鉴于1939和1940年对重庆大规模的轰炸始终未能达到使中国政府和人民屈服的目的，1941年日本侵略者又急切希望集中兵力南进，因此为了使对中国的战争速战速决，达到“以炸迫降”之目的，日军在1941年又开始了对重庆的第三轮大规模轰炸。
1941年日军对重庆的轰炸，从5月到9月，共持续了5个月。5月以前，日机仅进行了几次小规模的骚扰性空袭。进入5月，日军开始实施轰炸计划，空袭日益密集，并一直持续到8月底。5月3日、10日、16日，日军以每天出动30～60架飞机的中等规模对重庆市区、郊区进行轰炸。此后半月日军未予出动。到6月1日和2日，日军又以少量飞机对重庆市区进行轰炸。6月5日晚，日机24架分三批偷袭重庆，导致震惊中外的较场口大隧道窒息惨案。此后，从6月7日至7月30日，日军或某一日或连续几日对重庆进行了19次空袭，市区大量房屋被炸或被焚毁，一些外国使馆和一些新闻机构先后被炸。8月8日至14日，日军的轰炸达到高潮，连续7天7夜以每次间隔约6小时对重庆进行疲劳式轰炸。其间，日机在市内各处投下大批爆炸弹和燃烧弹，许多街道、商店、民房被焚毁，全城整日笼罩在烈火浓烟中。一些重要的政府机构亦遭到轰炸，就连坐落在日军划定的所谓安全区的一些外国使馆也未能逃脱日机的轰炸。9月以后，因日美关系渐趋紧张，日本为准备太平洋战争，航空部队纷纷调走，这样才逐渐结束对重庆的轰炸。
1941年日机对重庆的轰炸，根据余凡、陈建林的统计，共81次，计3495架次，投弹8893枚，炸死2448人，炸伤4448人，毁房5793幢。《重庆大轰炸》的统计数字是：50次、2180架次、投弹5911枚、死2469人、伤2569人，损毁房屋7527栋5987间。《重庆市防空志》的这一统计数字是：72次、165批3218架次，投弹5880枚，其中爆炸弹5005枚、燃烧弹875枚，人员伤亡4896人，其中死亡2455人、重伤2441人，损毁房屋5668栋，10876间。
综观1941年日军对重庆的轰炸，与此前的轰炸相比，又呈现了一些新的特点。
首先，虽然轰炸规模有所减小，但在战术上则更为狡黠。1940年的“101号作战”结束后，日本海军退出了对重庆的轰炸，轰炸主要由侵华陆军承担，所以每次出动飞机的数量有所减少，除7月底和8月的几次每次出动飞机在100架以上外，其余大多在每次二三十架，轰炸规模与1940年相比有明显减小。但由于连续三年对重庆的轰炸，使日军飞行员有了丰富的轰炸经验，掌握了更为多样的攻击方法，投弹的准确率也大为提高，从而使得轰炸效果大为增强。在轰炸中，日机将炸弹、燃烧弹集中投向了市民住宅、机关、学校、商店等人口稠密和繁华的地区，怀有很明显的制造大屠杀大破坏的险恶用心。同时日机还把轰炸目标明确对准了国民政府的首脑机关和领袖人物。蒋介石在重庆曾家岩的官邸就多次被炸；蒋介石在黄山的官邸也在8月30日遭到袭击，卫兵6人伤亡，蒋介石也险遭不幸。由于日机的轰炸，重庆市民遭受了大量的生命和财产损失，并给他们带来了巨大的生理和精神痛苦。
其次，采用疲劳轰炸战术。由于前三年大规模轰炸始终没有达到“以炸迫降”的目的，1941年日机对重庆的轰炸便改变了战术，它不是以大量兵力一次性大规模轰炸，而是以少量飞机进行长时间连续性的疲劳空袭，使警报难以解除，市民被困在防空洞内，无法坚持正常的生产和生活，企图使国民政府抗战首都陷于瘫痪，从而实现其战略目的。日机的疲劳轰炸常以在一天中连续多次空袭或连续几天持续不间断空袭的方法来进行，致使人们对空袭防不胜防，在持续不断的警报中疲于奔命，无法进行正常的工作和生活，精神亦处于高度紧张之中。这种方法尤其是连续几天的疲劳轰炸，对人们生产和生活的影响更大。日军在6月14～16日、28～30日，7月4～8日、27～30日就曾四次连续3至5天地对重庆进行疲劳轰炸。尤其是在8月8日至14日，日机更是倾其全力对重庆进行疯狂野蛮的疲劳轰炸。从8月8日到14日连续7天7夜进行轰炸，每次约6小时间隔。其中10日到13日，市区空袭警报13次，警报时间长达96小时。日军出动飞机682架次，投弹2000余枚，轰炸的强度和密度达到了1941年最高潮，给重庆人民造成了巨大的生命和财产损失。
第三，日军对英、美、法等国在重庆的存在和权益在1941年也表现出了毫无顾忌的蔑视。在1939和1940两年的大规模轰炸中，日本在轰炸时多少还会顾忌英、美、法等西方国家在重庆的存在和权益，尽可能避免对这些国家使馆和其他机构的伤害，但在1941年的轰炸中，这种顾忌已大为减小甚至完全无视外国在重庆的存在和权益。各国使馆人员、办公处、住宅等，无论是在市区的，还是在日军划出的“安全区”内的，都多次遭到日机的轰炸，英、法使馆多次直接中弹，以至最后全部被炸毁；英国使馆多人被炸重伤；停泊在长江的美国军舰图图拉号亦两次被炸。这也说明了日机对重庆的轰炸在1941年已达到丧心病狂的地步。
