仙”。
孙恩走了，百姓们以为安全了，就都回来了，可是让他们没有想到的是，等待他们的竟然是政府军的**烧杀，只能是又回到山区躲了起来，偌大的郡城里，一片荒凉，看不到一点儿人烟。直到一个月后，刘牢之撤走，他们才回来。这些百姓摊上一个这样的政府，也算是倒霉！政府怕孙恩再来捣乱，就派谢琰当会稽郡内史，兼任都督周围五郡军事。
国家把任务交给了谢琰，本指望着他可以保一方平安。可谢琰所做的事情却很不负责任，或是说是太自以为是。当初，谢琰可以获得这个官职，还是因为门第世家的缘故，不过，那个时候是很正常的。虽然打仗时，他也打了那么几场胜利，但也是因为实力悬殊，其实他并没有多少实力。他来到会稽后，不安抚人民（主要还是刘牢之带来的影响更大些），又不修建城墙，只天只知道花天酒地的。
当在舟山岛上的孙恩听到这个信息后，就想着再次登入，其实距离上次也才过去五个月，他就等不及了，他是有多心急呀。那是一天早上，他带着这些人手就又再次登岸，而且仍不忘记带上他的那些信众们。有的人说，孙恩如此，是想反抗朝廷，不过，我看着不像，因为从头到尾都没有发表什么言论来证明他的想法，而且也没有发表什么征战檄文之类，只是上岸打上几个月后又被赶到舟山岛上而矣。
这一次，孙恩先是进攻浃口（浙江省宁波市东北甬江口），深入余姚，攻破上虞，上虞人民还是挺可怜，没办法，上虞离舟山岛太近了，而且他们对孙恩又比较友好，所以，每每从这里过都能胜利。当孙恩到达邢浦时，谢琰派参军刘宣之迎战，结果政府军胜。孙恩赶紧撤，没过几天再次进攻，然后孙恩胜。
月底，孙恩就到达会稽。会稽城里，谢琰内史府里饭刚摆好，谢琰还来得开始吃，就有人禀报孙恩就在城外，谢琰就宣布说：“等我们把这个盗贼消灭了再吃饭。”这个本来是不错的，有关公的遗风，可结果……如果谢琰知道接下来发生的事情，他应该会去吃好饭来的，不到于当个饿死鬼。第一场战役失败，他的下都督（司令官）张猛阵前叛变，就把谢琰给杀了。吴兴郡内史怕郡内又有不少好事之徒会响应孙恩的起义，就用大屠杀的手段进行镇压，杀男女几千人。这样想来，那个时候的人民还真难过，跟着谁都没点生存的权利。孙恩本来是去他这里的，一看此人如此生猛，就进攻临海郡。
孙恩又来了，东晋又危险了……
