当时，捻军在直隶东部和河间一带活动频繁，咸丰帝命僧格林沁与同侍郎瑞麟率军镇压。十月，捻军包围了山东济宁、衮州、泗水等镇。僧格林沁肃清京城周围的捻军后，咸丰帝命他立即前往山东负责剿办。
僧格林沁奉旨南下，咸丰帝命僧格林沁到达东昌以后，直捣捻军老巢。接着咸丰帝降旨让僧格林沁在济宁、衮州险要的地方驻扎。僧格林沁在布置好北路以后，命清军在钜野的羊山与捻军交战，大败而归。僧格林沁向咸丰帝弹劾瑞麟怯懦无能，咸丰帝下令革去了瑞麟的职务。
十二月，捻军宋继朋在邹县反清，僧格林沁率军镇压，获胜。僧格林沁又于两天后在河滩及后峪打败了捻军。
捻军于咸丰十一年（1861年）正月从东平等地渡过黄河，清军副都统伊兴额在杨柳集中了捻军埋伏，战死。僧格林沁于四月率兵解了滕县之围，占领了沙沟营和临城驿，六千多捻军被杀。捻军随即转移到郓城，与长枪会联合，准备攻占金乡县。
聚集在邹县的捻军依靠险要地势坚守不出，清军大队人马屡攻不下。僧格林沁后来采用次第进攻的战略，得以屡屡获胜。
为了阻拦清军前进，曹州捻军于六月占踞险要隘口。僧格林沁命翼长舒通额等率兵攻打，不但打败了曹县安陵集、濮州田潭的捻军，还活捉了捻军首领。
捻军于八月渡过运河，从泰安前往济南。僧格林沁亲率大军追击。捻军被迫向东转移，占领孙家镇。清军大队人马攻打孙家镇，捻军又向青州转移。
僧格林沁于九月率军偷袭临朐县南的捻军，又前往临追击捻军，正巧遇到上黑旗捻军首领率兵前来。清军发动进攻，捻军且战且退。清军追到兰陵镇的时候，大败捻军。十月，咸丰帝封僧格林沁为正红旗汉军都统，负责管理奉宸苑事务。
同治帝继位后，封僧格林沁为博多勒噶台亲王，命他掌管火器营。当时，大股捻军进入滕县，僧格林沁命清军驻扎在兰陵驿。捻军转移到济宁。营总富和等在杨庄冈山打败捻军。侍郎宗室、国瑞等攻占了簸箕营和竹口围。
曹州的捻军认为濮州红川口土围坚固，准备在此固守。僧格林沁率各路清兵攻进土围，大批捻军或被杀或被抓。随后清军又攻下了刘家桥及荷泽郭家、唐房的根据地。定陶县的捻军趁清军迁营之机发动偷袭。清兵都统西凌阿率军出战，捻军向南转移。清兵到达大张寺以后，捻军向清兵发动进攻，失利。不久，清兵夺回范县。
捻军于十二月占领钜野县，后来失利。于是，定陶马家集的捻军开始转移。这时另一部捻军在郭秉钧等人的率领下从河西回击东岸，接应曹县捻军。僧格林沁亲自督军跟在捻军后边，曹县一带的捻军被僧格林沁镇压下去了。
江苏丰县的两万多名捻军于同治元年（1862年）正月向鱼台发动了声势浩大的进攻。僧格林沁命翼长劳克金率军前往，几千捻军被打死，捻军转移到丰县、沛县一带活动。
亳东捻军于二月率各路捻军的精兵与长枪会联合，向清军发动进攻。僧格林沁预先设下埋伏，在捻军转移的时候，清军毁掉了七座捻军兵营，并攻占了赵寨等寨。
捻军在这一仗中伤亡惨重，余下的捻军乘夜向西南转移。同治帝接到捷报以后，下旨嘉奖僧格林沁。
僧格林沁率军追击到尉氏。清兵营总卓明阿等突然向捻军发动进攻，捻军被杀得措手不及，余下的亳东捻军被镇压下去了。
当时，董智信率领山东长枪会进入直隶东明县境，并在沙果寺民寨安营扎寨。同治帝命苏克金率军攻打，董智信率军投降。清将领富和打败了坦头集等地的捻军。
此时，捻军首领郜姚氏占领了金楼地区，清军多次前去攻打，但因捻军首领金鸣亭足智多谋，屡攻不下。
六月，僧格林沁率军攻打金楼的捻军，僧格林沁一边打，一边招抚，很多捻军投降。投降的捻军熟悉金楼的情况，僧格林沁利用这一优势轻易攻了进去，捻军与清兵展开了激烈的巷战，但最终因寡不敌众，全军覆没。金楼得手后，清兵乘胜镇压了邢家圩、吴家庙、营廓集等地的捻军。
长枪会的首领焦桂昌这时回到了曹县，准备向清军发动攻击。僧格林沁命檄恒龄率军攻打焦桂昌，焦桂昌战死。
同治帝于七月命僧格林沁统辖山东、河南军务，可以调度直隶山西省防兵，直隶、山东、河南、山西各省督抚提镇以下官员，皆归其节制，并且可以调遣蒙、亳、徐、宿等处防兵。至此，僧格林沁的权力达到顶峰。
大股捻军于八月进入山东鱼台县罗家屯。僧格林沁亲率大军从河南夏邑飞驰而至，向捻军大举发动进攻。捻军难以抵挡，千余士兵战死，被迫转移。
清兵于九月攻占了张大庄、卢庙、孙老庄、邢大庄等圩，杀死了捻军首领李廷彦、孙彩兰等人。新庄等各庄纷纷投降。亳东捻军首领宋喜元也率军向清廷投降。至此，亳州以北的捻军被彻底肃清。
捻军首领孙丑等于同治二年（1863年）正月率兵攻打河南鹿邑。僧格林沁命副都统舒通额等人出战。捻军一万多名士兵在此战中战死。清兵于二月攻占安徽颍州的雉河集、尹家沟捻军大营，活捉捻军首领韩四万等人。不久，清兵侦知李庄藏有捻军重要首领，舒通额等人率军包围李庄。在叛徒的出卖下，捻军首领杨瑞瑛、王怀义等人被迫投降。僧格林沁为了侦察敌情，命翼长全顺偷偷驻扎在王怀义的营寨内。捻军首领苏添才等人在不知情的情况下进寨，一一被抓。捻军首领张洛行及其子张僖被降清的捻军首领李勤邦等人诱捕。活动在这一带的捻军被清廷镇压了。
同治帝在得知僧格林沁除掉了捻军重要首领的捷报后，下令僧格林沁的亲王之位可以世袭罔替。
僧格林沁见山东很多土地因战乱而荒废，奏请同治帝移民，获得批准。
捻军首领苗沛霖于十月率领几万捻军攻打安徽蒙城。僧格林沁指挥清军攻占了蒋集，捻军首领陈万福被擒杀，不久，清军攻占杨家寨，联合陈国瑞的军队向捻军驻地的南面发起了猛烈进攻，捻军的运粮道路被断绝。随后，蔡家圩等二十四座捻军营寨被清军攻占。僧格林沁又率清军攻占了三座河南捻军的营寨、五座河北捻军的营寨。苗沛霖在漆黑的夜色中率兵转移，遇到清军总兵王万清的顽强截击，苗沛霖战死。不久，蒙城解围，苗景开及余下的捻军纷纷被杀。
当时，有一股捻军仍坚守在西洋集的阵地。僧格林沁率军从西、南两面发起进攻，捻军首领葛春元等在此战中战死。葛家圩魏群儿等人营寨捻军见形势不好，纷纷投降清廷。至此，淮甸捻军被镇压了。僧格林沁派总兵恒龄等率军清查颖州、亳州和寿州一带的捻军，收复了城关。
同治帝命僧格林沁督师皖、豫、楚三省之交界地。
清军于六月攻占江宁。此时，捻军转移到了湖北麻城，并在县城南的闵家集一带扎营。僧格林沁命成保前去攻打，清兵攻下了全部捻军营垒。郭宝昌率领一路清兵攻占了蔡家畈等处的捻军营寨，捻军被迫向河南罗山以南的杨家店转移。僧格林沁亲率清军追击，在萧家河斩杀了大批捻军。
余下的捻军向上巴河转移，蕲州的捻军与向东转移的捻军会合，在风火山扎营，长达几十里的营寨互相连接呼应，捻军与清兵经过激战，很多人战死，余下的捻军逃往蕲水。僧格林沁率军抵达黑石渡后，亲自率军冲击捻军阵地，捻军首领温其玉、黄文浩等人率众投降，并将捻军主要领袖端王蓝成青献出。几十万捻军被僧格林沁招降，蓝成青被杀害。
河南宝丰县的捻军于同治四年（1865年）正月占领了甘露台、张八桥等地，僧格林沁兵分四路围攻捻军，并命郭宝昌等在捻军营寨附近安营扎寨。为了使捻军首尾不能呼应，僧格林沁命成保督率骑兵横截捻军，就在捻军混乱之时，另一股捻军奋勇杀来。捻军准备向清军总兵何建鳌发起进攻，清兵假装败退，捻军不知是计，穷追猛打，埋伏在两旁的清军突然杀出。捻军的步兵全部战死，骑兵放弃了营垒逃向梁洼，清骑兵乘胜追击。捻军首领赖文光被清兵堵截，准备南移攻占鲁山。
二月，捻军到达河南信阳。在清兵郭宝昌等军的拦截下，向确山转移。四月，捻军与太平军联合进入山东，并联合当地的几万起义军，攻打汶上县的袁家口至郓城西北的水套一带。僧格林沁率军每天前进一二百里，接连两次战胜。农民军开始转移，清兵乘胜追击。到曹州府西北高庄集时，长途跋涉、疲惫饥饿的清军与农民军大战一天，逐渐力不能支，此时，农民军发动进攻，清军溃不成军。僧格林沁率领残兵逃到荒庄，被农民军团团包围。僧格林沁决定杀出重围，在激战中他的部下陈国瑞所率的四千骑兵全军覆没，余下的清兵在夜色的掩护下逃至吴家店，僧格林沁身边的士兵多数被歼灭。僧格林沁亲自参战，虽然杀死了一些捻军，但最终因敌众我寡而被农民军击毙。僧格林沁一生屡次镇压农民起义，杀害了无数农民军，最后被农民军击毙，可谓罪有应得。
曾国藩有清朝"中兴第一名臣"之誉。曾国藩曾经十年七升，37岁成为二品京官。太平天国运动爆发后，曾国藩回乡创办湘军，征讨太平军，最后攻破太平天国首都天京，成为清末权倾一时的大员。
