1688年（康熙二十七年），御使陈紫芝与郭琇闻风而起，分别参劾湖广巡抚张湃与内阁大学士明珠、余国柱等，背公结党、贪污搜刮、纳贿营私。康熙在查明后，革张湃职，将大学士勒德洪、明珠、余国柱均革职，令大学士李之芳回原籍休息。五名内阁大学士只留下曾为顺治起草遗诏的王熙。事后，康熙告诫说：“嗣后大小臣工，各宜洗涤肺肠，痛改陋习，洁己奉公，勉尽职掌，以副朕宽大矜全，咸与维新之至意。”充分体现了康熙察吏安民，整顿纲纪的决心。
康熙在惩贪同时扬善，对清廉能吏大力扶植。直隶巡抚于成龙，先后任广西罗城知县、四川合州知州、湖广黄州府同知、武昌知府、黄州知府，在三藩之乱时，集乡兵数千抗敌，平定黄州，打通了转饷要道，有力支援了荆州大军。后连迁升江防道员、福建按察使、布政使。任直隶巡抚时已六十四岁。上任后，于成龙是非分明，支持清洁廉吏、劾奏贪黩县令，后得康熙亲召于懋勤殿，表彰其为当今清官第一，赐白金、良马、御诗等。于成龙当殿提出蠲免钱粮、赈济灾荒，康熙欣然应允。同年，提升为江南、江西总督。于成龙感激康熙知遇之恩，到江南后更加勤奋，诫属吏，革加派，治事每日到天明，属下闻风而一改弊习，循规蹈矩。二十三年四月十八日，于成龙病逝于任上，其遗物仅布袍一袭，杯子数个而已。康熙闻讯，感慨非常，称其为“天下廉吏第一”，加赐太子太保，予谥清端，并御书“高行清粹”祠额及楹联赐之。
奖励清官，百官争效。于成龙继任者吏部侍郎傅拉塔继任两江总督后，清弊政、斥贪墨开仓赈民，参劾属下大吏不法行径，承继于成龙的遗风，一时两江肃然。后傅拉塔死于任所，康熙第五次南巡路过雨花台时，赐御书“两江遗爱”匾额，悬于傅拉塔祠堂。
康熙采取积极的态度培养清官能吏，而且还发现了许多廉吏。其中，吏部尚书张鹏翮、湖广总督郭琇等都是以其清廉而由微官不断迁升而至朝中大员、封疆大吏的。
在惩贪方面，康熙的决心很大，因朝中内外清官毕竟是少数，所以惩贪诫后尤为重要，除革大学士明珠等人职外，在噶礼，张伯行互参案中，康熙的扶正抑邪、端源清流的思想再次体现出来。
噶礼，满洲正红旗人，清开国元勋何和礼四世孙，在任山西巡抚时即加派私征，虐吏害民，曾屡遭参劾，但因其矢口否认，故未受处罚，反而于康熙四十八年被提升为两江总督。上任后，噶礼更加肆无忌惮，将江苏巡抚、布政使、按察使等官一律劾罢，与新任巡抚，天下第一清官张伯行发生矛盾。康熙五十一年，张伯行参劾噶礼以银五十万两徇私贿卖辛卯（康熙五十年）科举人，但噶礼否认，并反诬张伯行，劾其七罪。康熙先后命尚书张鹏翮、漕运总督赫寿、尚书穆和伦等严审，但他们偏袒噶礼，问题无法澄清。康熙深知此案非二人的问题，而是清官与贪官的矛盾，涉及满汉关系，必须表明态度，于是谕九卿等臣下，露其保全清官之意。但九卿再议时仍不肯单独提出惩罚噶礼。不得已，康熙亲自出马，命张伯行仍留原职，噶礼依议革职，后因噶礼欲毒其母，康熙令其自尽，妻亦从死，养子发配边疆。
康熙察吏安民，作风严谨，虽然囿于其个人的思想品德和措施不能从根本上解决吏治的问题，但这是历史的局限。
康熙的文治是中国社会困扰民间几千年的治河问题。
黄河哺育了华夏民族的千万子孙，是中华民族的发祥地。但历史上也是经常泛滥、改道，沿河人民多少年来被其泛滥困扰，深受其害。所以，历代帝王都非常重视河道治理。
清初，由于清政府忙于平定中原，战乱连年不息，河道年久失修，使得河患十分频繁，加之康熙初年地方秩序尚未恢复正常，一些奸民以私己为目的，擅自决口，加重水患。因此康熙亲政之初即将三藩、河务、漕运定为三大事，书于宫中石柱之上，而且还未雨绸缪，于1672年（康熙十一年），令工部会同河道总督、漕运总督共同商量治河事宜，然而却因年底爆发“三藩之乱”而被迫停止。
康熙十五年，黄淮再次上涨，大小决口百余处，直注运河，将今淮安城没于河底，致使运道受阻，江南财赋重地被淹。在此情况下，尽管财政困难，康熙还是决心治理黄河、淮河。
同年，康熙派工部尚书冀如锡、户部尚书伊桑阿前往治区巡视河工，并命其勘察详情，提出修筑堤坝的具体方案，以求一劳永逸。
同时，康熙还命江淮、扬州所属地方广种柳树，以备河工需要。对原河道总督王光裕，因其无治河之才而解职。任命安徽巡抚靳辅为河道总督，并遣吏部侍郎折尔肯等同新任河道总督共察河务。
靳辅，汉军镶黄旗人，顺治十五年任内阁中书，迁兵部员外郎。康熙初年任内阁学士，十年授安徽巡抚，治政颇优。康熙对靳辅寄予厚望，靳辅亦感念康熙知遇之恩，孜孜图报。上任伊始即进行了两个多月的实地考察，继承明代河臣潘季驯“筑堤束水，以水攻沙”的理论，批驳了以往只“保运”，而不求治黄的错误做法，提出统筹全局，“将河道运道一体，彻首尾而合治之”的指导方针，并写成《经理河工八疏》上奏康熙。
康熙对靳辅的方案很赞同，批准其实行，支给此项钱粮二百五十余万两，限定三年告竣。
靳辅尽心尽力，三年内共施六大工程，虽期间两经大水，但因奋力抢修，保存了整个工程的缮修，成绩斐然。
但当靳辅治河之时，有人提出否定河工，康熙派去巡视河工的户部尚书伊桑阿等也以非常挑剔的眼光看待河务。对此，靳辅毫不气馁，上奏康熙，逐条批驳伊桑阿等所奏。
1683年（康熙二十二年），河工告竣，康熙异常高兴，复靳辅在治河期间被免的河道总督。但淮扬水灾未见根本好转，康熙为查明原委，决定南巡。
1684年（康熙二十三年）康熙南巡。先至泰山，后临郯城，靳辅于郯城迎驾，康熙令其随驾同行，最后到达苏州、南京。经过实地考察，康熙充分肯定了靳辅治河的成就。拜完孔庙后，康熙决定控制减水坝，开浚下河入海口，召随行人员讨论。但大学士明珠、九卿及靳辅等人反对康熙开浚下河入海口的方案。问题不在开浚下河入海口本身，而是诸臣反对康熙任命于成龙来督理，支持靳辅“筑堤束水以注海”的主张。争论未下，康熙不能将众大臣之议置若罔闻，于是提于成龙直隶巡抚，疏浚下河工程被迫暂停。
康熙在查清明珠案后，一度想重提疏浚河工，但靳辅恐海水倒灌，上疏坚持反对，被康熙革职。通过海口之争，康熙洞察了朝中部分官员从私己利益出发，左右摇摆不定，不从朝政出发，而是想怎样取悦于自己，于是将其中的代表总漕慕天颜、两江总督董讷、工部侍郎孙在丰等各降五级。
靳辅被撤后，朝中刮起一股否定靳辅之风，康熙再派人实地勘察，后于1689年（康熙二十八年）再次南巡，至浙江绍兴会稽山祭禹陵而返，此行意在平息朝中的争论。南巡中，康熙亲视河工，问俗百姓，皆称赞靳辅之功。通过实地考察，康熙虽未亲临，但听到百姓常说，盐城一带地势低洼，海水反而高出地势，建闸无益。逐渐认识到自己过去坚持疏浚下河是错误的，并当众承认了自己的错误想法。康熙能够不文过饰非，实属难能可贵。
1697年（康熙三十六年），噶尔丹叛乱平，时值靳辅已去世五年，康熙研究靳辅的治河经验，总结自己多年的治河实践，形成新的认识：提高洪泽湖水位，降低黄河水位，使淮水三分入运，七分入黄，运道才安全。于是决定亲自治理河工，1699年（康熙三十八年）第三次南巡。
通过南巡，康熙提出“深浚河底、改修清口，拆毁拦黄坝，引水入江，直浚河道，以急水冲沙”等一系列主张，将能吏两江总督张鹏翮调任河道总督，直拨经费，使工部无法掣肘。张鹏翮不负康熙重托，将几项工程修浚，而且提出八项保险防固工程．防春、秋二汛。康熙第四次南巡（康熙四十二年）验收时表示满意，基本上控制了水患，时值康熙五十寿辰，他以“四海奠安生民富庶，而河工适又告成”特颁诏天下，大沛恩泽。
康熙总结多年来治河成功的经验，皇帝重视、关心，亲自调查研究，用人得当。在其第五次南巡亲视河务后，以诗抒发多年来殚精竭虑而取得成功的喜悦心情：
春雨初开弄柳丝，
渔舟唱晚寸阴移。
庙堂时注淮黄事，
今日安澜天下知。
康熙当政之初，财政上的困难一直困扰着他，这主要是明末清初，中华大地经历了长达数十年的战乱，加上天灾人祸，社会经济遭到空前的破坏。顺治朝虽曾蠲免钱粮，轻徭薄役，但未能从根本上扭转财政上的困难。康熙一边平定三藩与噶尔丹叛乱，一边着手整顿财政，注意减免赋役，鼓励民间垦荒。康熙针对前朝遗留的弊端，改变大量荒田得不到开垦的局面，命人清查全国人口，按人丁收取赋税，并于1712年（康熙五十一年）宣布“滋生人丁永不加赋”，来控制大量流动人口，将全国丁银总额基本固定，使广大农民的负担相对稳定，这为雍正年间实行摊丁入亩打下了基础。
康熙在想尽办法鼓励垦荒，以减轻财政困难的同时，还注意赈济灾荒。而且康熙身体力行，崇尚节俭以作表率，正如他说：“帝王之治，首在维持风化，辨别等威，崇尚节俭，禁止奢侈，故能使人心淳朴，治化休隆。”康熙吃的食物很普通，冬天穿的是两三张黑貂皮和普通貂皮缝制的皮袍，春秋经常穿的是一件羊毛绒外套，这种外套在当时被认为是普通的服装。夏季穿的是用荨麻布做的上衣……对于拥有这么大领土的皇帝来说，这一切显得有些寒酸，但从中我们可以看到康熙崇尚节俭的一个侧面。
