新的心脏到达医院后，手术小组必须先取出患者已经衰竭的心脏。取出心脏后要为患者建立心肺分流，也就是说至少在一个小时之内患者处于由心肺机代理的“无心”生存状态，心肺机由血压泵和氧合器组成，通过各种软管从患者体内抽出贫氧血，注入富氧血。布罗泽娜医生说：“这种手术一般都比较成功，需要关注的问题是患者以前是否做过心脏外科手术。只要是外科手术就会有切口，切口愈合时肯定会有疤痕组织，疤痕组织会延长心脏解剖时间，从而导致更多出血，这种情况会让手术变得更加困难。不过，博格没有心脏外科手术史，他可能做过其他手术，但心脏手术从来没做过。术中可能遇到的第二个问题是出血，他也没有这方面的情况；第三个问题是患者是否会出现其他情况，如肾衰竭等。”
心脏移植手术完成后，患者有85%的概率存活至少一年。布罗泽娜医生说：“有50%～60%的患者整体生存率可以达到10年。”由于博格的手术是在1996年做的，布罗泽娜称他的心脏已经“快不行了”，话虽如此，但实际上她的一些病人更换心脏之后已经成功存活了20多年。对博格来说，由于他患有遗传病而非肥胖症引起的动脉硬化，因此反倒因祸得福，新的心脏在他体内表现得非常好。布罗泽娜医生说：“博格非常幸运，除了心脏问题他没有其他疾病，他身上的其他器官工作都很正常。理论上说他应该没问题，实际上他也的确表现得很好。”
经过漫长的等待和风险重重的手术，器官移植患者要面对的最后一个障碍是身体是否对新的心脏存在排斥反应或是出现全身感染，为防止身体排斥刚移植的心脏，患者必须服用免疫抑制药物，而全身感染正是这种药物产生的潜在副作用。实际上，这两种术后反应是相互关联的，这就为患者和医生带来了非常棘手的情况，必须在两者之间找到一个平衡才能避免任何一种情况的发生。布罗泽娜医生说：“博格术后发生了一些感染，主要是早期阶段的肺炎和呼吸道感染，但没有出现器官排斥反应。”
有意思的是，由于老年人免疫系统较差，年纪较大的患者做完器官移植手术后发生排斥反应的情况较少。但是，术后感染对他们来说却是一个很严重的问题。博格说：“有些人做完手术，醒来之后马上就感觉非常良好。可我不是这样，在所有病友里面大概是术后调整期最长的一个，不过结果还算不错，那些病友们有的心脏又开始出毛病了，还有几个自然死亡。实际上，挺过第一年之后我的感觉才逐渐好起来。这种感觉就好像，你开车行驶在人生之路上突然颠了一下，结果不是翻车就是开了过去。”
做完手术之后，博格一开始确实经历了一些不适反应，但他全都挺了过来，坚信有一个更伟大的力量在保护着他。博格说：“刚做完手术那几周，我的情况糟透了，我可以见家人，但他们只能在房间里待一个小时，我看见他们不停看墙上的表，想早点离开医院。那一阵的确是一团糟，不过过了几个星期之后，我的情况开始好转了。我回到先锋工作的时候是1996年4月1日，到5月8日已经在亚特兰大市给全国基金分析师大会作演讲了。”
博格在亚特兰大为投资管理研究协会所做的演讲，题目是“指数化的是与非”。面对一大群充满敌意的证券经理和分析师，博格详细介绍了指数化相对于积极管理的优势。在演讲会上，博格神采奕奕，丝毫不像是刚刚做完心脏移植手术的人。巧合的是，这一天正好是博格的生日，他的儿子小约翰也在台下的观众席中，真是再也没有什么场面能比此时更生动地体现博格重生的意义了。会后，小约翰送给父亲一副壁球球拍，博格回忆说：“我妻子对此非常担心，但我还是回到了球场上，后来打了有好几年。移植手术这事说起来是挺吓人，不过人总是要知难而进的，老在那里杞人忧天也无济于事。就好像当时我对别人说得那样，如果跳到桌子上大骂命运不公能够解决问题的话，我肯定早就这样干了。但我知道，这样做根本解决不了问题，只能让情况变得更加糟糕。”
实际上，博格这番话是想表达对能够生存下来这件事的无比感激。他尤其想感谢洛恩医生，因为是他在这种病情尚未确诊20年前努力保住了自己的性命。
2008年，洛恩出版了一本书，名为《生存处方》（Prescription for Survival），在参加这部作品的庆祝会时博格说：“今晚我站在这里，就是向大家证明洛恩医生的爱心、医术、关照、热情、专注、同情和专业技能。在我和心脏病抗争的漫长日子里，他给我的帮助无与伦比，是他给予我力量在生活中知难而进。”表达完感谢之后，博格破天荒地唱起了披头士乐队的名曲《嘿，裘德》，只不过把歌词中的“裘德”改成了“伯纳德”（洛恩医生的名字），让世界变得“美好、美好、更美好”。3洛恩医生回忆道：“博格非常用心，甚至找了吹笛手伴奏，所有来宾都惊得目瞪口呆，这个嗓音沙哑的老先生博得了满堂喝彩。我敢肯定这是他们一生都不会忘记的一幕。”实际上，就在这次庆祝会开始一周前，博格还在医院里和病魔作斗争，但是最终他还是不辞辛劳地赶到波士顿，只为能向洛恩医生祝贺道谢。
博格还想感谢心脏捐献者的家人。虽然捐献者都是匿名的，但博格还是想办法找到了捐献人的信息。他遇到了移植这位捐献者肝脏的患者，这位患者的妻子在报纸上读到博格的手术日期和她丈夫是同一天，由此猜测两人使用的是同一个捐献者的器官，而这对夫妇对捐献者的情况了解得比较多。博格说：“捐献者是一个26岁的年轻人，死于摩托车事故。我给他的家人写了一封信，但一直没收到回信。也许这个家庭已经搬走了，也许他们根本不会讲英语，也许是那封信太矫揉造作，也许是他们无法走出丧子之痛，也许一切都是也许，反正我没有得到有关捐献者的更多信息。这封信我是匿名写的，因为没人知道他们现在情况怎样。这件事是心脏移植协会替我办的，除非你愿意签名，否则协会会保护你的匿名身份，他们替我转发了这封信。”
虽然博格运气不错，手术之后大部分时间都比较健康，但最近几年他也出现过几次严重的并发症。2008年，由于一种抗排斥药物的剂量过低，博格的身体开始出现排斥心脏的反应。布罗泽娜医生说：“博格花了好一阵子才转危为安，他不得不住院接受各种治疗。幸运的是，这些治疗方案都很有效。这件事发生之后，他感觉比以前容易累了，我想是他的心脏工作效率放慢了。”但是，增加抗排斥药物服用带来的问题是，它会削弱患者免疫系统的抵抗力。布罗泽娜医生说：“免疫系统一直都在和你的新心脏作斗争，因为它知道这不是自身的组织，而是移植来的外来器官。所以我们必须增加免疫抑制药物的服用，但这样做会很容易让患者出现感染的风险。因此，这种处理方法实际上是一把双刃剑。”
2009年，博格由于感染再次病倒，这一次差点要了他的性命。他回忆道：“我得了一种叫做李斯特菌感染的病，是一种血液疾病。如果你服用抗排斥药物，这种病的致死率高达50%，原因是抗排斥药物对免疫系统破坏力很大，身体一旦失去了抵抗病菌的能力，各种问题都会乘虚而入。我昏迷了好几天，医生都不知道我能不能活下来，后来大概过了三四周我才逐渐好转起来。他们对我照顾得很好，一开始我是在宾州医院，后来又转到宾州大学附属医院。自从出院之后，我的情况就一直不是很好。回家休息了一周，病情又变得严重起来，整个人感觉非常痛苦，好像一天比一天差。于是我又去了布莱恩默尔医院，检查发现我有严重的器官衰竭问题，不得不接受手术治疗。我要做血液透析，住在重症看护病房。一个月后出院，但刚过一个星期我又出现了血凝块，只好再次住院。这次住了很久，但是除此之外又能有什么办法呢？你得习惯医院的日常规定，要和护士搞好关系。其实这些规定倒也不难遵守，你也肯定不想让护士发火，所以就要乖乖合作，保持心情舒畅。不过晚上睡不着觉的时候可真难熬，但最后也都挺了过来。我的妻子和家人非常体贴，他们就睡在医院里，以防我的病情突然出现变化。体验过这些之后我开始认识到，为一些小事而抱怨不停简直是太愚蠢了，毕竟我还活着，而且已经好好活了这么多年。”
在博格的委婉语字典中，心脏病突发只是“有点不适”，李斯特菌感染只是“一件小事”，但是，正是这些直面死亡时表现出来的镇定谦逊和自我否定，才让博格在其丰富多产的一生中在诸多领域取得了成功。或许，洛恩医生的总结能让我们更加了解这个传奇人物。他说：“医生固然功不可没，但最终决定能否存活的还是病人自己的意志，从这个角度来说，博格的医学奇迹是他自己创造的，是他百折不挠的性格帮助他在医院一次次摆脱死神之约。”
