矿主们的顽固态度大大激怒了罢工工人，广大民众也极为愤怒，纷纷支持10月8号的大罢工。总统都不能调节这场劳资纠纷，那还能指望谁呢？还是请摩根出面吧，也许他有办法使事情朝着好的方向发展。
罗斯福总统派出战争部长伊莱休·鲁特与摩根商议，他们在“海盗号”谈论了数小时，最后决定由法院来判决这件事，为此还将成立一个专门的仲裁委员会。
10月14日，摩根在他的合伙人培根的陪同下赶往华盛顿面见总统。培根是罗斯福在哈佛大学的同学，有他在，这次会面的气氛可以稍稍融洽一些。
因为几个月前，摩根也在这里与总统见过面，那次是为了解决他的北方有价证券公司被政府起诉的问题，最后摩根气愤地无果而归。
这一次，他想调节煤矿管理者和工人之间的紧张关系，使持续了几个月的工人能早日停止罢工，恢复工作。
这次的会面，双方都抱着解决问题的诚意，商议的结果也是积极的，罗斯福总统对于摩根所做的努力表示高兴，摩根也愿意配合总统完成使命。他对煤矿管理者做了不少劝说和协调工作。
最后，仲裁委员会综合各方意见，得出结果，将煤矿工人的工作时间从每天的10小时缩短到9小时，并且让工人得到10%的加薪。
一场空前规模的罢工事件就这样解决了，10月23日，所有罢工工人都回到了各自的岗位上。罗斯福总统给摩根写了一封信，对他所做出的努力表示感谢。
总统妥协了
无烟煤矿工人大罢工和平解决了，摩根得到了罗斯福的赞扬，也重新赢得了民众的好感。罗斯福总统同样也获得了民众的赞扬，要知道，在对待工人运动方面，1877年铁路工人大罢工时，海斯总统采取了行政强制措施；1894年普尔曼工人大罢工时，克利夫兰总统竟然动用了军队，造成了流血冲突，这在美国历史上是少见的，也是美国民众不能接受的。这一次，摩根协助总统和平地解决了长达几个月的大罢工，这应该算是摩根的功劳吧。
可是摩根没有忘记当年总统一上任就给他的下马威，对于总统主动示好，他淡然处之。他并不想主动接触总统，毕竟他已经是无冕之王了，在美国，他是那么有实力，以至于他虽然不能决定哪一位能当美国总统，但他可以决定哪一位不能当上。
这次事件以后，罗斯福总统和摩根之间呈现出一种微妙的关系，北方证券公司事件留下的隔阂有所缓解，桀骜不驯的总统在处理问题时也多了一份审慎的思考。罗斯福的第一个任期是卓有成效的，他打击托拉斯的行动受到民众的支持与赞扬，罗斯福本人又是个超党派的自由共和党人，民主党对他也青睐有加。1904年，又到了大选之年。
摩根原来是准备支持哈拿当下一任总统的，让他取代罗斯福也可以解他心中的怨恨，可是哈拿实在是有负厚望，竟然一直生病，卧床不起，没法参加竞选活动。摩根估计了一下形势，罗斯福没有强大的竞争对手，他的连任胜算很大。于是，他指使自己的合伙人弗里曼给罗斯福捐了15万美元。在临近竞选的日子里，罗斯福对与商业有关的事务尤其谨慎，他不愿意给敏感的媒体留下话柄，好像他的行为跟商人们对他的出资捐助有关。事实上，历届美国总统几乎都与利益集团的支持有关，庞大的竞选经费也大多来自大财阀的捐助，他们上台以后当然要为他的资助者说话办事，制定有利于他们的政策，这是大家都明白的道理。
摩根这一次能摒弃前嫌，支持罗斯福的竞选并且给予资金上的赞助，是因为他认为共和党人的政治主张以及管理方法对像他这样的大垄断财阀是有利的，他这一方掌握着国家经济命脉，与政治势力结盟很有必要，尽管美国一直标榜自由资本主义，但政治和经济势力的结合还是不可避免的。
罗斯福成功连任总统。在他的第二任期内，重新开始打击商业上的不规范行为，他对很多金融巨头依然毫不客气，这次打击的势头十分迅猛，做法也很强硬，符合他作为改革派的一贯作风。
20世纪初，像摩根这样控制着全国几条大铁路的现象已经引起了人们的忧虑，罗斯福认为政府不能再袖手旁观，必须对铁路运输和跨州贸易进行有效地监管和规范。于是他促成了《赫伯恩运价法》的通过，此法案可以扩大州际商业委员会在铁路管理方面的权力，过去调整运费是运输公司的事，通过这个法案，该委员会有权调整最高运费，同时也禁止铁路公司为关系公司免费运输货物，这对消费者是有利的，有利于净化商业环境。
1907年1月27日，罗斯福把摩根等垄断大财阀招到了白宫，发表了一通谈话，他强烈谴责了富有阶层对美国经济命脉的操控和对美国政治试图进行干预，说这番话的时候，他的眼睛一直在盯着摩根。让70岁的摩根感到一阵阵寒意。
罗斯福无疑要对美国经济来一场大刀阔斧的改革了，而改革的对象首先就是他们这些最富有、最有经济实力、又掌握着美国经济命脉的人，这些垄断资本家们感觉很不安心，他们必须找到对策，绝不能任政府宰割。
就在这时候，摩根捐助罗斯福的事后来被媒体披露，造成了很坏的影响。罗斯福总统予以坚决的否认，他认为因为当年的北方证券公司的问题，摩根对他是不满的，不可能给他提供政治捐款。摩根和他的合伙人决心利用这个事件制造对自己有利的形势，弗里曼谴责总统：“罗斯福表面装得公正，事实上他是为了竞选成功而答应同我们妥协，他答应过我们不会对铁路、钢铁部门动手，不然我们怎么会给他捐款？可是他不守规矩，当上了总统就违约了。”
华尔街当然地站在摩根一边，罗斯福陷入十分不利的局面。不久，罗斯福就在掌握着强大的金融资本的财阀面前退让了，并发表了一份国情咨文。事实上，这份国情咨文是摩根财团为他起草的，当然要站在财团的立场上用总统的话说出来：“政府规范企业的行为并不是要毁灭大企业，而只是针对大企业存在的一些疏漏提出一些矫正措施，大工业企业对现代化的发展是重要的。”
罗斯福妥协了，摩根露出一丝不易察觉的微笑：“妥协的是总统，不是我摩根。”
第二年的秋天，罗斯福答应了摩根的一项收购计划，同意让钢铁集团收购田纳西煤炭钢铁公司。钢铁垄断的步伐并没有因为罗斯福总统的锐意改革而中止，摩根要干的事就一定要干，因为他已经和总统联合了。
老罗斯福以“托拉斯驯兽师”而着称，但最后，他还是栽在了摩根的手上。可见，推动美国政治的本质上还是金钱，就像中国那句古话：有钱能使鬼推磨。摩根就是这样用金钱动摇了这位年轻的强硬的总统。摩根集团有了政府权力做保障，加上自身强大的经济力量，逐渐削弱和击垮了竞争对手，其实力远超过其他任何个人或团体，任何人只要一谈论到涉及商业问题时，首先想到的都是摩根。摩根成了美国金融界当之无愧的霸主，甚至曾经强大的约翰·洛克菲勒等人也一度听命于他。西奥多·罗斯福也公开承认了他的地位。摩根和罗斯福之间维持着一种微妙的关系，可以用六个字来概括，那就是——合作、冲突、制衡。
有盈利也会有亏损
在摩根力量成熟的这几年，他还面临了另外一系列的困难，尤其是经济上的困难。他所投资的众多行业中，有盈利的，也有亏损的，虽然总体来说发展得都不错，但是由于他选择重组铁路以及合并工业公司的时候，经常要受到法律条文的限制，这些最终形成的超级公司在市场中的运作也带有很多的不确定性，尤其是在风云变幻的股票市场中。
铁路行业中，摩根使一批企业联合起来，组成了像美国钢铁公司那样的大型超级公司，为了使自己的计划能够实现，并且减少债务，他必须得到各个组成公司的所有者的认可，这就意味着要大量地发行股票，将风险转移到股票投资者身上。这样带来的直接结果是，重组的铁路公司和新成立的超级公司的资本股价都过高了。因此这些公司都发行了太多数量的股票，只有当这些公司获得了很高的业绩时，才能分发足够的红利。但有一些时候，某些公司并不能完成这个目标，当然投资者也就不能获得红利。1903年，发生了一场被戏称为“富人的危机”的事件，一些“未经消化的有价证券”流通到市场里，导致交易市场上几乎所有的股票都贬值了，投资者遭受了极大的损失，人们对摩根操纵的股票市场怨声载道。
在庞大的美国钢铁集团成立的最初阶段，对于公司是否能顺利发展，人们并不乐观，但是钢铁集团在1903年的萧条下渐渐地渡过了难关，因为当时钢铁工业还比较年轻，有能力快速发展。事实证明，摩根的这次决定是正确的，其结果也是令人满意的。在1912年，普若委员会对他进行了调查，塞缪尔·恩特米尔询问他在1901年建立钢铁集团并让J.P.摩根公司托管时，有没有想到这也许是对商业强力有效的一击。
