乾清宫的藏书阁已经建成，全新的藏书数据库管理模式，司礼监的太监们已能应付；自崇祯登基以来的奏章，太监们从通政使司那里，全部誊抄了一遍，摘要编号整理等细致工作，很是忙碌了大半个月，经崇祯朱批的折子数已上万。虽然它们只占了藏书阁面积的很小一部分，但太监们已经体会到了，这种全新的藏书管理模式带来的好处；只要皇帝吩咐，任何太监都能很快找来所有相关的奏折，而不是以前靠着一两个太监纯凭记忆，能找来那么几本而已。太监们根据崇祯的喜好，又两次调整了关键词的设定，两次重新编录检索目录，这才有了现在的效果；崇祯只需翻看检索目录，根据奏章摘要就可了解事情的大概，必要时再从那一个个个抽匣中翻找奏章的全抄本。
崇祯放权于内阁后，想象中的轻松并未到来。先是决定进行大明朝廷的机构改革，为说明四位阁臣，可是用尽心机，然后就是接连的朝会辩论，还要抽时间考虑移民开发的问题，中间还又穿插个修订历法的事情。好在是，朝会里，有内阁大臣的支持；移民开发，有未来的农部尚书徐光启在筹划；修订历法，已经让他给打发到明年去了；崇祯这才能勉强支撑着。
自从说服成功，获得内阁大臣们的支持后，崇祯就开始考虑未来机构重组的人选问题。在奏章的检索目录中，崇祯发现了“黄宗羲”的名字，这让他有些兴奋，这可是明末清初的著名思想家，中国自由民主思想萌芽的代表人物。
崇祯为了朝廷人事方面的调整，查看了铲除阉党过程的奏章，以及因此带来的崇祯初期的人事变动，因此才发现了黄宗羲的这份上疏。疏中言道，还有大量阉党余孽尚未清除，这让崇祯的心里咯噔一下，看来阉党的政治清算还未完成。
“斩草不除根，春风吹又生”，崇祯是很清楚的，政治上是要不得仁慈的。既然已经对阉党痛下狠手了，就不能半途而废；只是……，这个“度”应如何把握，崇祯就煞费思量了；就先交给内阁去办吧，由大臣们掌握就是了。
崇祯暗自想到：嘿嘿，估计惩处阉党余孽的类似事情，由内阁来主导，这应是最后一次了，以后就该由“新督察院”来办了。崇祯与几位内阁大臣打交道多了，对于几位阁臣更为了解，再有新制度还未建立起来，还是先按旧有的规矩行事才好。
几位阁臣倒也不负重望，两日后呈上份名单，上面列有四十余人；黄宗羲状告的许显纯、李实皆名列其中。
“韩爱卿，这阉党余孽是否尽在其中了？”崇祯翻了几下，随口问道。
但这句话听在韩爌耳中，却完全不一样，难道皇帝嫌所列人员太少？那时阉党势力正盛，除少数死心踏地者，余者不过是俱其淫威，趋炎附势而已，毕竟如东林六君子、七君子般忠烈耿直之辈还是少数。遂正声答道：“陛下，阉党余孽为祸甚烈者，皆具名其中，余者不过惧其淫威而附和之徒。如今陛下英明，其必已认清大势，改邪归正，陛下不必对此介怀。”
“爱卿放心，朕不会牵连过广的。朕意不过是为变法扫清障碍，不受奸邪所扰。所列之余孽按律惩处就是，其资产如是贪没或仗势取得，皆予罚没。”崇祯见首辅担心扩大打击范围，忙解释一番。三国的曹操在官度胜袁绍后，烧掉了手下与袁绍间私通的信件，让首鼠两端者的安定了下来，此举大收人心。崇祯虽用不着特意地收买闪心，但朝廷的稳定局势还是要保证的；当然，崇祯也是看上这些余孽的财产了，想必其多是贪污受贿、仗势欺人所得，罚没充公，也能缓缓户部的财政危机。
“陛下英明，臣等这就着刑部办理。”韩爌躬身答道。
“韩爱卿，人嘛可以先抓起来，朕看这个案子是不是等法院成立后，再来审理，这正是法院立威的好机会。”
“臣遵旨。”
“爱卿，这朝争已有多日，话都说得够明白了，怎还是这许多人反对？”时间过去七八天的，朝会也开了三四次，可就争论不出个结果来，这让崇祯很懊恼。
“陛下不必心急，近日臣等已争取到部分人的支持，再给以时日，定能如愿以偿！”韩爌宽慰崇祯道。
“这么费劲，朕真想直接下召就是了。”崇祯确是有些气急败坏。
“陛下，这万万不可，如遭封驳，再次下召就现难通过了。”韩爌急道。
“唉……”崇祯叹道，真想裁掉那几个执迷不悟的大臣，只是无过而贬，反而更成全了这几人刚正的名声。崇祯已经感觉到了，在这一个多月的皇帝生涯中，明朝的大臣们很少是那种应声虫，很是坚持自己的观点，不为皇权所威吓。
想想那些后世的清宫戏中，哪个皇帝不是言出不二，哪个大臣敢犯颜直谏，一个个的都是“奴才遵旨”；怎自己这个皇帝，说的话就没几个人听呢？先开始费费口舌，那是自己不太熟悉皇帝这个位子，可现在有段时间了，自己也有些适应发号施令了，可是却难得有几人能听。如果真贬掉几个不听话的，那不给弄成自己的一言堂，真同历史上的崇祯一样了，也撤换他几十位阁臣。
崇祯暗自警惕着自己，作为皇帝一定要有容人之量，就算自己的政策再正确，也要尽量争取多数人的同意，这才能使得政策能更好的执行。
“朕省得，爱卿言之有理，朕不会急于求成的。”崇祯按捺着急躁的心情。
郑芝龙已经进京了，明日，崇祯将于文华殿内接见。
崇祯忙于机构改革，已近十日，未取得任何进展，原本要在郑芝龙来后，确定几个新的通商开埠城市，成立相应的市舶司，可是这机构改革未定，让这后续的步骤，有些实行不下去。
这机构改革的迫切要求，更是时不我待了，郑芝龙的这次进京朝拜，必须借机布置好海关的设置；将其郑氏的私人军队，整肃为朝廷的水师；未来走向海洋的明朝，正需以此为基础打造。
经过几天的深思熟虑，崇祯终有所悟，提出妥协建议：内阁大臣增到八人，六部也可被推举入阁。
又是几天的争吵，反对得最为坚决的六部中的几位大臣，终也默认了这项变革，大臣中的反对声浪，这才逐渐消退。
阁臣历来是由翰林学士担当的，六部大臣虽也有出身翰林的，但毕竟不是全部。此次的机构改革，虽对内阁有所制衡限制，但更多的是放权自主，还有新成立农商两部，这让许多大臣们难以适应。阁臣的位置，愈加地受人们重视了，这就加剧了人们对它的竞争，那些难以入阁却又位高权重的大臣们，极力反对此项改革。
如礼部尚书温体仁，虽也翰林出身，但已身为礼部尚书这重要职位，要想入阁却是有些困难。而未来的礼部，其层级还比不上刑部、兵部，这让他很是心有不甘，因此指使一些投靠在他门下的大臣，极力造声势反对改革。直到崇祯提出“六部之臣也可被推举入阁”时，温体仁在入阁的可能骤增时，才转变了其策略。
大明朝廷的机构改革，终于尘埃落定，崇祯颁下了旨意。
名单所列的阉党余孽，刑部均已缉拿归案，机构改革的旨意已下，就等法院挂牌成立后，这阉党余孽的逆案，就将公开在原刑部大堂中审理。
这也就引出了前文所述的，“宗羲忠孝报父仇，袖藏铁锥刺阉逆”。
