红军两大主力会师，进一步壮大了井冈山的武装力量，蒋介石的国民政府大为不安，调动湘赣两省6个旅，约3万兵力，以湖南省主席鲁涤平为总指挥，何键、金汉鼎为副总指挥，分5路向井冈山革命根据地发动大规模“会剿”，声称要把红军“一网打尽”，把井冈山夷为平地。为此，1929年1月，红四军前委、中共湘赣边界特委、红四军、红五军军委以及中共各县县委领导人在宁冈柏露村举行联席会议，会议决定由彭德怀率领红五军留守井冈山，红四军撤离。最后在敌人的猛烈进攻下，红五军历尽艰险突破重围，井冈山失利。但是，却拖住了来犯敌军的大部分兵力，掩护了红四军顺利向赣南转移。1929年4月，红四军从福建长汀开至瑞金，与撤到此地红五军实现再次会合。会合后，红四军前委扩大会议在雩都召开，决定了红军的行动方针，同意了红五军返回井冈山，恢复湘赣边界，巩固和扩大罗霄山中段根据地，并向粤赣边界发展，与闽西相联系，配合红四军各部建立湘赣闽粤根据地。这时，红五军在彭德怀的指挥下，在一年多的艰难战斗中，锻炼得日趋成熟，已经成为一支在中国共产党领导下的新型的人民军队，它走过了曲折的道路，积累了以少胜多，以弱胜强的经验，为人民战争的理论和实践做出了贡献。
1930年，国民党统治阶级内部矛盾激化，蒋介石和西北冯玉祥、山西阎锡山之间的大规模战争爆发了，即所谓的中原大战，各派军阀无暇他顾，减轻了对革命根据地的压力。在这次大战中，蒋介石击败了冯玉祥、阎锡山两个对手，十分得意。这时，他的心腹之患，就是共产党领导的红军和革命根据地。1930年12月，蒋介石到南昌召开“剿匪”会议，决定在南昌设立“陆海空军总司令行营”，任命江西省主席鲁涤平为行营主任，张辉瓒为前线总指挥，调集10万兵力，向中央革命根据地发动第一次“围剿”，打算在东固地区歼灭红军。这时，中央革命根据地红军经过改编为红一方面军一、三两个军团，其中，红三军团的主力仍然是过去彭德怀指挥的红五军。两个军团共5个军，约4万余人，发起进攻，活捉了总指挥张辉瓒，俘敌9000余人，取得了第一次反“围剿”胜利。紧接着，蒋介石发动了第二次“围剿”、第三次“围剿”，都以敌人的失败而告终。第三次反“围剿”胜利后，赣南、闽西两个革命根据地连成一片，中央革命根据地的版图得以扩大。在三次反“围剿”斗争中，在中央的领导下，彭德怀亲自指挥了红一方面军三军团，在与国民党部队艰苦卓绝的斗争中，充分发挥其个人的智慧和指挥才能，取得了一个又一个胜利，为保卫中央苏区做出了巨大贡献。
1931年“九一八”事变，全国人民一致要求停止内战，共同反对日本帝国主义对东北三省的侵略。同时，军阀内部矛盾日趋尖锐，蒋介石不得不暂时停止对中央革命根据地和红军的“围剿”。1931年11月，中华苏维埃第一次全国代表大会在瑞金叶坪召开，成立中华苏维埃共和国临时中央政府。紧接着，中华苏维埃共和国中央革命军事委员会（简称中革军委）成立，朱德为主席，王稼祥、彭德怀为副主席。
1933年，蒋介石坚持“攘外必先安内”的政策，再次调集30多个师共16万的兵力，向中央革命根据地发动了第四次大规模“围剿”，企图一举歼灭红军和摧毁中央革命根据地。中央及时领导和指挥了第四次反“围剿”斗争，并取得了胜利。在这次反“围剿”战斗中，彭德怀继续率领红三军团，在中央红军的统一领导下，与敌人进行了英勇的斗争，取得了较大胜利。第四次反“围剿”胜利后，中央决定以红一军团为主组成中央军，把守中央革命根据地的北大门，以红三军团为主组成东方军，入闽作战，企图从两个方向打击敌人，实现革命在江西的首先胜利。彭德怀被任命为东方军司令员，滕代远为政治委员，袁国平为政治部主任。东方军在彭德怀的指挥下，战胜了酷暑、疾病、缺粮、疲劳等困难，连战连捷，取得了入闽战争的胜利。恢复了上（杭）、新（泉）、连（城）各县苏区，发展了泉（上）、清（流）、归（化）纵横数百里的新苏区。在实战中，彭德怀创造条件，调动敌人，围城打援，于运动中巧妙歼敌，表现出了非凡的军事才能。
蒋介石第四次“围剿”惨败后，不顾日本帝国主义对中国侵略的扩大，积极进行第五次“围剿”准备，他一面向美英帝国主义大量借款，购买飞机、大炮；一面聘请外国军事顾问培养“围剿”军事骨干。与1933年9月，蒋介石调集50万大军，开始了规模空前的第五次“围剿”。此时，中央苏区和红军在“左”倾冒险主义的领导下，抛弃前几次反“围剿”的战略方针，执行李德等人提出的“御敌于国门之外”、“不失寸土”的错误方针，推行进攻中的冒险主义，与数倍于我军的国民党军队正面迎击。第五次反“围剿”战役，持续一年之久，红军指战员英勇顽强，连续作战，给国民党军队以重创。苏区人民在中国共产党和苏维埃政府的领导下们积极参军参战，鼎力支援战争。但是，由于“左”倾冒险主义的错误战略方针，使得这次反“围剿”战役遭到严重失败，迫使红一方面军不得不退出中央革命根据地，突围向西实行战略转移。
1934年10月10日，中共中央、中革军委率领中央红军及中央、军委机关和直属8．6万人，以红一、红九军团为左翼，红三、红八军团为右翼，红五军团为后卫，掩护庞大的中央纵队退出中央革命根据地，向南突围，然后沿赣、粤、桂边去湘西与红二、六军团会合，开辟新的革命根据地。
彭德怀指挥红三军团，作为掩护中央撤离的右翼部队之一，于10月17日踏上征途。向西挺进中，红三军团首先突破粤军在信丰、安远间设置的第一道封锁线，占领新城。然后向湘南开进，接近并突破汝城。随后，红三军团全体指战员不顾艰难险阻，昼夜行军，英勇作战，突破湘粤军在粤汉铁路设置的第三道封锁线，攻占宜章城，保证了中央红军的顺利西进。11月，中革军委通令嘉奖：“赞扬三军团首长彭德怀同志及三军团全体指战员在突破汝城及宜章两个封锁线时英勇与模范的战斗动作。”
在英勇与敌战斗、突破重重封锁线的同时，彭德怀作为中革军委的副主席和红三军团的总指挥，曾就当时红军的行军战略和路线，提出许多符合实际的合理化建议，但当时的中央对彭德怀等人的建议不加理睬。
之后，红三军团在彭德怀的指挥下，迅速进入广西，西渡灌江，向灌阳逼近。紧接着，为了掩护中央大部队渡过湘江，突破第四道封锁线，红三军团进行了异常顽强、激烈的战斗。经过这次湘江战役后，红军由长征出发时的8．6万人，到渡过湘江，只剩下3万多人了，所带辎重，亦损失殆尽。在这种情况下，李德、博古等人的错误指挥受到了强烈的怀疑和不满。广大红军指战员觉悟到，红军之所以失败的原因就在于排斥了以毛泽东为代表的正确路线，贯彻执行错误路线所致。当此危机关头，被排斥的毛泽东出来说话，他根据敌人大量集结，阻击红军去湘江，而红军又在突破第四道封锁线时大量减员的情况，力排博古等人坚持原计划的意见，主张改向敌人力量薄弱的贵州进发，以甩掉敌人，使部队有个休整补充的机会。这一观点使彭德怀看到了希望。紧接着，彭德怀参加了红军长征时期扭转时局的遵义会议，在会上，彭德怀批评了李德在军事上所犯的严重错误，拥护毛泽东的讲话。遵义会议纠正了军事上的错误，撤销了博古、李德等的军事指挥权，增选了毛泽东为政治局常委。会后，常委分工，张闻天代替博古负总的责任。不久毛泽东、周恩来、王稼祥组成三人军事指挥小组，负责指挥红军的作战活动。
遵义会议以后，彭德怀指挥了红三军团参加了四渡赤水战役，取得了遵义大捷等胜利，但是红三军团在娄山关、遵义城、老鸨山诸战斗中，减员很多，损失惨重。遵义大捷之后，红军中央红军渡过金沙江，摆脱了国民党蒋介石几十万敌军的围追堵截，把敌人抛在了金沙江以南，取得了红军长征战略转移中具有决定意义的胜利。此后，红军渡过大渡河，开始翻越长征途上第一座大雪山——夹金山。过雪山中，彭德怀以身作责，率先示范，从大局出发，与广大指战员共同抵御困难，相互鼓励，扶持前进。紧接着，过草地，广大红军指战员不仅要与大自然做殊死搏斗，还要同饥饿做斗争。此间，在供养严重不足的茫茫草地上，彭德怀与大家同甘共苦，生死与共。
1935年9月12日，中共中央在川甘边俄界召开政治局扩大会议，会议决定把一方面军和军委纵队整编为中共工农红军陕甘支队，彭德怀任司令员，毛泽东任政治委员。同时，成立五人团进行军事领导，成员为：毛泽东、周恩来、王稼祥、彭德怀、林彪。会上还做出了《关于张国焘同志的错误决定》。俄界会议后，中共中央、中革军委率中央红军继续北上，渡过白龙江，勇夺天险腊子口，中央红军顺利翻过岷山。之后，毛泽东、彭德怀率陕甘支队在敌人的尾追下，连续突破西（安）兰（州）大路和会宁、静宁间公路及平凉、固原间公路的封锁线，翻越长征中最后一座高山——六盘山，进到环县。随后，毛泽东、彭德怀先后率部到达陕北吴起镇（今吴旗镇）。至此，中央红军胜利结束了举世闻名的二万五千里长征，取得了战略转移的落脚点。到吴起后，彭德怀又率领红军击溃了马鸿宾、马鸿逵和东北骑兵的进犯，经过此次战斗，结束了敌人的追剿。就在此时，毛泽东写诗赠送彭德怀，赞扬他卓越的军事才能和无畏的作战精神：
“山高路险沟深，骑兵任尔纵横。
谁敢横刀勒马，唯我彭大将军。”
此时，37岁的彭德怀，经过了井冈山及长征中无数次战役的考验和磨练，已经成长为我军卓越的军事领导人，他本人的军事才能和指挥艺术更加成熟。这首诗是在红军长征刚刚结束，毛泽东对彭德怀军事才能的经典总结，是彭德怀红军长征时期的生动写照。也是，此后，红军东征、西征时彭德怀的真实写照。
