与一般的收藏者不一样，叶德辉除了收藏外，更着重于研究，他的学问是许多收藏大家根本无法企及的，而一般学者又没有他这样好的收藏条件。与学者比，叶德辉最富有；与那些收藏家比，叶德辉最有学问。
在晚清湖南学者中，素有二王并列的美誉。这个二王，就是王闿运和王先谦。王闿运生于1833年，王先谦生于1842年，叶德辉生于1864年，为二王后辈，于王先谦为再传弟子。
叶德辉的学问，对二王特别是王先谦，有继承、有扬弃、有发展，但在基本立场上，他不似王先谦那样还愿意与康有为特别是梁启超周旋，而是公开地毫不客气地攻击康有为，攻击梁启超，以为康、梁的学问不仅是旁门左道、野狐禅，而且必将严重危害中国文明，危害儒家道统。他看出康有为虽然打着儒家思想的旗帜，虽然言必称孔子，但其思想本质并不是儒家的东西，而是来自西方的思想异端。康有为以宗教改革领袖马丁·路德自命，作《新学伪经考》《孔子改制考》，其表面上尊奉孔子，其内心深处则不然，近则为了搅乱朝政，浑水摸鱼；远则期待以夷变夏，将中国引向全盘西化的歧途，导人以逆，倡导无父无君，与周孔为仇敌，并不是真正意义上的西方道路，而是滑向孟子所批评的那些禽兽之性、思想异端。
基于这种判断，叶德辉对梁启超在湖南的活动始终保持警惕，对于梁启超、皮锡瑞等人在时务学堂、南学会的许多宣传并不认同，而持一种严厉批评态度。
湖南知识界正统人士对梁启超所宣扬的那些思想非常反感，可能还有一个背景，就是张之洞对康有为的反感与批评。在《时务报》时期，张之洞就对梁启超有意宣扬康有为的所谓新学伪经、孔子改制很有意见，通过各种方式表达反对，梁启超也因此有所收敛。现在梁启超以为到了长沙，有陈宝箴、黄遵宪等人大力支持，可以放言高论，于是重拾康有为的这些学说，不断张扬，甚至弄到了《湘学报》上，这当然又一次惹得张之洞不高兴。湖南毕竟是张之洞的辖区，他有权管理这里的全部事务。1898年5月，张之洞两次致信湖南新任学政徐仁铸，批评其对湖南出版的《湘学报》《湘报》管理不严，其言论已经严重偏离办刊宗旨，其中各种各样的奇怪言论必须注意，像什么推尊摩西，什么主张民权，什么以公法比《春秋》等，都有严重的政治问题。张之洞责成徐仁铸详细调查，认真改正，以为这些言论不是一般的学术讨论，是绝对不能容忍和让步的政治底线。张之洞的态度不难为湖南知识界所获悉，湖南知识界大佬和那些正统人士对梁启超由欢迎到反感至驱逐，可能都与这些背景有着相当关联。
1898年1月22日为旧历新年正月初一。在这前后，时务学堂学生放假，这些学生将梁启超在学堂内所散布的那些思想异端传播至社会，不仅引起学生家长的普遍不安，也引起知识界正统人士的反感。有关时务学堂的各种各样的流言蜚语迅速传开，有的说陈宝箴对梁启超也相当不满，准备调王先谦取代熊希龄出任时务学堂总理，由叶德辉取代梁启超出任总教习；有人指责熊希龄聘请广东人出任分教习动机不纯，批评梁启超让学生研读《春秋公羊传》，用心险恶，其目的就是为了宣扬康有为的异端邪说。议论纷纷，是非莫辨，真相似乎谁也不知道。
当湖南知识界肆意攻击时务学堂和梁启超的时候，梁启超其实大病几死，于3月初离开长沙，就医上海。病情稍微稳定后，又由康广仁陪同，应康有为之召北上进京，协助康有为在北京的政治活动，所以湖南知识界的攻击对梁启超来说意义不大，只是继续留在那里的几位分教习韩文举、欧榘甲、叶觉迈实在有点受不了，非常愤怒，相率辞职。
梁启超的离开并没有使湖南知识界恢复往昔的宁静与和谐，究其原因，王先谦、叶德辉等知识界大佬认为是湖南知识界内部出了问题，是引狼入室导致了湖南的混乱，因此要想让湖南知识界恢复往昔的宁静，回归儒学正统，就必须清理门户，纯洁队伍。
4月9日，叶德辉致函皮锡瑞，对皮锡瑞在南学会的几次演讲提出严厉批评。皮锡瑞与叶德辉是多年的好朋友，皮锡瑞且比叶德辉大了14岁，俨然前辈，叶德辉这样不给面子，使皮锡瑞难堪，于是皮锡瑞复函辩解，叶德辉不依不饶又写了三封批评信，对皮锡瑞的学术主张、思想倾向，连带着南学会的宗旨、时务学堂的倾向与问题等，一并讨伐，弄得皮锡瑞非常尴尬，只好有点灰溜溜地离开湖南，仍回江西经训书院担任讲席。
皮锡瑞的离开并没有使湖南知识界放弃清理门户。5月15日，曾广钧应邀在南学会演讲，在讲到保种保教思想主张时，正统派在那里大闹会场，以为是异端邪说，人一闹而去者大半，南学会的系列演讲至此彻底结束。
南学会的演讲结束了，但正统派依然不依不饶。6月3日，南学会邵阳分会会长樊锥竟然被当地绅民宣布驱逐出境，其罪名是首创邪说，背叛圣教，败灭伦常，惑世诬民，直欲将邵阳人尽变禽兽而后快。
从维新变革的立场看，樊锥应该说是湖南思想界的骄傲，是许多新思想的宣传者、传播者，他组织南学会邵阳分会以及在《湘报》上发表文章，就是要宣扬平等思想，宣传立宪主张，力主将一切用人行政像东西洋各国一样，交付国会议院进行表决，使人人有自主之权，人人以救亡为事。这些思想主张或许超过了清廷既定的改革底线，但决不至于像他的同学苏舆所攻击的那样，要将“我大清”变为泰西民主国家，真乃汉奸之尤，不是一般的大逆不道，即便处以极刑，犹不足以弥补其罪责于万一。苏舆的这种批评无疑太过夸张，但由此确实可以看到湖南知识界在1898年春天达到了怎样一种不共戴天的分裂状态。正统派人士直欲将那些激进分子斩尽杀绝，以为不如此无法使湖南归复平静、归复常态。
湖南正统势力对南学会、时务学堂的仇恨不容低估，他们的目标不仅要把梁启超、樊锥这些人驱逐出湖南，而且要从根本上从理论上驳倒弄臭这些人。王先谦的弟子王猷焌称中国古人讲学，其内容总不外乎孝悌忠信仁义廉耻，而南学会和时务学堂所讲的，却是逞其邪说，放厥淫词。因此，要想使湖南归复宁静，除了从组织架构上瓦解南学会、时务学堂，更应该将精力用在对那些异端思想的批判上。5月19日，叶德辉刊刻《輶轩今语评》，逐条批驳湖南学政徐仁铸的《輶轩今语》；又著《长兴学记驳议》《读西学书法后》《正界篇》等，系统批判梁启超在湖南散布的那些思想主张。
