黄尊素的机智和富有策略，曾几次使阉党罗织罪名迫害东林的企图未能得逞，因而被对方目为”狠心辣手“，必欲去之而后快。天启四年（1624年）六月，左副都御史杨涟上疏皇帝，以”二十四大罪“搏击魏忠贤，尊素虽在事先曾指出这一行动欠妥、结局不容乐观，但仍然继杨涟之后上疏劾魏，以为声援，结果受到”传旨切责“的处分。翌年，魏忠贤兴起大狱，杨涟、左光斗、魏大中等人被捕，在狱中受尽酷刑而死，尊素则被指为”东林护法“，革职还乡。天启六年（1626年）二月，魏忠贤再兴大狱，一时缇骑四出，搜捕党人。圣旨点了周宗建、缨昌期、周顺昌等人姓名，称他们”尽是东林邪党“，命令锦衣卫将其”扭解来京究问“；由于阉党要角、提督苏杭织造太监李实告发尊素，说他虽家居讲学，但与高攀龙私交甚密，于是黄尊素亦在同案被逮之列。当锦衣卫至苏州捕周顺昌时，引起民众公愤，士民数万围殴堤骑，势如山崩，当场打死一人，其余差官仓皇逃匿。这天，往浙江捕黄尊素的锦衣卫旗校恰好泊舟城外，也被愤怒的民众驱逐，诸旗卫仅以身免，行李公文及所乘船只都被沉之于河。当时有人劝黄尊素，说：抓人的公文已经遗失，锦衣卫也不敢露面，这正是亡命出逃的好机会，尊素却说：“抱头鼠窜，岂免一死？昂首伸眉，落得骨头香耳！”（于是慨然投案。黄宗羲陪送父亲登途，直到常州，父子方挥泪而别。此一分首，便成永诀。
尊素入狱后，特务头子、锦衣卫镇抚理刑许显纯亲自罗织周纳，诬陷尊素“受贿银二千八百两”，五日一审，榜掠备至。闰六月初一日，一片刚肠、坚贞不屈的黄尊素惨死狱中，年仅43岁。同时被捕入狱的周顺昌等人，也被许显纯以极其残暴的手段先后害死。
凶讯传到余姚，黄氏一门举家恸哭，母亲姚氏悲痛欲绝，晕而复苏，祖父黄曰中则大书“尔忘勾践杀尔父乎”八字贴在墙上，让宗羲进进出出都能看到，以激励孙儿报仇雪恨。此时黄家极为贫困，幸赖家乡父老及尊素的同年故旧慷慨解囊，才得以纳还“赃银”，使阉党对黄家的迫害暂告一段落。
1627年八月，熹宗朱由校死，其弟情王朱由检嗣立，是为崇祯皇帝。朱由检颇想有一番作为，来挽救朱明王朝的颓运，即位之初，便着手整顿朝纲、收拾间党。十月，罢免魏氏得力干将、名列“五虎”之首的兵部尚书崔呈秀，并将其逐出京师，令回原籍居住；十一月，宣布魏忠贤十大罪状，阉党分子阮大铖、许显纯等纷纷自请免职，又将魏忠贤赶出大内，押往凤阳“看守皇陵”。魏忠贤见大势已去，这才收拾摒当，带上珍宝40车、骏马千匹，还有800“壮士”随从护卫，前呼后拥，迤逦南行；崇祯又向天下公布魏阉之罪，谓“逆恶魏忠贤，擅窃国柄，诬陷忠良，罪当死，姑从轻发凤阳；乃不思自惩，素蓄亡命之徒，环拥随护，势若叛然。命锦衣卫逮治”（《明通鉴·天启七年》）。魏忠贤行至阜城（今属河北）闻知此讯，确信死灰已难复燃，于是自缢身亡，结束了罪恶的一生；崔呈秀自知难逃法网，乃“列姬妾、罗诸奇异珍宝，呼酒痛饮，尽一囗即掷坏之”（《明史·崔呈秀传》），然后也上吊自杀。十二月，将逆党田尔耕、许显纯等人逮捕下狱。
崇祯元年（1628年）正月，黄宗羲满怀对魏忠贤阉党集团的血海深仇，赴京为父讼冤。到得北京，形势又有进一步的发展，朝廷赠恤天启年间死难诸臣，尊素被追赠为太仆卿（三品；南明福王时又追谥“忠端”），算是替他平反昭雪。于是宗羲上疏，请求皇帝依法严惩李实、许显纯等送党分子，崇祯指示刑部“作速究问”。
五月，刑部会审许显纯及其帮凶锦衣卫指挥崔应元，黄宗羲到堂对质。许显纯名列“五彪”，是魏忠贤心腹爪牙之一，东林党前后“六君子”的冤狱都系他一手罗织，前后“六君子”的“供状”全是他一手伪造，他的双手浸透了东林志士的鲜血；崔应元则参与了许显纯所有这一切罪恶活动。面对凶顽，宗羲怒不可遏，从怀袖中取出早已准备好的铁锥猛刺许显纯，许显纯血流被体、狼狈不堪，还声嘶力竭地为自己辩护道：“我是孝定皇后外孙，依照法律，应该得到从轻发落！”宗羲义正辞严地痛加驳斥：“许显纯与魏道内外勾结、朋比为奸，多少忠臣义士命丧其手！许显纯罪同谋反！犯谋反大罪的，如帝子神孙、贵为亲王的高煦、宸濠，尚且依法诛戮，何况皇后家的外亲！”又挥拳奋击崔应元，拔下他的胡须，以祭奠先父忠魂。刑部大堂之上，无不为之动容。六月，许。崔伏法，家属流放。
宗羲又联络一批被害志士的子弟，如周宗建之子延柞、夏之令之子夏承等人，将直接下毒手残害前后六君子的狱卒叶咨、颜文仲处死。这时，已入另案待审理的李实大起恐慌，悄悄托人向黄宗羲送上白银3000两，哀恳宗羲放他一条生路，不要出庭对质。这一手对大义凛然的黄宗羲不起丝毫作用，他当即上疏朝廷，说“时至今日，李实犹敢贿赂公行，他的申辩岂会符合事实！”审讯结束之后，宗羲组织被难诸家子弟，设奠于诏狱正门，公祭死难的父辈，一时悲声大作，震天动地，旁观者无不下泪……宗羲这一系列行动显示了他的果决刚毅的个性，他的大智大勇大孝大义有胆有识敢作敢为给人们留下深刻的印象，一时名动京城，声闻天下，人们都呼之为“黄孝子”。这一年，宗羲19岁。秋天，宗羲扶柩离京，回到余姚。
磨剑结客
黄宗羲对于科举功名素不热衷，尤其是在遭家难之后的这几年中，作为长子，他或因昭雪父亲的冤狱而南北跋涉，或为一家之衣食生计而东西奔走，虽然仍读书不辍，却“无暇更理经生之业”（《黄宗羲全集》一，《思旧录》）。不过，在那个时代，科举的道路被天下视为读书人立足社会施展抱负的正途。天启三年（1630年），宗羲到了南京，与沈寿民（字眉生，安徽宣城人，侨居南京）邂逅相识。这一年逢午，正是乡试开科之期，寿民劝宗羲应考。如能中举，对家人也是一种安慰，因此宗羲参加了庚午科南京乡试，结果却名落孙山。返乡途中，在镇江遇见文震孟（字文起，号湛持，江苏苏州人，崇祯八年曾一度入阁），两人同乘一船，直到苏州。开中叙话，言及这次科考，宗羲便将自己的试卷呈上，请身为父执辈的文起先生指教；震孟阅后极为赞叹，“嗟赏久之”，对宗羲说：你日后“当以古文呜世，一时得失，不足计也”。
这番经历，使宗羲进一步认识到“科举之学锢人生平”，于是更为自觉地把精力集中在能够经世致用的“实学”上。虽然后来宗羲也曾数度入场屋参加科举考试，其实都是聊以应景，早已不存有博取功名之类的心思了。
当年尊素被逮入京时，曾谆谆告诫儿子：“学者不可不通知史事”（《年谱》）；途经绍兴，刘宗周（字起东，号念台，学者称蕺山先生或念台先生，浙江绍兴人，1578～1645）为尊素饯行，尊素在席上又嘱咐儿子拜宗周为师。宗羲牢记父亲的遗嘱，回到家乡后便开始发愤治学。蕺山先生是当时名儒，曾在东林书院讲学，政治上十分同情和袒护东林党人；学术方面提倡“慎独”、“诚意”，毕生研讨程朱理学和阳明心学，而对两者又有所批评。宗羲在蕺山门下问学，致力于研究宋明以来的理学思想。地处浙东的绍兴素为人文荟萃之区，讲学论道之风极盛，所谓“自宋元以来，号为邹、鲁”，宗周之学，出姚江学派（王阳明心学）。崇祯二年（1629年），宗周与陶爽龄一同讲学于绍兴证人书院，陶氏宗阳明学末流，喜欢援儒入释，与弟子“授受皆禅”，“姚江之绪，至是大坏”，宗周对此十分不满，刚入蕺山门下的黄宗羲攘臂而起，约集“吴越中高材生六十余人，共侍讲席”，破斥陶氏之说，使蕺山“慎独”说更为发扬光大。在问学蕺山门下同时，宗羲又开始有计划地阅读史籍。他从《实录》入手，将本朝自太祖迄光宗共十三朝《实录》细细研读，然后再读二十一史，“每日丹铅一本，迟明而起，鸡鸣方已，两年而毕”，这样，不但“通知”了本朝史事，还深入了解了中国上下数千年的史事，为“经世致用”奠定了坚实深厚的学问基础；不仅此也，宗羲还多方搜求、广泛涉猎，邀游于中华学术的海洋中，“旁求之九流百家。既尽发家中藏书读之，不足，则抄之同里世学楼钮氏、澹生堂祁氏，南中则千顷斋黄氏，吴中则绛云楼钱氏。穷年搜讨，游履所至，遍历通衢委巷，搜鬻故书，薄暮，一童肩负而返，乘夜丹铅。次日复出以为常”（《神道碑》），极为深入地钻研了四书五经、诸子百家，旁及天文、地理、历算、音乐、释老等各类书籍。这使他锻炼养成了别具只眼的独立思考能力，往往能“凿空新义，石破天惊”，生发出卓异而深刻的见解。
宗羲有四个弟弟，其中大弟宗炎（字晦木）、二弟宗会（字泽望），都由宗羲亲任教导之责，“一不数年，皆大有声，儒林有’东浙三黄‘之目”（《年谱》）。这一时期，黄宗羲不过20多岁，却一时名声大噪，“所居虽僻远城市，不乏四方之客”（《年谱》），他也因此结识了当时不少名流，与沈寿民、陆符（字文虎，浙江鄞县人）、万泰（字履安，与文虎同里）最称莫逆。在发愤力学、刻苦攻读的同时，宗羲仍然十分关心国家大事，以高度的责任感注视着天启以后的政治风云。
当时，虽然魏忠贤等已经伏诛，他的羽翼爪牙也被剪除，但是，阅党残余远未销声匿迹。尽管崇祯二年（1629年）曾“钦定逆案”，将阉党分七等定罪，前六等俱处以流放，末等则“冠带闲住”，虽保留名位却无实权，然而“其党犹满朝”。他们虽蛰伏朝野，却一直在窥测试探，待机翻案，企图东山再起。崇祯三年（1630年）六月，温体仁入阁。体仁宇长卿，乌程（今浙江湖州）人，貌似恭谨忠厚而内心残刻，又颇具心机，巧于揣摸迎合皇帝的心意，因而很受崇祯宠信，居内阁掌朝政达8年之久。此人早在天启年间就曾赋诗为魏忠贤歌功颂德，与东林党则格格不入。崇祯初年廷推阁臣，礼部侍郎钱谦益名列第二，温时为礼部尚书，但资望尚浅，不在被推荐者之中。他意会到崇祯对钱心存疑虑，便大张挞伐，翻出7年前已有定论的旧案，攻击谦益受贿、“结党欺君”。结果，在其他大员一致认为谦益无罪的情况下，谦益仍被革职回籍、等候处理，一些受此事牵连的官吏如瞿式耜等都遭贬谪；而钱氏曾被指为“东林恶党”，当年阮大铖向魏忠贤上所谓“点将录”，将钱列为三十六天罡“中的”天巧星“。由于这些缘故，当温体仁入阁，不久又擢为首辅、大权在握之际，”魏忠贤遗党日望体仁翻旧案、攻东林“（《明史·温体仁传》）；而体仁亦”庇私党，排异己，与举朝为仇“，对正直势力形成极大的威胁。
当时士大夫集团中正直一派的急先锋，是以少年名士为主体的复社。
明中叶以来，士大夫集会结社之风特盛，三五同道，声气相求，即可组成团体，或者赏花赋诗、饮酒衡文，或者讥弹时政、臧否人物，已成为当时文人生涯之一组成部分。万历之后，因为朝局清浊不定、政争频繁，这种结社也就往往更含有较浓厚的政治气息。江南人文渊薮，集会结社尤为普遍，天启、崇祯间，较知名者就有应社、国门广业之社、读书社、小筑社、诗社、文社、几社、登楼社等等，不一而足。
崇祯三年（1629年），名士张溥（字天如，号西铭，江苏太仓人，1602年～1641年）联合诸文社，在吴江尹山聚会，以”兴复绝学“为号召，成立复社，此为复社第一次会议，史称”尹山大会“。翌年，张溥又在南京召集”金陵大会“，当时恰好也在南京的宗羲经友人周镳（字仲驭，江苏金坛人）介绍参加复社，成为社中活跃人物之一。这年，宗羲还加入了由名士何乔远为首领的诗社；后来，宗羲与万泰、陆符及其弟宗炎宗会等还在余姚组织过”梨洲复社“。到崇祯六年（1633年），张溥在苏州召集”虎丘大会“，与会之复社人士多达数千，规模之大，为前所未见。从此，复社作为继东林之后而起的具有相当影响力的团体，出现在崇祯时代的政治舞台上。一时俊彦，如陈子龙（字卧子）、吴伟业（字骏公）、冒襄（字辟疆）、侯方域（字朝宗）、陈贞慧（字定生）、吴应箕（字次尾）、顾炎武（字宁人）等人，俱荟聚复社旗下；宗羲与社中诸同志时时往还，相互之间切磋学问、砥砺志节，使自己增长了见识，眼界亦更为开阔。
