强大的罗马军队很快粉碎了托勒密十三世反叛的力量。军队上下都认为此时的埃及该并为罗马领土了，但是恺撒却出人意料地将埃及的王冠献给了克娄巴特拉，并宣布自己仅仅是在为埃及的王后而战。罗马人对恺撒的转变感到不可思议，死里逃生的埃及臣民对克娄巴特拉感激涕零，宣誓永远忠诚。
女王也应该稍稍安心了，埃及没有因为强国发生争权夺位而沦为附属国。相反，因为女王的机智埃及又重新迎来了和平和光明。罗马人把她想象成蛊惑英雄的妖魔，对她的大胆、风流津津乐道。
这时，埃及人拥戴克娄巴特拉和她弟弟托勒密十四世共同执政。但她只是托勒密十四世名义上的妻子，实际上克娄巴特拉已经成为埃及女王。
美丽的尼罗河畔，恺撒陪着女王游玩宴饮，他已经深深地陶醉在女王迷人的身姿里了。不久以后克娄巴特拉为恺撒生下了一个儿子，欣喜若狂的恺撒为这个唯一的儿子起名为恺撒里昂。
50多岁的恺撒不可能永远活着，想让埃及长久安宁，女王深知不能指望他。于是克娄巴特拉向恺撒提出了一个思虑已久的要求：希望恺撒正式娶她为妻，立恺撒里昂为他唯一的继承人。但这个时候恺撒的妻子还活着，恺撒显得很为难，他请求克娄巴特拉给他时间，让他把一切都处理妥当。
罗马内部严峻的局势开始显现出来。为了平定庞培旧部的大规模叛乱并将罗马内部的各派争斗压制下去，恺撒不得不离开女王，踏上回罗马的征途。
就这样时隔3年，战功赫赫的恺撒终于成为任期十年的罗马共和国独裁者，这个无冕之王离摘取皇冠仅仅一步之遥。克娄巴特拉应邀去罗马访问，享受了她一生中从未经历过的殊荣。她端坐在一个巨大的狮身人面像模型上面，由8000名侍从牵引着穿过凯旋门。当恺撒再次见到克娄巴特拉和独生子的时候，不禁喜形于色。克娄巴特拉住进了恺撒在罗马郊外的别墅，恺撒经常去那儿看望她。
重新回到恺撒身边的克娄巴特拉，为了自己的国家，一心想让恺撒娶她，再让他们的独生子恺撒里昂成为罗马与埃及联合帝国的统治者，最终复兴埃及托勒密王朝！
此时的恺撒为了巩固在罗马的地位，进行了一系列改革，有经济和政治方面的，还有文化方面的。但是他日益独裁的举动引起了元老院的不满，若是恺撒成为帝王，那么元老们就没有权力和地位可言了。克娄巴特拉也隐约感觉到了，她提醒恺撒要提高警惕，而此时自信的恺撒却没有将之放在心上。公元前44年3月15日，恺撒在元老院会议上被人刺杀——他所谓的“好友”布鲁图在他毫无防备的时候狠狠地刺了他一刀！
克娄巴特拉得知这个不幸的消息后，悲痛而沉着地登上地中海的航船，撤离了罗马，扬帆驶回自己的国家。恺撒死后，罗马公众把元老院、议事厅砸了个稀烂，愚蠢的凶手布鲁图被驱逐出境。罗马政局又开始动荡起来，结果是安东尼、李必达、屋大维三巨头控制了罗马的政局。
克娄巴特拉从罗马逃亡而归，她输了一局政治豪赌。她的后夫托勒密十四世看见姐姐伤心懊恼，心中相当得意。他觉得没有恺撒撑腰的克娄巴特拉，再也不能拿自己这个“正牌”的国王怎么样了。
克娄巴特拉很快就知道了托勒密十四世狂妄的想法，为求自保的她不得不警惕起来。一场杀夫剧开场了：她将毒药注入了水果心里面，这样巧妙的设计连替国王品尝食物的侍卫都被蒙骗了过去。不知天高地厚的托勒密十四世因此付出了生命的代价。
