历史地看来，鲁迅与顾颉刚两人分别属于近代中国的两代知识分子，这在很大程度上造成了他们治学旨趣的不同。相比较而言，鲁迅更接近其师章太炎。章氏虽然曾在《国粹学报》刊行三周年的《祝辞》中提出“学以求是，不以致用”主张，但那主要是针对学以“干禄”的康梁等“六君子之徒”而发。章太炎：《国粹学报祝辞》，《章太炎全集》第4卷，第208页。至于其内心深处，则始终以经世致用为宗旨。章太炎晚年弟子姜亮夫即曾说“近世治学之歆向，在于求‘真’；而先生治学之歆向，在于求‘用’于救民”，为此他还曾与同门孙至诚展开辩驳，详见徐一士：《太炎弟子论述师说》，《追忆章太炎》，第431—438页。他在1921年的一次讲演中便说：“求学之道有二：一是求是，一是应用。……然以今日中国之时势言之，则应用之学，先于求是。”章太炎：《说求学》，《章太炎年谱长编》下册，第620页。对此，张君劢曾剖析说：“由清末至民国初年，吾国知识界对于学问有一种风气：求学问是为改良政治，是为救国，所以求学不是以学问为终身之业，乃是所以达救国之目的。”他并且指出：“大部分东京留学生都是热心政治，所谓求学不过是在政治活动中以求帮助自己智识之一种手段，很少有人以学问为目的，以努力学问为终身事业的。……至于真正研究纯粹学术的人，可以说是绝无仅有。”张君劢：《我从社会科学跳到哲学之经过》，吕希晨、陈莹选编：《精神自由与民族文化——张君劢新儒学论著辑要》，中国广播电视出版社1995年版，第389—390页。此论断或许不无过当，却也较深入揭示了清末知识分子（包括章太炎与鲁迅等人）的治学旨趣。关于章太炎的治学旨趣，可参阅陈平原：《中国现代学术之建立——以章太炎、胡适之为中心》，北京大学出版社1998年版。
而随着近代中国知识分子的日益边缘化，详参罗志田：《知识分子的边缘化与边缘知识分子的兴起》，收入《权势转移——近代中国的思想、社会与学术》一书。民国以后成长起来的一批学者则对政治产生了一种疏离甚至强烈排斥的情绪，从而立志一意向学，并且倡导“为学问而学问”的治学态度，这尤其以顾颉刚为代表。早在1920年5月，顾颉刚就应罗家伦之约，为《晨报》“五四纪念刊”撰写《我们最紧要着手的两种运动》一文。在该文中，他提出要改造中国，最紧要的是进行教育运动和学术运动：首先“我们应觉悟，我们若是诚心要改造政治，总不要用政治来改造政治，务要用社会来改造政治。……要改造社会，先要使全国国民都有受教育的机会。……所以我们的责任，并不是要在政治上代一般人负责；是要唤起他们的自觉心，让他们自己去负责”。其次，要进一步开展学术运动，“一个人不要去处置事情也罢，倘然要的，便非有学问不行。……大家有了做学问的诚心，自然使世界上的恶势力都失掉了原来在糊涂脑筋里的根据；更使世界上的好势力，在清明的脑筋里确定了他的根据”。顾颉刚：《我们最紧要着手的两种运动》，《晨报》1920年5月4日。显而易见，顾颉刚认为学术建设比政治运动更重要，只要“大家有了做学问的诚心”，恶势力便会自然消除。鉴于此，他在1921年6月9日致好友王伯祥信中便表示：“我也不想做社会改造运动家，我只愿一生读书，做一个科学的史学者。”顾颉刚：《自述整理中国历史意见书》，《古史辨》第1册，第36页。
1926年1月，顾颉刚在《国学门周刊一九二六年始刊词》又呼吁说：“我们的机关是只认得学问，不认得政见与道德主张的。……至于政治的变迁原是外界的事情，和我们有什么关系呢！”他还写道：“国家多难之秋，国民固该尽救国的职责，但这句话原是对一般国民说的，而不是对学术机关说的。……我们如果承认学术机关是确以提倡学术为专责的，学术机关的个人是确以研究学术为他的专门的工作的，那么他们就在国家风雨飘摇之际，依然埋头于学术上的问题原没有什么错处。”顾颉刚：《一九二六年始刊词》，《北京大学研究所国学门周刊》第13期。在此，他更是将“为学问而学问”的主张发挥到极致。
稍后不久，顾颉刚在《古史辨第一册自序》中又强调了这种观点：“在应用上虽是该作有用与无用的区别，但在学问上则只当问真不真，不当问用不用”。他并且说：“这一个觉悟，真是我的生命中最可纪念的。我将来如能在学问上有所建树，这一个觉悟决是成功的根源，追寻最有力的启发就在太炎先生攻击今文家的‘通经致用’上。”不过话锋一转，他接着则公开批评章太炎：“他薄致用而重求是，这个主义我始终信守，但他自己却不胜正统观念的压迫而屡屡动摇了这个基本信念。……在这许多地方，都可以证明他的信古之情比较求是的信念强烈得多，所以他看家派重于真理，看书本重于实物。他只是一个从经师改装的学者！”顾颉刚：《古史辨第一册自序》，《我与古史辨》，第28—30页。
对顾颉刚这种“为学问而学问”的治学态度，当时有不少人给予了高度的评价。李石岑在1924年元旦致吴稚晖信中即曾说：“我友顾颉刚先生，可谓最富于为学问而学问的趣味者”，“为学问而学问的积极态度，正值得大提倡而特提倡”。对此评价，顾氏答复说：“先生许我为‘最富于为学问而学问的趣味者’，实为知我之言，我决不谦让。”顾潮编著：《顾颉刚年谱》，第91—92页。1926年，周予同在《顾著古史辨的读后感》中也称赞：“颉刚才真真是沉醉于学术的人。……读书著述就是他安身立命的地方，就是他生命所喷发的火焰，也就是他的艺术生活的表现。……因为这正是超功利的，这正是无所为而为的精神的表现。”周予同：《顾著〈古史辨〉的读后感》，《周予同经学史论著选集》，第607—608页。而如前所述，陈源也对顾氏《一九二六年始刊词》予以盛赞，“觉得几乎没有一句话不同意”。陈源：《再论线装书》，《西滢闲话》，第228页。
与此相反，鲁迅的一生则始终关注国民性改造等现实问题，鲁迅早年也曾赞赏不求功利、“为学问而学问”的治学态度，他认为：“治科学之杰士，……盖仅以知真理为惟一之仪的，扩脑海之波澜，扫学区之荒秽，因举其身心时力，日探自然之大法而已。尔时之科学名家，无不如是，……试察所仪，岂在实利哉？”（《科学史教篇》，《鲁迅全集》第1卷，第32—33页）但其内心深处更多地洋溢的仍是经世致用的精神。其治学也“并非全为学术，大半是政治上的手段”，鲁迅：《随感录四十二》，《鲁迅全集》第1卷，第328页。因此他向来反对鼓吹所谓“为学问而学问”的论调，尤其是当顾颉刚严厉针砭章太炎“只是一个从经师改装的学者”之时，他起而为师辩护也就在情理之中了。1926年10月20日，他在致许广平信中便说：“现在我最恨什么‘学者只讲学问，不问派别’这些话，假如研究造炮的学者，将不问是蒋介石，是吴佩孚，都为之造么？”鲁迅：《致许广平》，《鲁迅景宋通信集》，第172页。该函收入《鲁迅全集》时删掉了此句。这明显是针对顾颉刚所谓“我们的机关是只认得学问，不认得政见与道德主张的”主张而发。30年代后，随着民族危机的日益加深，顾颉刚这一观念也有所转变，逐渐关注致用之史学。
第三，学术观点的分歧。
除了派别纷争的因素和治学旨趣的不同之外，鲁迅对顾颉刚的不满还缘于学术观点的分歧。他在致郑振铎的一封信中即曾批评顾颉刚说：“他是有破坏而无建设的，只要看他的《古史辨》，已将古史‘辨’成无。”鲁迅：《致郑振铎》，《鲁迅全集》第12卷，第477页。这说明鲁迅不同意“古史辨派”的“疑古”主张。他还致信川岛说：“近偶见《古史辨》，惊悉上面乃有自序一百多页。查当汉朝钦犯司马迁，因割掉了卵秋而发牢骚，附于偌大《史记》之后，文尚甚短。今该学者不过鼻子红而已矣，而乃已浩浩洋洋至此，殆真所谓文豪也哉！”鲁迅：《致章廷谦》，《鲁迅全集》第11卷，第559页。后来，他在《语丝》发表《拟豫言——1929年出现的琐事》一文，其中也写道，“《古今史疑大全》出版，有名人学者往来信札函件批语颂辞共2500余封，编者自传250余叶”，鲁迅：《拟豫言——1929年出现的琐事》，《鲁迅全集》第3卷，第571页。1931年，顾颉刚在《古史辨第三册自序》中曾说，“数年前，曾有人笑说《古史辨》杂集各人信札发表，其性质等于《昭代名人尺牍》。但我以为这个编纂法自有用处”（《我与古史辨》，第127页），这或许即是回应鲁迅之说。这些显然都是讽刺顾颉刚编《古史辨》一书。
具体说来，鲁迅对顾颉刚所提出“禹是一条虫”的观点便十分不满。据传说，禹曾封禅于会稽，且葬于会稽，是越的先人和越文化的代表。司马迁曾在《史记·夏本纪》中记载：“禹会诸侯江南，计功而崩，因葬焉，命曰会稽，会稽者，会计也。”作为越文化的继承者，鲁迅对禹相当推崇，自幼就多次探访会稽山下的禹陵、禹穴、禹庙。他还曾在《〈越铎〉出世辞》中称赞禹“卓苦勤劳”，鲁迅：《〈越铎〉出世辞》，《鲁迅全集》第8卷，第39页。并专门作《会稽禹庙窆石考》，对禹庙窆石的由来、年代、内容以及后人各种说法予以了详细考证。但与此相反，顾颉刚在揭橥“古史辨”旗帜的《与钱玄同先生论古史书》中大胆断言：“我以为禹或是九鼎上铸的一种动物”，“大约是蜥蜴之类”。顾颉刚：《与钱玄同先生论古史书》，《古史辨》第1册，第63页。这一说法随即遭到浙人钱玄同的纠正，而作为绍兴人氏的鲁迅对此愤慨则更是不难想见了。关于这一点，深知鲁迅内心世界的冯雪峰还曾深刻分析说：“他的愤怒还更由于禹的那种伟大的爱的精神吧（对于人类的、民族的历史的认识，这是非常重要的）。”冯雪峰：《鲁迅与中国民族及文学上的鲁迅主义》，《冯雪峰忆鲁迅》，第129页。当代著名学者王富仁先生也指出：“试想，在中国历史上记载的所有帝王当中，哪一个不是以个人的政治权威而得到中国知识分子的尊崇呢？……只有禹，不是作为权力的象征出现在中国历史上的，而是作为一个艰苦卓绝的实干的政治家而受到世人尊崇的。……可以说，禹是被鲁迅由衷爱戴着的唯一一位中国古代的政治领袖，是支持着他的民族自尊心的精神支柱之一。对于这样一个政治家，顾颉刚竟然以一点莫名其妙的理由，以连普通常识也不顾的方式，从根本上否认了他的存在，并且被胡适等新文化的权威人物吹捧备至，鲁迅的内心会是一种什么样的感受呢？”王富仁：《中国文化的守夜人———鲁迅》，人民文学出版社2002年版，第129—130页。其中言词或有过当，却也不妨聊备一说。
鲁迅1911年率绍兴中学学生赴禹陵春游
同时值得一提的是，顾颉刚怀疑“禹”存在的理由之一是他认为：“人的力量怎能够铺土陈山？……在‘洪水横流，禽兽逼人’的时候又应做多少年？……现在导一条淮河，尚且费了许多时间无数工力还没有弄好，何况举全国的山川统干一下，而谓在几年之间可以成功，这不是梦话吗！”顾颉刚：《讨论古史答刘胡二先生》，《古史辨》第1册，第111页。而在鲁迅看来，这种见解或许也不免过于拘泥现实。他早年即针对“有嘲神话者，总希腊埃及及印度，咸与诽笑，谓足作解颐之具”的现象批评说：“夫神话之作，本于古民，睹天物之奇觚，则逞神思而施以人化，想出古异，乍诡可观，虽信之失当，而嘲之则大惑也。”鲁迅：《破恶声论》，《鲁迅全集》第8卷，第30页。因此，在他看来，顾颉刚追究本属古人夸张想象的“大禹治水”传说的真实性，不啻是陷于一种“大惑”。相反地，鲁迅这一时期则开始创作《故事新编》，力求阐发上古神话传说的幽远内涵。
由此出发，鲁迅对顾颉刚提出“禹是一条虫”之说予以了一再针砭。1929年7月21日，刚从北京省亲回到上海的鲁迅，便在致川岛的信中介绍了与顾颉刚的意外遭遇，他说：“我在北京孔德学校，鼻忽推门而入，前却者屡，终于退出，似已无吃官司之意。但乃父不知何名，似应研究，倘其字之本义是一个虫，则必无其人，但借此和疑古玄同辈联络感情者也。”鲁迅：《致章廷谦》，《鲁迅全集》第12卷，第678页。这明显是讥讽顾颉刚所谓“禹是一条虫”之说。1933年2月6日，鲁迅发表《崇实》一文，尽管主要谈的是“这回北平的迁移古物和不准大学生逃难”，但他同时又借题发挥：“禹是一条虫，那时的话我们且不谈罢”。鲁迅：《崇实》，《鲁迅全集》第5卷，第12页。同年8月18日，他在《我们怎样教育儿童的？》一文中也说：“倘有人作一部历史，将中国历来教育儿童的方法，用书，作一个明确的记录，给人明白我们古人以至我们，是怎样的被熏陶下来的，则其功德，当不在禹（虽然他也许不过是一条虫）下。”鲁迅：《我们怎样教育儿童的？》，《鲁迅全集》第5卷，第255—256页。到了1935年11月，鲁迅在《故事新编·理水》中更描写道：“‘这这些些都是费话，’又一个学者吃吃的说，立刻把鼻尖胀得通红。‘你们是受了谣言的骗的。其实并没有所谓禹，禹是一条虫，虫虫会治水的吗？我看鲧也没有，鲧是一条鱼，鱼鱼会治水水水的吗？’他说到这里，把两脚一蹬，显得非常用劲。”鲁迅：《理水》，《鲁迅全集》第2卷，第372页。无可讳言，鲁迅在此影射顾颉刚为“鸟头先生”，并攻击其生理缺陷（如红鼻、口吃等），均是不妥当的。而在《铸剑》中，他也对小耗子的红鼻子着意描摹。他还曾对郑振铎评论顾颉刚说“嘴本来不吃，其呐呐者，即因虽谈话时，亦在运用阴谋之故”，并称顾氏“现在所发之狗性，盖与在厦大时相同。最好是不与相涉，否则钩心斗角之事，层出不穷”，“此公遍身谋略，凡与接触者，定必麻烦，倘与周旋，本亦不足惧，然别人哪有如许闲工夫”（《致郑振铎》，《鲁迅全集》第12卷，第492页），出言也不免过于尖刻。显而易见，这些嘲讽都是针对顾颉刚之说而发。实际上，顾颉刚后来很快便放弃了原先“禹是一条虫”的假设，参见顾颉刚：《答柳翼谋先生》（《古史辨》第1册，第227页）、《古史辨第二册自序》（《我与古史辨》，第118页）。
