在经济建设上造成的危害，一言以蔽之曰："1960年的经济水平倒退到1950年的水平；换句话说，全国上下，十年奋斗，尽付东流！说得具体一点，国民经济比例失调的情况更严重了。积累和消费的比例，工农业比例，工业内部各部门的比例，社会购买力和可供商品的比例，全部失控了。出现了巨大的财政赤字，出现了市场紧张。最严重的是农业生产遭到极大的破坏，从1959年起，农副产品产量急剧下降，1960年粮、棉、油跌落到1951年甚至1949年水平。许多地区因食物营养不足而相当普遍地发生浮肿病，不少省份农村人口死亡增加，有的地区1960年的死亡率超过100‰。原本希望早一些让人民群众过上好日子，结果却出现了令人痛心的事实。这是"三面红旗"失误的最严重的后果和教训。
于是出现了三年的"调整、巩固、充实、提高"，这个沉重的担子落到了全国总管家周恩来的肩上。1962年1月在北京召开了"七千人大会"，毛泽东不得不在会上"作自我批评，让人批评"，说是"凡是中央犯的错误，直接的归我负责，间接的我也有份，因为我是中央主席"，"第一个负责的应当是我"。周恩来在会上讲克服目前困难的办法，邓小平主要讲恢复党的优良传统。会议起了一定的积极作用，但是原则上仍然肯定"三面红旗"；对于反右倾斗争，只是对下面甄别平反，对鼓德怀等人仍不予平反。林彪的发言，大力吹捧，大讲毛泽东爱听的话，用个人崇拜的精神来总结经验教训，起了消极作用。
到1965年，经济上调整和恢复的任务基本上完成了，然而政治上阶级斗争扩大化的"左"倾错误却进一步严重地发展了。因为1963年毛泽东又提出"阶级斗争，一抓就灵"的论点，"三自一包"成为"修正主义的国内根源"，"三和一少"被当做"修正主义的国际纲领"，"四清"、"五反"被视为反修防修、挖修正主义根子的重大战略措施。毛泽东主持制定的农村工作"二十三条"强调"四清"的重点"是整党内那些走资本主义道路的当权派"，把斗争矛头集中指向党的各级领导人，从而人为地任意地制造所谓"阶级斗争"，而且扩及意识形态领域，在广大知识分子中造成草木皆兵、人人自危的紧张气氛，伤害了他们的积极性，影响了文化科学教育事业的发展。
从1961年到1965年周恩来等人呕心沥血的五年调整，使经济部门的各种比例关系比较协调了，工农业生产得到恢复和发展，市场供应得到改善，财政收支达到平衡，全国物价稳定，市场繁荣。在这种形势的鼓舞下，周恩来在1965年召开的全国人大会上宣布：在即将执行的第三个五年计划，将把我国逐步建设成为一个具有现代化农业、现代化工业、现代化国防和现代化科学技术的社会主义强国。这是第一次在这样的庄严场合郑重地向全国人民提出的四个现代化任务。然而由于随之而来的"文化大革命"，不但五年的调整成果毁于一旦，这个宏伟的"四化"任务也搁置一旁了。
三忍在"文化大革命"中遭贬抑，受污辱
史无前例的"无产阶级文化大革命"发动起来时，连党的副主席、国务院总理周恩来都很不理解，其他的政治局委员就不必说了。所以周恩来对这场"革命"，开始也是"不大理解"的，但当他觉察到"一匹脱缰的马"行将离开人们的理智所控制的轨道时，当国家处在极其危险的无政府状态的边缘时，他作为"一个高超的骑手"，设法勒紧缰绳，牢牢地骑在马背上（英国汉学家罗德里克·麦克法尔对周恩来当时驾驶中国形势的评语），他认为必须采取不直接顶撞的措施来减少这场运动所产生的破坏。
原来这场运动一爆发，便出现了打、砸、抢、抄、抓的大动乱，弄得人心惶惶。许多老同志包括老一辈的几位革命家，意见越来越大，愤懑情绪有时按捺不住，不顾场合地大发议论。周恩来知道后，非常焦急，生怕他们出事，很难为他们转圜"保驾"。他为此亲自给几位老帅和副总理写了一封信，内容大意是：运动方兴未艾，欲罢不能，大势所趋，势不可挡，只能因势利导，发气无济于事。要十分注意言行，谨慎从事，不说过头话，不做过头事，不节外生枝，不授人以柄。要他们"戒慎恐惧"，遇事三思。他委托一位秘书把信送交他们一个个面阅后收回。他们看了这封信，十分感动，有的流了泪，认为这是总理在那非常困难时期，对他们最大的关怀和爱护。这就是后来常被引用的"方兴未艾，大势所趋，势不可挡，因势利导"的周恩来对待这场运动的十六字心态。前两个"势"字是指形势，"因势利导"便成为"不直接顶撞"的指导方针，对形势起了重大的遏制作用。
这是周恩来以极其高超的政治斗争艺术在极其困难的条件下，争取国家机器的正常运转和国计民生的维持，将党和国家受到的损害减少到最低限度的特定思维和实践，他个人却为此付出极其沉重的代价。他对各种破坏行动，感到不安，不安，又不安！他仍然本着"心中无他，积极革命，实事求是"的心态去对付各种严峻的挑战，也常以此勉励同志。有一次，他对身边的亲密战友说："你还不知道吗？我已经得了癌症了。现在不是时兴"爬坡"、"拉车"那些话吗，我们这些人就是要为国家，为人民一辈子爬坡、拉车啊！一息尚存，就要奋斗！"这是他不敢以骆驼自命而以充当寻常百姓家的小毛驴为荣、宁肯做吐尽丝的春蚕的为人民鞠躬尽瘁的心态。出于对老同志的关怀，他告诫他们"在任何压力下，不能承认反党、反社会主义"。周恩来一度实行"三不主义"：一不接邮人，二不与人通信，三不看望人，包括自己的亲属在内。他还为自己立下"三不"誓言：不病，不倒，不死！他要以顶天之力，支持住共和国于不堕！
1966年5月末，北京大学贴出了攻击北大党委的大字报，周恩来立即提出批评。他同中央其他几位主要领导人包括刘少奇、邓小平一起做出决定，报毛泽东审定，同意北京市委向各大学派驻工作组，以保证有领导有秩序地开展运动。被陈伯达派人接管的《人民日报》随后发表《横扫一切牛鬼蛇神》的社论，跟着又发表毛泽东批示广播的《炮轰司令部》大字报和欢呼这张大字报的文章，掀起了以各校领导、教师为对象的所谓"斗黑帮"的浪潮，陷各校党组织于瘫痪。江青一伙一方面在学生中进行挑拨，一方面向毛泽东作了片面汇报。毛于是反过来严厉指责工作组"起坏作用，阻碍运动"，进行了严厉批评。刘、邓进行了自我批评。周恩来为平息当时的风波，在中央的会议上承担了责任，但说工作组"绝大多数的干部都是好的"，这等于肯定了工组的性质。毛泽东对刚刚兴起的"大革命"被压下去了，极为不满。为了"排除阻力"，他在8月召开的政治局常委扩大会议上的讲话中，严厉的指责派工作组是"镇压学生运动"，"是路线错误"，甚至指斥说："牛鬼蛇神，在座就有"，点了这次运动的锋芒所向，随即根据毛泽东意见制定的"十六条"说这次运动"是整党内那些走资本主义道路的当权派"。
在制定十六条的八届十一中全会上，根据毛泽东的提议，改组了中央领导机构。政治局常委由7人增至11人，包括陈伯达和康生。全会没有重新选举中央副主席，但此后只有林彪一人被称为中央副主席，原来的副主席刘少奇、周恩来、朱德、陈云都被不明不白地撤销了。会议期间，刘、邓等人相继受到批判，毛的个人领导实际上取代了中央的集体领导。这次会议的政治气氛也是十分紧张的，许多与会者对党中央领导层如此突然而重大的人事变动感动极为震惊，思想上有种种困惑和怀疑，但又无可奈何。
对周恩来来说，在党中央的选举上，受到不公正对待，这已经是第二次了。1943年，他从重庆回延安参加整风。他在整风会上，进行了严肃认真的检查，总结了参加革命以来正反两方面的经验教训，没有得到肯定，反而受到过火的批评和责难。周恩来并不介意。他在1945年党的七大的发言中，又作了中肯的检讨。这次他又受到不切实际的指责，在最后的选举中，他的得票数竟落在十几位之后。对此周恩来没有任何怨言，本着有则改之，无则加勉的态度，反而更勤奋、更出色地投入工作。
这次，林彪——黄埔军校培养的学生因发明《毛泽东语录》小红书、首创四个"伟大"（伟大的导师、伟大的领袖、伟大的统帅、伟大的舵手）和吹捧"一句顶一万句"（即毛主席的话一句顶一万句）而被擢升为毛泽东的接班人，他后来居上，置周恩来于其下。九届一中全会，林彪为惟一的副主席。
在1967年2月的所谓"二月逆流"中（许多老同志拍案而起，指责"中央文革小组"乱党乱军，居心何在？！），周恩来为了保护其他同志，主动承担责任，作了检讨。此后中央政治局停止了活动，它的权柄实际上落到"中央文革小组"手中。原来由周恩来主持，各副总理和有关负责人参加、处理党和国家大事的中央碰头会，也为"中央文革小组"的碰头会所取代。这个碰头会名义上仍由周恩来牵头，但成员大多是江青一伙，周恩来成为"孤家寡人"了。
1968年3月间，周恩来和林彪到毛处开会。不知何故，未经讨论，毛竟宣布；今后军委办事组由林副主席接管，军委不设办事组了，军委常委可以不开会了。谈到军队干部毛泽东思想学习班时，毛问学习班由什么人抓？当他听说"中央文革小组"的人都进不去时，又决定中央另立一领导小组，林任组长，陈伯达、江青、康生任副组长。就这样，事实上一直由周恩来抓的这个学习班也被撤销了。
1968年9月初，曾被毛泽东誉为办事效率高的总理办公室2小时值班办公制，毛由于偏听偏信，说了一句"不要什么事都靠秘书"，周恩来不得不撤销总理办公室，改称总理值班室，后来连这个值班室也取消了，由原来20多名秘书减为一两名。而此时正是"文化大革命"高潮，弄得周恩来四处"灭火"，疲于奔命。林彪、江青之流骂他是救火队长，投机派，和事佬，和稀泥。周恩来愤然回答：岂止是和稀泥，我是八级（工人评级的最高级别）泥水匠，高级的和稀泥！
1971年林彪叛逃，机毁人亡。这无异宣布"文化大革命"路线的破产。不幸的是，毛泽东又将上海造反派的头头王洪文调到中央，委以重任，后来便加入江青一伙，与张春桥、姚文元一起组成"四人帮"。
毛泽东决定提前召开党的十大，以解决林彪在党内留下一系列问题，包括人事问题。他决定让王洪文负责修改党章，并由他在十大中作修改党章的报告。这表明王洪文已被内定为代替林彪的接班人。跟着，毛又决定由王洪文担任选举委员会主任；周恩来为副主任，成为"儿童团"成员的副手。王洪文在党的十届一中全会上理所当然地被选为党的副主席，江青反革命集团在党中央的势力大大加强了。
林彪死后，毛泽东反过来为"二月逆流"、贺龙等人平反，说"我是听了林彪一面之词，所以犯了错误"。这时，周恩来立即将批判林彪罪行和批判极左思潮结合起来，力求纠正"文化大革命"的错误，深得干群的衷心拥护。但是因林彪集团的覆灭而益增其篡党夺权野心的江青集团，竭力反对周恩来纠偏。毛泽东也没有从林彪的事件中完全清醒过来，仍然指望"文化大革命"能以接近他原来的愿望圆满收场。当周恩来领导的批判极左思潮同江青集团发生尖锐的对立时，毛泽东又支持了江青一伙，武断地认定林彪是极右而非极左，只许批极右，不许批极左。毛泽东担心批极左的结果将否定"文化大革命"，这当然是他不能容忍的。周恩来纠"左"的努力受挫了。
1973年6月，十大筹备工作正在加紧进行，毛泽东同王洪文等人谈话时，背着周恩来没有根据地批评外交部有一期《新情况》评论尼克松与勃列日涅夫的会谈，使"美苏主宰世界的气氛更浓"，违背了他经常强调的"大动荡，大分化，大改组"的精神（事实上这"三大"是国际形势的长期特点，迄今，国际形势仍然在这"三大"中回旋）。他说"结论是四句话：大事不讨论，小事天天送。此调不改正，势必出修正。据《"文化大革命"简史》就此事所作的评论，外交方面所有的重大事情都是请求毛泽东决定的。"外交无小事"，遇事认真请示报告，正是外交部门的优点。可是却被指责为不讨论"大事"，并被加以"势必出修正"的罪名，实在令人难以理解。这种随意性很大的指责，在一定程度上反映了毛泽东对成绩很大的外交部门莫名其妙的指责，在一定程序上反映了毛泽东对成绩很大的外交部门莫名其妙的不满，也从一个侧面反映了他对领导外交部门工作的周恩来的不满。尽管周恩来对这种背后指责也感到"莫名其妙"，他还是指示外交部将毛的批评原原本本地向全体人员传达，并进行认认真真的学习讨论，并将改进意见报毛泽东审阅。然而对分量如此严重的批判，周恩来内心的痛苦别人是无从了解的。
毛泽东甚至要职务不高但是他的亲戚的王海蓉以及经常为他当翻译的唐闻生两名小姐管外交部的事，并说："你们年纪还不大，最好学点外交，免得上那些老爷们的当，受他们的骗，以至于上他们的贼船。"
此事发生在十大前夕，当然更加助长了江青一伙的气焰。1973年11月，毛泽东又根据不可靠的汇报，误认为周恩来在同基辛格会谈中说错了话，指示政治局开会讨论此事。江青等人得此"令箭"，便由王洪文主持连续开了三周的批判会，对周恩来和叶剑英进行围攻，斥责此次中美会谈是"丧权辱国"，"投降主义"，"犯了右的错误"（都是莫须有的罪名）。江青幸灾乐祸地说这是"第11次路线斗争"，还指责周恩来"是迫不及待地要取代毛主席"。后来毛泽东在一次接见外宾后，分别同周恩来、王洪文、王、唐二小姐等人谈话，一方面肯定11月批评周恩来的会"开得好"，同时又批评江青所谓的11次路线斗争讲得不对，并指出周恩来不是迫不及待，迫不及待的是江青自己（江青不在场）。
早在1973年7月，毛泽东在同王洪文等人的谈话中，还谈到林彪的思想根源来自儒家，认为林彪同国民党一样，都是"尊孔反法"的。江青一伙立即加以利用，再次兴风作浪，开展"批林批孔运动"，得到毛泽东的支持。实际上他们既不批林，也不批孔，而是批"周公"，批"宰相"，把矛头指向周恩来，企图打倒周恩来以及在他纠偏、落实政策中得到解放并重新出来工作的一批老同志。
