2月19日俄罗斯军事检察机构对俄罗斯边防警卫队开火行为的合法性进行调查。追踪和扣押“新星”轮的是俄巡航舰“Manchuria”号和边防舰“Primorje”。在发现“新星”轮擅自离港，于13日追赶上之后，边防士兵要求其停船，但没有得到回应。在使用了各种非武力手段（无线和光线信号）之后，边防士兵根据俄联邦国家边界法第三十五章的规定鸣枪警告，“新星”轮仍然不停船。边防舰随即开始向“新星”轮船头和船尾射击，“因为那里没有船员”。但“新星”轮船长仍然没有下令停船，直到船体遭到第四次扫射，“新星”轮船长才表示愿意配合停船。13日稍晚时“新星”轮在两艘俄舰艇的押送下，开始返回俄纳霍德卡港。
2月19日吉瑞祥船务（香港）有限公司发表声明，称俄边防巡逻舰正是此次事故的肇事元凶。
俄《消息报》3月29日报道，被找到的是“新星”号上中国籍船员，于3月28日在日本本州岛沿岸被发现。
各方对事件说辞不一
俄方被迫开火？
事后，俄边防部队对俄媒体宣称，“新星”轮因载有走私货物而遭到俄有关机关扣押。这种弥天大谎，充分暴露了俄边防部队试图掩盖事实真相、推卸责任的丑恶嘴脸。
“新星”号船主吉瑞祥（香港）有限公司随后发表声明详细叙述了事件的经过。声明称，2009年1月3日，“新星”轮从泰国曼谷装载4978吨的袋装大米于1月29日到达俄罗斯的纳霍德卡港。随后发生了上述一幕。
而后20日，俄联邦库页岛省边防管理局出面承认，在扣押“新星”轮的过程中，俄边防军“被迫使用了武器”。并将事故责任归咎为“新星”号货轮船长。符拉迪沃斯托克地方检察官亚历山大·塞伦特索夫进一步证实，这一开火命令来自俄联邦安全局。
俄国家安全局滨江区边防处新闻办在接受俄新社采访时称，“新星”号离岸时并未得到俄方批准，且是非法穿越俄罗斯边界，“新星”号货船违反了国家边界制度并非法通过俄联邦水域。该机构官员表示，俄方发出多次停船信号，但货船仍然向中立水域航行，俄边防军于是被迫开火，货轮中弹损毁，于15日在驶返俄国港口途中沉没。俄方认为，货船对俄方几小时的警告信号无动于衷，不执行俄方合法的停船要求。
中方表示对俄方表态不能接受
2月18日，外交部领事司和中国驻俄罗斯使领馆已分别向俄罗斯驻华使馆和有关部门提出交涉，要求俄方协助全力搜寻失踪船员，同时尽快查明事故原因。
2月19日，外交部副部长李辉紧急约见俄罗斯驻华大使拉佐夫，进行交涉。李辉表示，中方对发生此事件感到震惊，表示严重关切。此次事件的细节虽需进一步调查，但俄方炮击民用商船、对落水船员施救不及时、长时间未向中方提供调查结果，中方对此不能接受并表示强烈不满。
李辉表示，中方对此事件高度重视，强烈要求俄方从中俄关系大局出发，尽快全面彻底查清事实，给中方一个负责任的交待。要求俄方从人道主义精神出发，对中方获救人员妥善安置，并继续全力搜索失踪人员。中方对此事保留进一步交涉的权利。
拉佐夫对“新星”号事件造成中方人员重大伤亡表示遗憾。拉说，目前俄有关部门正在调查，相关情况将及时通报中方。
2月20日，外交部提出交涉，表示中方对俄外交部发言的表态无法理解、不能接受。外交部欧亚司司长张喜云向俄驻华使馆公使衔参赞莫尔古洛夫提出交涉，表示中方对俄外交部发言人2月20日就“新星”号事件的表态无法理解、不能接受，并再次强调中方的各项有关要求。
吉瑞祥积极参与解决事故
吉瑞祥（香港）船务有限公司在事故发生后立即成立应急小组，并已派出小组成员赴俄罗斯处理善后事宜。
吉瑞祥（香港）船务有限公司，该公司一位工作人员称船只沉没由俄边防军开火而导致，“俄军共使用了515次火力。最可让我们觉得可气的是我们的船员在呼救的情况下，他们完全冷眼旁观，没有采取任何救援措施”。该宣传人员在电话中声音开始变得哽咽。“这些失踪的船员都非常年轻，大多只有20多岁，他们在水中挣扎，却没有获得任何救助。”
吉瑞祥公司表示，“新星”轮原船由国内保险公司承保，完全属于中国公司财产。由于网上对事件说法争论不定，该公司请求俄中两国政府组成联合调查组，全面客观地查清事情的经过，并追究肇事者的刑事责任。公司同时要求俄方全力搜救失踪船员，妥善处理遇难和失踪人员的善后事宜，尽快赔偿损失。
俄方对此事件处理结果
2月24日朱可夫指出，“新星号”货轮印尼籍船长在货轮遇险后，组织船员下水，离船措施得当，海上检察院将不追究刑事责任。不过，报道说，俄军事检察院已宣布以组织非法越境罪准备对其实施正式起诉。
检方认为，包括被救3名船员在内的“新星号”人员没有触犯俄海上运输法律，“新星号”货轮印尼籍船长在处险登救生筏过程中，处险得当，人员撤离有序，发出求救信号及时，俄方认为，没有触犯俄国海上运输法律。朱可夫强调，中方被救船员待正式结案后，便可返乡。
4月21日，俄罗斯纳霍德卡法庭以非法穿越俄边境为由，判处被俄击沉的中国“新星号”货船印尼籍船长入狱3个月。俄罗斯远东滨海边疆州检察机关女发言人诺莫科诺娃说，“法院判处外国船只‘新星号’船长、印尼公民阿迪口纳兹威拉（AdiNazvira）入狱3个月”。
事件分析与启示
事件分析
国际运输工人联合会（ITF）驻符拉迪沃斯托克代表彼得·奥西昌斯基与4名印尼籍获救船员进行了面谈。他们的想法是，如果船长当时及时就货物受损情况递交海事报告，结果就会完全不同。
船长证实，货船在开往符拉迪沃斯托克途中遭遇暴风雨，因此他曾打算在当地公证处递交海事报告，尽管他并没有在海上货船行驶期间提交这份海事报告。而后在卸货期间发现货物发霉，水手长联系了负责货物清关的俄罗斯“VIRA”公司并请求办理海事报告。但当地公证处拒绝给予公正，因为货物已经离舱。很大程度上，新星号货船的悲剧事件是由于没有递交海事报告而引发。
据国际文传社源引检查机关的报道称，据初步调查表明，这次人员伤亡的原因一是由于该货轮没有配备抵御恶劣天气的必需品，其中一个救生筏没有配备防护篷，丧生的船员也没有救生衣。二是俄边防艇没有及时实施救援，导致错过了最佳救助时间。
国际法的基本原则是和平、非暴力，在公海上对一艘外国船只进行武装行动有两个必要前提：第一，必须证明该船系犯罪船只，并有证据证明该船涉嫌犯罪；第二，根据国际法，一国武装力量有示警、拦截和登船检查的权力，在对该船动武之前应该使用以上这些手段。在此处理此事件方法上，俄罗斯边防军的行为至少有过火的嫌疑。国际法规定，商船在任何国家的领海航行都有“无害通过权”。如果该船真的涉嫌违反俄罗斯法律，俄军方当然有权要求停船检查，甚至可以采取示警、拦截、登船等行为。但是这并不代表俄军方在一无过硬证据、二无示警等手段的情况下，有权使用暴力对该船射击乃至击沉该船，无论该行为发生在公海还是在领海。
外媒观点
在真相尚未查明之前，双方公说公有理，婆说婆有理。但无论如何，俄罗斯的态度野蛮却是不言自明，由俄罗斯方面流出的一段炮击视频显示，俄舰官兵在炮击中有说有笑，仿佛不是在执行公务，而是在玩猫捉老鼠游戏。其实，以巡逻艇的速度，完全可以赶上中国商船，根本不必要用到炮击来阻止其航行，而且居然发射五百多发炮弹，将商船打得千疮百孔。
另外，事件发生后，俄罗斯方面对坠海遇险船员没有及时施救，放任自流，在当地极冷的海水中，冷眼旁观船上人员死亡，而且在事件发生后，也没有及时向中方通报事件，提供调查结果。俄罗斯方面的做法相当冷血，明显违反国际人道主义的精神。
从目前情况看，中国官方尚未对这件事进行定性，中国外交部虽然派出副部长李辉紧急约见俄罗斯驻华大使拉佐夫，进行“严正交涉”，但用词仍然比较温和，希望能够大事化小、小事化了。而俄罗斯方面亦作出姿态，宣布俄罗斯军事监察部门对事件进行调查。
这次俄罗斯边防军击毁中国商船一事，结合船主和俄罗斯传媒的描述，可以大致了解整个事件的过程。整个过程，似乎是一个连环套，俄国人的卑鄙和残忍显露无疑，其边防军的有恃无恐和杀人时的狂笑，让人齿冷。
