《元也里可温教考》，1917年5月7日作；单行本，1917年5月10日；《东方杂志》第15卷第1、2、3、4号，1918年1、2、3、4月；《东方文库》第73种，1923年12月；《东方杂志》二十周年纪念刊。
《记大同武州石窟寺》，1918年10月；单行本，1918年；《东方杂志》第16卷，第2、3号，1919年2、3月。
《吴渔山与王石谷书跋》，1919年9月；《东方杂志》中国美术号下，第27卷第2号，1930年1月25日。
《开封一赐乐业教考》，1919年11月；《东方杂志》第17卷第5、6、7号，1920年2、3、4月；《东方文库》第72种，1923年12月。
《浙西李之藻传》，1919年；单行本，1919年；《名理探》附录，励耘书屋钞本，辅仁社影印，1926年6月。
《文津阁书册数页数表》，1920年；《北京近代科学图书馆馆刊》第2号，1937年12月5日。
《火祆教入中国考》，1922年4月25日；北京大学《国学季刊》第1卷第1号，1923年1月。
《摩尼教入中国考》，北京大学《国学季刊》第1卷第2号，1923年4月。
《摩尼教残经一、二》，陈垣校录本，北京大学《国学季刊》第1卷第3号，1923年7月。
《元西域人华化考》，北京大学《国学季刊》第1卷第4号，1923年12月（前四卷）；《燕京学报》第2期，1927年12月（后四卷）；《励耘书屋丛刻》第1集第1种，1934年冬。
《基督教入华史略》，华北第十六次大学夏令会（何志新记），1924年了；《真理周刊》第2年第18期，1924年7月27日。
《书内学院新校慈恩传后》，1924年6月；《东方杂志》第21卷第19号，1924年10月10日。
《二十史朔闰表》，1925年；北京大学研究所国学门丛书，1925年；古籍出版社1956年3月第1版；中华书局1962年7月第1版，1978年3月第2次印刷。
《中西回史日历》，1925年；北京大学研究所国学门丛书，1926年10月；中华书局1962年6月第1版。
《教王禁约及康熙谕西洋人跋》，1925年11月18日，影印折子本。
《泾阳王征传》，《文社月刊》第2卷第2册，1926年12月；中华基督教文社编，《北平图书馆馆刊》第8卷第6号，1934年11、12月。
《休宁金声传》，《青年进步》第99册，1927年1月。
《回回教进中国的源流》，1927年3月6日讲（沅君记），《北京大学研究所国学门月刊》第1卷第6号，1927年9月；《东方杂志》第25卷第1号，1928年1月10日，题为《回回教人中国史略》。
《华亭许缵曾传》，1927年4月，《真光杂志》第26卷第6号，1927年6月。
《跋明季之欧化美术及罗马字注音》，1927年9月8日；辅仁大学影印本，1927年9月，用王氏鸣晦庐藏本印；拼音文字史料丛书本，1957年1月文学改革出版社翻印，改题利玛窦著《明末罗马注音文章》。
《史讳举例》，《燕京学报》第4期，1928年12月；《励耘书屋丛刻》第2集第1种，1933年冬；科学出版社1958年1月第1版；中华书局1962年7月第1版。
《中国史料的整理》，燕京大学《史学年报》第1期，1929年7月10日（在燕京大学现代文化班讲演，翁独健笔述，作者修改增补）。
《耶律楚材父子信仰之异趣》（1929年9月30日燕京大学校舍落成典礼宣读论文），《燕京学报》第6期，校舍落威纪念专号，1929年12月。
《云冈石窟寺之译经与刘孝标》（1929年10月1日燕京大学校舍落成典礼宣读论文），《燕京学报》第6期，校舍落成年念专号，1929年12月。
《大唐西域记撰人辩机》，《中央研究院历史语言研究所集刊》第2本第1分册，1930年5月；《桑原博士还历记念东洋史论丛》日本弘文堂刊行，昭和6年1月；《〈大唐西域记〉附录》，文学古籍出版社，1955年1月。
《敦煌劫余录》，1930年，中央研究院历史语言研究所印，1931年3月。
《耶律楚材之生卒年》，《燕京学报》第8期，1930年12月。
《元典章校补》，1931年立春前二日，《励耘书屋丛刻》第1集第2种，1931年2月《元典章校补释例》（又名《校勘学释例》），1931年7月《蔡元培先生六十五岁庆祝论文集》上，1932年1月；《励耘书屋丛刻》第1集第3种，1934年10月；中华书局1959年12月上海第1版，1963年12月，北京第1次印刷。
《康熙与罗马使节关系文书影印本叙录》，1931年10月；故宫博物院影印，1932年3月。
《佛教能传布中国的原因》，1931年；北平辅仁社夏令会讲演稿，1932年，叶德禄记《雍乾间奉天主教之宗室》，《辅仁学志》第3卷第2期，1932年7月。
《雍乾间奉天主教之宗室说到石老娘胡同当街庙》，1933年3月13日；《大公报·文学副刊》第272期，1933年3月20日。
《书于文襄论四库全书手札后》，1933年立秋后四日；《北平图书馆馆刊》第7卷第6号，1933年9、10月合刊，北平图书馆影印本，1933年11月。
《元秘史译音用字考》，1933年12月25日；中央研究院历史语言研究所印，1934年2月。
《从教外典籍见明末清初之天主教》，《北平图书馆馆刊》第8卷第2号，1934年3、4月合刊。
《记吕晚村子孙》，1935年6月；《文献特刊》故宫博物院十周年纪念，1935年10月10日。
《切韵与鲜卑》，1935年；《华裔学志》第1卷第2期，1935年（英文本）；《北平图书馆图书季刊》第3卷第3期，1936年9月。
《艺风年谱与书目答问》，1936年3月28日；《北平图书馆图书季刊》第3卷第1、2期，1936年3月。
《记徐松遣戍事》，北京大学《国学季刊》第6卷第3号，1936年7月。
《四库提要中之周亮工》，1936年9月；《文献论丛》故宫博物院十一周年纪念，1936年10月10日。
《记许缵曾辑刻太上感应篇图说》，1936年寒露作；《北平图书馆图书季刊》第3卷第4期，1936年12月。
《吴渔山晋铎二百五十年纪念》，1936年11月26日；《辅仁学志》第6卷第1、2合期，1936年12月；《华裔学志》第3卷第1期，1938年（英文本）。
《墨井道人传校释》，1936年12月11日。
《墨井集源流考》，1936年底作；天津《益世报·人文周刊》第1期，1937年1月1日。
《吴渔山先生年谱》，1937年清明前二日作；《辅仁学志》第6卷第1、2合期，1937年6月；《励耘书屋丛刻》第2集第3种，1937年7月。
《旧五代史辑本发覆》，1937年7月；《励耘书屋丛刻》第2集第2种，1937年7月《释氏疑年录》，1938年10月；《励耘书屋丛刻》第2集第4种，1939年冬；中华书局1964年3月第1版，1965年第2次印刷。
《汤若望与木陈忞》，1938年12月22日；《辅仁学志》第7卷第1、2合期，1938年12月；《华裔学志》第5卷第1、2合期，1940年（德文本）。
《语录与顺治宫廷》，1939年3月；《辅仁学志》第8卷第1期，1939年6月。
《明季滇黔佛教考》，1940年3月；《辅仁大学丛书》第6种，1940年8月；科学出版社1959年2月第1版；中华书局1962年8月第1版。
《清初僧诤记》，1941年1月；《辅仁学志》第9卷第2期，1940年12月（1941年出版），《励耘书屋丛刻》第2集第5种，1944年夏；中华书局，1962年9月第1版。
《南宋初河北新道教考》，1941年7月；《辅仁大学丛书》第8种，1941年12月；科学出版社1956年10月第l版；中华书局1962年7月第1版。
《明末殉国者陈于阶传》，《辅仁学志》第10卷第1、3合期，1941年12月。
《汪容甫述学年月日多误》，1942年4月18日；《辅仁大学语文学会讲演集》第8辑，1942年9月。
《中国佛教史籍概论》，1942年9月；科学出版社1955年12月第1版，1957年8月第2次印刷；中华书局1962年11月第1版，1977年9月第9次印刷。
《通鉴胡注表微》，1945年7月；《辅仁学志》第13卷第1、2合期（前十篇），1945年12月；《辅仁学志》第14卷第1、2合期（后十篇），1946年12月；科学出版社1958年3月第l版；中华书局1962年6月第1版。
《跋陈东塾与郑小谷书墨迹》，1952年7月作；香港《大公报·艺林周刊》1962年3月11日。
《商朝与殷朝》，《编辑工作》第18期，1956年8月15日，人民教育出版社出版。
《柬埔寨始通中国问题》，《光明日报·史学》第89期，1956年8月16日。
《复谢仲墨函答腰仙活人心法》，1957年7月29日；《江西中医药》1958年第6期节录，1958年6月。
《学点历史》，《北京日报》、《学习与修养》第16期，1958年7月12日。
《和青年同学谈读书》，《中国青年》1959年第12期，1959年6月16日。
《影印明本册府元龟序》，《北京师范大学学报》1959年第4期，1959年7月。
《史学工作的今昔》，《光明日报》1959年10月22日。
《书大德南海志残本后》，香港《大公报·艺林周刊》1960年9月11日。
《谈谈文风和资料工作》，《光明日报》1961年8月16日。
《谈北京双塔寺海云碑》，《人民日报》1961年4月23日。
《佛牙故事》，《人民日报》1981年7月20日。
《跋王羲之小楷曹娥碑真迹》，1961年7月作；《文物菁华》》1983年第2集，1963年4月第1版。
《跋陈鹏年自书肖卷》，《人民日报》1962年3月26日。
《跋凌次仲藏孙渊如残札》，《文物》1962年第6期，1962年6月。
《跋洪北江与王复手札》，《文物》1962年第9期，1962年9月。
《衷心喜悦话史学》，《红旗》1962年第19期，1962年10月1日。
《法献佛牙隐现记》，《文史》第1辑，1962年10月。
《余嘉锡论学杂著序》，1962年11月作；《余嘉锡论学杂著》，1963年1月中华书局出版。
《书傅藏永乐大典本南台备要后》，《北京师范大学学报》1963年第l期，1963年4月。
《钱竹汀手简十五函考释》，《文物》1963年第6期，1953年5月。
《跋西凉户籍残卷》，《北京师范大学学报》1963年第2期。
《旧五代史辑本引书卷敷多误例》，《文史》第3辑，1963年。
《跋陈东塾与王玉仲手札》，香港《大公报·艺林周刊》，1963年12月18日。
《跋胡金竹草书千字文》，香港《大公报·艺林周刊》1964年2月2日。
《跋董述夫自书祷》，《文物》1964年第2期，1964年2月。
《戴子高年岁及遗文》，香港《大公报·艺林周刊》1964年6月10日。
《萨都剌的疑年——答友人书》，香港《大公报·艺林周刊》1965年7月18日。
