贞观三年（629）正月，李渊的老朋友、开国勋臣裴寂，因有人控告他谋反而被审查，由唐太宗给他钦定了“四大罪”，被罢相、流放。
这么多年后，唐太宗方才为其冤死的挚友、亲信刘文静报仇雪恨，实现了他的誓言夙愿。然而，却“言杀未杀”，放了裴寂一条生路。这是为何？主要是考虑稳定政治大局的需要，同时也是给了太上皇李渊一个人情面子。
当时，兵部尚书杜如晦，是这一案件的主审者，而身为中书令的房玄龄，对于涉及元老重臣裴寂的要案，当然不会袖手旁观。应当肯定，在罢黜裴寂的过程中，唐太宗和他们二人的心是相通的。从立案、审决，到最后采取宽大处理，全然是他们共同策划、实施的结果。这显然是一步妙棋。它充分展示了最高权者和最佳智者紧密结合而产生的巨大效应。
对于这一点，太上皇李渊心里最清楚。他眼睁睁地看着唐太宗君臣三人，得心应手地处置自己终生最亲密的“政友”，除了用发牢骚的方式，向自己的儿子表示态度之外，并无其他高招可施。可见，老被新代的大趋势，谁也无法抗拒。
尘埃落定。将裴寂驱出中央要枢并彻底赶下政坛，唐太宗心里久悬的一块石头落地，感到踏实、欣喜和快活。因为它标志着一个旧的政治体系的终结，新的体系的开始。这是他从很早的时候，至少是在立为太子之后，就在企盼而且力争的目标。
二月，唐太宗就下诏，拜中书令房玄龄为尚书左仆射，兵部尚书、检校侍中杜如晦为尚书右仆射，刑部尚书、检校中书令李靖为兵部尚书，尚书右丞魏徵守秘书监，参与朝政。
经过数年的努力，唐太宗基本上完成了对中枢机构人员的调整，形成了以房玄龄、杜如晦为核心的宰相班子。应该肯定，这一宰相班子，是唐太宗最理想的，也是他最得力的班子。正是这个班子，在贞观之初为“贞观之治”，开了个好头，打下了基础。这一方面是唐太宗“致安之本，唯在得人”，“为政主要，唯在得人”理念指导下的成功实践；另一方面，也是房玄龄、杜如晦二人，一心奉国，尽献才智，辅君理朝而获取的必然归宿。
根据史传所载，房玄龄和杜如晦一起，“共掌朝政，至于台阁规模及典章文物，皆二人所定，甚获当代之誉，谈良相者，至今称房、杜焉”。
房、杜二人皆为命世之才，而且“房知杜之能断大事，杜知房之善建嘉谋”，又恰逢识人有慧、知人善任的明君唐太宗，以至于达到了“谋猷允协”的理想境界。
尽管杜如晦在贞观四年（630）三月，不幸英年早逝，宰辅班子由房玄龄、魏徵、李靖、温彦博、王珪、戴胄、侯君集等人组成，但由房、杜二人开创的规模及其恒守的理念，却保留和传承了下来。“房谋杜断”的美誉，也就由此而被后人所公认同赞。
当年，秦王府中有很多青年才俊，而被调外任者不少，李世民深为忧虑，于是与房玄龄商定对策。房玄龄对李世民说：“府中幕僚被调走的虽然很多，但是都不足为惜。只有杜如晦最为宝贵。这是因为杜如晦聪明练达，是辅佐大王的良才。倘若大王只是守住藩位，则他并无大用；若想要经营四方，争霸天下，非此人不可。”从此，李世民对杜如晦更加器重礼遇，把他当做心腹之人看待，于是上奏朝廷将其调为府中部属。
房玄龄和杜如晦二人之间，是相知相通的。虽然贞观初期的政治格局和大政方针，均系二人所定，但是每当唐太宗与房玄龄谋划政要之时，房玄龄在谈出个人的看法和意见之后，总是向唐太宗强调说：“非杜如晦不能敲定。”可是，待到杜如晦来后，经过商讨，最后还是要采用房玄龄的决策和建议。这是因为房玄龄善于谋略，但不武断，很愿意倾听别人的不同意见，尤其乐意让杜如晦最后“敲定”；而杜如晦虽然长于决断，但不轻率，他很尊重别人的谋划策略，尤其是唐太宗和房玄龄共同商定的事宜，他当然不会贸然予以否定。这正是房、杜二人相得益彰，合力效忠朝廷的襄举，同时也是他们二人作为贞观群英中卓越政治家的突出特征。
贞观之初，由于房、杜二位配合默契，政绩卓著，深受宫廷内外、朝野上下、官吏民众的同称齐赞。然而，金无足赤，人无完人。由于杜如晦其人的性格比较刚直，极易外露，而且脾气比房玄龄要大，因此，在处理政务和对待下属方面，难免有些失当，得罪于人，从而常受到恶意中伤。
就在杜如晦担任尚书左仆射后不久，监察御史陈师合向唐太宗上奏道：“人的才能，终归都是有限的。杜如晦怎能兼任数职呢？”这显然是对他兼任吏部尚书这样的要职心怀不满，有意诋毁。
杜如晦听说此事，大发雷霆，奔跑着去向唐太宗辩白。
唐太宗了解情况之后，对在场的众多大臣说：“朕出自公心治国。如今重用房大人和杜大人，只是因为他们确实很有才干。陈师合无端妄加诽谤，这是想离间我们君臣之间的关系。蜀后主十分昏庸，齐文宣王非常狂妄，但却能重用诸葛亮、杨遵彦这样的谋臣为相。而朕今日怎么能猜忌杜如晦呢？”
言毕，唐太宗就下诏，将陈师合流放至秦岭之南。
可是，杜如晦却因此事生气病倒了。入冬以后，杜如晦面色枯黄，两腿肿胀，而且不停地呕吐。经太医诊断，确定是患了肝病。我国医学常说“气大伤肝”，还是有一定道理的。
杜如晦上表请辞，唐太宗准许其回家疗养，俸禄赏赐依旧照常，还经常派人到杜府问候。
房玄龄对杜如晦的病情十分关切，经常去杜如晦家中探望。他听说患肝病的人最怕生气，就经常拿一些令人高兴的话题，去跟杜如晦商谈、讨论。
每当家里来了贵宾，需要招待，房玄龄都要特意把杜如晦请到家中，让伎人玩耍一些有趣的把戏，让杜如晦开心。每当家里做了一些好菜，房玄龄也要给杜如晦送至府上，让他品尝。
房玄龄深知杜如晦是一位忧国忧民意识强烈的人。所以，他从来不给杜如晦增添忧郁感，从来不向他谈及朝廷发生的难问题、坏消息，生怕有丝毫的小事，会造成杜如晦心情上的不快。
这一天，上郡黑水寺孤悬法师圆寂的消息传来，房玄龄连忙带上法师当年赠送给他的那柄长剑，长途跋涉赶往寺内祭拜，并为孤悬法师撰写了碑文，以示永纪，但他一直瞒着杜如晦，不吐实情，担心杜如晦会过急、过悲，对其养病、康复不利。
贞观四年（630）三月，杜如晦的病情加重，腹部出现水肿。房玄龄闻知见状，赶紧向唐太宗奏报。唐太宗特意诏令太子李承乾前往杜府问候。
不久，杜如晦浑身发黑，大口大口地吐了鲜血。唐太宗闻状，急急忙忙亲临杜府，坐在病榻前，抚摩着他干瘪的手，失声痛哭，并向太医询问：“你们给杜大人用的是什么药？”
杜如晦张大双目，眼光注视着唐太宗，激动得想说却说不出话来。
房玄龄坐在一旁，见此景况，心情异常沉重、悲伤。
为了使杜如晦能够安心地离开人世，唐太宗诏令房玄龄火速拟旨，将杜如晦之子杜构越级升为尚舍奉御，并且当场给杜构授印，更换朝服。
三天后，杜如晦病逝，年仅四十六岁。如此一位旷世英才，却过早地离开人世，的确是大唐贞观王朝的巨大损失。唐太宗号啕大哭，房玄龄也抱着杜如晦的遗体痛哭不止……
为了悼念这位政绩卓著的贤相，唐太宗决定罢朝三日，追授杜如晦为司空，封荣国公，并且诏命虞世南追念杜如晦昔日的功劳和君臣过往的交情，撰写碑文。
夏季里的一天，宫女呈送上来一盘甜瓜。唐太宗拿起一块，刚刚吃了一口，便停了下来，急召房玄龄进宫。在房玄龄行拜之后，唐太宗指了指龙案上摆着的甜瓜，说：“这是波斯国上贡的甜瓜，原先经常赐给你和杜公同品。如今就只剩下你一个人了？”
房玄龄难过得痛哭失声，赶忙将一块甜瓜用玉盘盛好，派人送到杜如晦的墓前，请其“分享”。
还有一次，唐太宗赐给房玄龄两条黄银带，说：“朕听说鬼神害怕黄银，你给杜公送一条去，让他在九泉之下能够安息。”于是，房玄龄代唐太宗把一条黄银带亲自送到了杜如晦的灵所。
在杜如晦病逝一周年忌日，唐太宗又派遣尚宫至杜府慰问其遗孀，并正式下诏明确：杜府的封邑、府上的官佐，一律不变。
唐太宗如此善待一名亡故的功臣，如此坚持恩遇不变，亘古罕见。虽然他是为了鼓励更多的朝臣勤于政务、忠心报国，但这确实是贞观时期君臣一体的典型写照。
房玄龄下令把唐太宗的恩遇之事宣扬天下，还制成乐曲进行演唱，各地官员闻之，无不感动异常。
应当肯定，房、杜二人协助唐太宗日理万机，执掌朝政，取得了十分明显的效果。唐太宗对房、杜二人充分信任，当朝官员全由他们“公于取士，各尽其才”，台阁规范，文物典制，也由房、杜二人修订。其他有关军国大事，行政要务，“每筹事”，唐太宗也“莫不从之”。可见，房玄龄与杜如晦在“贞观主治”中，发挥了奠基人和开拓者的特殊作用。
贞观四年（630），唐太宗虽然痛失了杜如晦一位“良相贤佐”，但却获得了击败东突厥的喜庆。
就在杜如晦病逝后的当年四月，唐廷将东突厥颉利的原地分为六州，左置定襄都督，右置云中都督，进行管辖。居于北、西的诸藩，奉唐太宗尊号为“天可汗”。
