16世纪中叶，西班牙成为欧洲第一个殖民地帝国。他们建立了一个纯粹的商业帝国，继续发展其海外属地。
西班牙人继续发展海外属地的道路到1550年时已经畅通。因为美洲大陆的土著居民与亚洲、非洲的不一样，比较分散也没有被组织起来，而且伊比利亚人有可能在美洲大陆上进行大批地拓居和强制推广其文化。所以西班牙人在美洲建立起欧洲的首个与亚、非两洲完全不同的纯商业性质的殖民地帝国。
这些以强欺弱的征服者作为帝国缔造者时还是很能干的，可是作为帝国的行政官员就显得毫无才能了。他们过不了安定的生活；内部矛盾重重，大批的士兵在长时间的争斗与互相残杀中死亡。如皮萨罗兄弟5人，他们曾经征服了秘鲁，可经过这些内战之后只有一人幸存，这一人还是在西班牙的监狱里结束了一生。这些征服者们原本也许能够以剥削土著劳力为基础，建立分散与独立的封建社区，可是西班牙王室并不想出现这样的事态，并已经控制住了西班牙国内的封建倾向，决不允许再有新的海外封建贵族的出现。这样一来，拥有王权和王室的官僚取代了征服者。
西班牙帝国的最高行政机关是西印度事务院，设置在本土，由君主亲自实行严密监督。所有重要的任命都是由西印度事务院作出的，并行使殖民地事务的普通管辖权。墨西哥城总督和利马总督受到委托执行美洲殖民地的最高权力。新西班牙总督辖区，包括北美洲所有的西属殖民地、西印度群岛、委内瑞拉以及菲律宾群岛，由墨西哥城的总督负责；秘鲁总督辖区，包括南美洲其他的西属殖民地，由利马的总督领导。再将两个总督辖区划分成相对小一点的地区，由检审法院也就是地方议会管辖。在检审法院工作的都是专业律师，他们一般不会有太多的家族自豪感或者是军事野心，所以他们很乐意做王室的仆人。美洲检审法院到16世纪时发展到了10个。
怎样对待印第安人是西班牙在南北美洲的最基本的行政管理问题。征服者和他们的后裔要求掌握随意对待土著人的权力。他们争论说：印第安人既没有才能又不可靠而且还很奸诈，只有建立强迫劳动的、自由的地方领主统治权，才能解决这些印第安人的问题。这一说法遭到天主教会的极力反对。以著名的多明会修士拉斯·卡萨斯为代表的天主教传教士坚持认为，印第安人同样是君主的臣民，应当享有与西班牙移民相等的权利，并极力主张在美洲大陆居住的欧洲人不要总是依靠印第安人的劳动生活，应该从事劳动来自己养活自己。而且印第安人应该由他们自己的酋长来管理，但是他们还是应当对仁慈的王室官员的权力予以服从以及接受传教士给他们的帮助。
在这种情况下，通常的结果解决办法就是采取偏向折衷的方式，这次也不例外。君主批准有功的征服者有收取指定的印第安村庄规定贡物的权力，以及征集和强迫印第安人劳动的权力；只是作为回报，他们有义务服兵役并且教区牧师的薪水由他们支付。其中征集强迫劳动的规定，使得印第安人又要开始遭受残酷待遇了。到了16世纪中叶，这一规定得到修改，强制印第安人劳动的做法还是可以实行，但不再是私人的权力而由政府机构来强制，并且必须以官方的工资标准付给劳动者报酬。不用说，这些保护措施不会经常得以执行。各殖民与政府机构的距离太远了。然而西班牙人经过认真严肃地讨论之后，找到了一个史无前例的问题：他们虽然是有一种剥削印第安人的制度，但并不是他们的敌人所说的那么严重。
西班牙殖民帝国最重要的经济来源是金银。第一，拥有由世世代代的印第安工匠们打制的数不清的金银物品，并被征服者们很快全部熔成了锭块；第二，在墨西哥和玻利维亚西班牙人挖掘出了丰富的银矿，命大量印第安劳力来开采。他们必须要到国王的官员那登记自己的所有权，并要把所有开采出来的贵金属运到官署加盖戳记，并要缴纳价值的1/5作为税，这便是“五一税”。到了1660年，西班牙总共从美洲获得了总18600吨注册白银以及200吨的注册黄金。私运的没有经过注册的金银被不同估计为约总数的10%～50%不等；百分比越小可能越符合实际情况。
除此之外，拉丁美洲的生产是以大庄园的农业和牲畜饲养业为主，以及在热带沿海地区的单一经营种植场。印第安劳力被大庄园雇用来生产粮食，这些粮食用来大庄园自己食用和卖给附近的城市及矿区。种植场则主要使用的是从非洲进口的奴隶，并且只生产向欧洲市场供应的一种作物。最早的种植场形成于大西洋诸群岛的甘蔗种植过程中。之后这种经营方式又在各种植场中得以发展，如巴西和西印度群岛的甘蔗种植场；南北美洲的烟草、棉花和咖啡种植场。
