康熙一生武功显著，所以他非常重视对八旗武备的整饬。康熙在位期间新编满洲、蒙古、汉军，佐领四百八十七个，加上原有的六百五十一个，使八旗佐领总数达一千一百三十八个，使八旗制度发展到了最高峰。并新建了善扑、虎枪、火器等营制。对于如此庞大的武备，康熙一刻也没有放松严饬，不断地调整和改革。为使如此庞大武备忠于皇权，康熙采取很多措施。
首先是严禁诸王及旗下官员家人以权力霸占河路、船只、关隘，持强垄断贸易。其次是严禁诸王及旗下大臣勒索本旗所属外任官员及干预地方事务。第三是对犯罪诸王削爵、撤佐领。第四是更定宗室王公袭爵法，亲王以下、奉恩将军以上之子，俟年二十，辨其文艺、骑射之优者，名列引见，请旨受封。第五是改革都统、副都统补授办法，防止诸王干涉旗务。
同时，为缓和旗人与民间的矛盾，将旗民合编一处，用保甲制度。并将八旗分遣各地驻防，既维护了国家的统一，抗击外敌侵略，又进一步促进了民族的融合。
康熙文治武功盛名留世，其文学艺术方面的成就也为后人称道。
康熙自幼熟读四书五经，即位后更是将孔孟之道和程朱理学作为治理国家的正统思想，强调“仁政”，主张“国家之治，首在崇尚宽大”。“治天下之道，以宽为本”，对于继位之初缓和民族矛盾，发展生产，安定社会是有益的。同时，康熙对于自然科学有着浓厚的兴趣，他细心研究西方传教士传进中国的科学知识，并晓谕臣下注意向洋人学习。同时，他还细心求访“隐沦”乡里的专家、学者。四十二年，他第四次南巡时，路过德州，听说安徽宣城贡生梅文鼎对历算之学深有研究，便向大学士李光地索取梅先生著作，并带回宫中仔细研读，亲笔批注。四十四年，康熙第五次南巡，将梅文鼎召至御舟之前，一连三天，详细垂问，其孜孜不倦、诚心向学。
对于泊来的天主教，康熙帝采取既不盲目排斥，也不盲目推崇的态度，强调传教士必须遵守“利玛窦规矩”。所谓“利玛窦规矩”是意大利传教士来中国传教的遗风，即儒冠儒服，以天主教义依附孔孟伦常，允许教徒祭天、祭祖、祭孔，尊重中国习俗。
康熙酷爱中国古代传统文化，其文采诗赋在中国历代君王中可傲视群雄。随着国家大一统局面的形成和文化的进一步发展，编纂一部更完善的新字书愈发显得必要。1710年（康熙四十九年），康熙向南书房大学士陈廷敬等首次提出编修汉文字书的初步设想。随后，成立编书机构，命张玉书、陈廷敬为总阅官，凌绍雯等二十七人为编纂官，历时六载，终于修成，康熙钦定书名为《字典》，因该《字典》系康熙亲自主持编纂，所以后人通称《康熙字典》。
《康熙字典》吸收历代汉字书有益成分，融会总和，并加以补充和发展，达到了封建时代字书发展的顶峰。其突出特点是收字最多，达四万七千零四十三字。此时，在辨形、注音、释义、引例等方面都比以前的字书完备。
此外，在康熙主持和亲问下《清文鉴》、《古今图书集成》、《全唐诗》、《春秋传说汇纂》等书相继问世，丰富了我国古代图书宝库。
康熙一生业绩彪炳。其八岁登基，六十九岁驾崩，在位六十一年，在中国历史上是在位时间最长的皇帝。随着大一统局面的形成和国家的逐步稳定，康熙也迈进了晚年的生活，其中欣慰与烦恼俱存。
欣慰是其身体健康，多妻多子，海内归一。康熙身体一直很健康，在其五十七岁时，有人敬献乌须方，康熙笑辞：“自古帝王鬓斑须白的史书上少有，今天朕能鬓白身朗，岂不是万世美谈。”康熙直到其生命的最后一刻还未停止操劳和思虑，其一生是充实而丰满的。他晚年在迎古稀之诗，将其养生、养心之道融合其中，虽就饮食一事书怀，但亦可见其心境平和：淡泊生津液，清虚乐有余。
鬓霜渐薄德，神惫恐高誉。
苦好山林趣，深耽性道书。
山翁多耄耋，粗食并园蔬。
康熙一生共有四位皇后，嫔妃五十余人，子、孙、曾孙一百五十余人，多子多孙。而且诸子孙中，能文能武，奇才辈出，这与康熙对后代自幼严格要求、慎选教师并亲自督促不无关系。正是多子多孙，也给康熙带来一定的烦恼，其中原因是太子的几度废立。
在顺治临终前，曾遗诏立康熙为皇太子，这是皇权得到巩固的产物。康熙为进一步巩固皇权，决定预立太子。1675年（康熙十四年），年仅二十二岁的康熙帝按照汉族立嫡立长的原则，册立孝诚仁皇后所生、年方二周岁的皇二子、嫡长子允礽为皇太子，正位东宫。对允礽，康熙倾注了较多的心血，先后选任张英、李光地、熊赐履、汤斌等名儒任其老师，并亲授其治国之道，允礽不负康熙厚望，迅速成长起来，二十岁时即能“代行郊祀礼，代父处理朝政”，恪尽职守，朝中上下皆称太子之善。
但好景不长，康熙与太子之间开始出现裂痕，这首先是在二十五年，康熙在乌兰布通战役时出塞生病，令皇太子与皇三子前迎，但皇太子在见到康熙圣体未安、天颜清减时竟毫无忧戚之意见于词色，使得康熙很不高兴。其次是康熙发现太子暴戾不仁，经常任意捶挞诸王贝勒、大臣，对于一向以仁宽为怀的康熙帝来说是不能容忍的。
在立太子的时候，即出现了诸皇子与太子相争的情况，康熙革明珠等保皇长子一派后，虽平息了一段时间，但随之而来康熙在三十七年册封诸成年皇子为郡王、贝勒，参与国家政务，却使得诸皇子各拥属下，结党成派，共同打击太子及以重臣索额图为首的太子党。这样，太子被抛在围攻的不利地位。诸皇子或造谣诽谤或用巫术镇魇，加上皇太子迅速成长起来的势力渐大，威胁皇权。在偏听偏信的情况下，康熙于1708年（康熙四十七年）巡幸塞外归途中，垂泪废掉允礽太子。史载：康熙在宣布皇太子诸罪，谕废后，老泪纵横，痛哭扑地。在同一天，康熙最喜爱的皇十八子允祄病死塞外。一个是册立三十余年、倾注全部心血的太子被废，一个是最喜爱的小皇子夭折，康熙身受如此重击，精神上是可以想象的。
回京后，康熙命皇四子胤祯与皇长子允禔共同看守太子，自己亲自撰文告祭天地，太庙社稷，诏颁天下。
太子被废，诸皇子立即为争夺储位积极活动，尤其是皇长子允禔，错误地认为康熙立嫡不成必立长。但康熙对其野心早有察觉，在宣布拘禁允礽的同时即声明，“允禔是性情急躁、愚顽，岂可立为皇太子。”允禔是见自己夺储无望，便欲推与自己关系密切的皇八子允禩，并建议杀掉允礽，欲根除障碍。康熙大惊，忙在告天祭文中声明不再立储，使众皇子断去念头。当年，皇三子告发皇长子允禔同巫师谋害允礽，康熙查实后革其王爵，终生幽禁。
此时，与皇长子关系密切的皇八子允禩势力大增，反太子党大都聚其门下，一时权倾朝野。康熙从张明德给其相面一事洞察其野心，于是以“柔性奸成，要结党羽，谋害允礽”等罪名，革去其贝勒爵。同时，康熙对涉足党争的诸王公大臣也保持了高度的警惕。
但皇八子允禩党羽众多，在朝中多为重臣国戚，其势力还欲保他争夺储位。于是，康熙决定重立被废的太子允礽，因经过一段时间的调查，允礽确无谋弑乃父、篡夺皇位之心。
同年十一月五日，康熙降诏为皇太子允礽平反。1709年（康熙四十八年），康熙告祭天地、宗庙、社稷，复立允礽为皇太子。同时将皇三子允祉晋诚亲王、皇四子胤祯晋雍亲王、皇五子允祺晋恒亲王。其余诸子晋郡王、贝勒。康熙欲借此平息诸皇子之间的争斗。
但事情并未按康熙预料那样，随着太子复立，太子党再次聚集，诸皇子再次将目标对准了允礽，一时诬蔑、诽谤、攻击俱至，而且太子势力复涨，又威胁到皇权的稳定。
三年后，刑科给事中王懿等人参劾刚刚继任的步军统领托合齐“欺罔不法、贪恶殃民”。托合齐本系太子党人，在其招供之后，康熙从其口供中得知太子欲借其党羽之势策划逼皇父尽早让位，于是矛盾再次尖锐，康熙于1712年（康熙五十一年）再次废黜皇太子允礽。
康熙二度废太子后，对诸皇子争夺皇位及大臣保皇子嗣储极为反感，断然拒绝诸王大臣保立皇太子，并将奏请复立允礽的翰林朱天保正法，以示其心。时年，康熙已六十岁。立储给康熙带来无穷的烦恼，健康状况也因此而每况愈下。
此时，在诸皇子中，四阿哥胤祯渐渐显露出其实力，在其周围，有懿仁皇后之弟隆科多、皇十三子允祥、大学士马齐、川陕总督年羹尧等。隆科多时任理藩院尚书、步军统领、京师九门提督，手握兵权，又是胤祯的亲舅父，地位至关重要。而且，在诸皇子中，胤祯最不露锋芒，与康熙的感情很近，深得康熙的信任。
据传说，皇四子胤祯在康熙弥留之际，派其党羽包围了官门，只许进不许出，并进参汤一碗，康熙弥留之际见进来的不是皇十四子允禔，知其有篡位之心，手持项上念珠向皇四子胤祯打去，被其夺下，康熙遂亡。胤祯将其遗诏“传位十四皇子”改为“传位于四皇子”，由隆科多当众宣读，胤祯举康熙念珠为证。遂登基称帝，承继大宝。
此传说被写成许多脍炙人口、流传颇广的故事，沿留至今，其真伪未辨。
1722年（康熙六十一年）十一月十三日早晨，在位六十一年之久，轰轰烈烈一生的康熙大帝因病死去，享年69岁。
康熙一生文治武功俱佳，其雄才大略和远见卓识在古今帝王中堪称翘楚，而且他敏锐的洞察力，崇尚节俭的朴素作风以及渊博的知识都为后人所称道。他在位六十余年，对统一多民族国家的巩固和民族的融合上做出了非凡的贡献，虽其施政中曾出现治吏失于宽松，偏听偏信等错误，但相对于他一生的事业来说是微不足道的，一个封建的君王能够有如此的业绩和朴素的思想作风，在中国历史上是不多见的，在世界众多的君主中也实属罕见。康熙一朝为后世出现的盛世奠定了基础，康熙不失为一位英明的君主。
胤祯即位后，于十四日上尊谥：合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝诚信劝德大成仁皇帝，庙号：圣祖。于1723年（雍正元年）九日葬于景陵。
