6月30日，岳麓书院学生宾凤阳、杨宣霖、黄兆枚、刘翊忠、彭祖尧等上书山长王先谦，点名检举黄遵宪、徐仁铸以及梁启超等人，以为湖南民风素来淳朴，本为一安宁的世外桃源，不料黄遵宪到湖南后，提倡什么民权之说，民风为之稍变；而自徐仁铸来后，肆意传播康有为的异端邪说，湖南风气为之大变；自熊希龄力邀梁启超主持时务学堂后，梁启超大畅师说，鼓吹什么孔子改制、新学伪经，深刻影响了湖南青年学子，改变了湖南原本纯正的学风。他们指出，康、梁所用以蛊惑人心的，不外乎什么民权、平等这些口号，而中国及湖南目前所需要的并不是这些东西。他们认为权力果如民权期待下移，政府成为弱势，那么国家治理将更加困难；至于实行民主，在目前中国条件下，就更加荒唐，是率天下而为乱；至于平等之说，更不可取。平等之说，蔑弃人伦，真悖谬之尤。他们还搜集梁启超等人在时务学堂为学生课艺日记所作的批语作为证据，请求王先谦呼吁省政府对时务学堂以及湖南教育界严加整顿，拨乱反正。
王先谦早已对梁启超等人肆意传播康有为异端邪说深表不满，在收到这封举报信后，更是大为震惊。他认为，朝廷鼓励开办新式学堂的目的是为了采纳西学，并不是让中国人去信奉西教。西教流行，在中国已有不可阻挡之势，但真正的西教也有其合理的地方。而康、梁今日所以惑人，自为一教，并非真西教。其言平等，则西方国家也并没有完全做到平等；言民权，则西方国家或有君主，或有总统，也并不是将国家权力交给人民。王先谦指出，康、梁谬托西教以行其邪说，真中国之巨蠹，不意光天化日中，有此鬼域！康梁之说，无异叛逆，决不是什么新党、旧党之类的冲突，而是有关中国有关湖南未来发展的大问题、大政治，关系到“我大清”权力来源的合法性，绝不可等闲视之。
基于这样的认识，王先谦联络湘籍士绅叶德辉、张祖同、孔宪教、刘凤苞、蔡枚功、汪概、黄自元、郑祖焕、严家鬯等，于1898年6月10日联名向湖南巡抚陈宝箴呈递一份检举报告，控告梁启超借充任时务学堂总教习之机，承其师康有为之学，倡为平等、民权之说，给湖南知识界带来巨大危害。青年学子胸无主宰，不知其阴行邪说，反以为时务使然。丧其本真，争相趋附，语言悖乱，有如中狂。始自省城，浸及各州县，影响巨大。虽谨厚如皮锡瑞，亦被煽惑，形之论说，重遭诟病。至于那些学堂生员，被梁启超等人亲承提命，朝夕濡染，受害更不待言。是聚无数聪颖子弟，迫使斫其天性，效彼狂谈，他日年长学成，不复知忠孝节义为何事。这真是湘省之巨大不幸。
这封举报信，除了控告梁启超，还举报时务学堂分教习韩文举、叶觉迈以及谭嗣同、唐才常、樊锥、易鼎等人。他们请求陈宝箴对时务学堂严加整顿，罢黜这些鼓吹异端邪说，煽惑青年的人。
王先谦等人的请求义正辞严，似乎应该能够获得陈宝箴的同情和支持。无奈在王先谦等人的上书送达陈宝箴时，陈宝箴已从另外渠道获悉在长沙街头到处流传署名宾凤阳等人的传单。这些传单除了除了王先谦等人的指控外，还有许多耸人听闻的不实之词，诸如时务学堂的教习们有“同志”嫌疑，为了争风，因为吃醋，教习中竟有对生员中长得文秀的人肆意鸡奸，致使身染花露。这就显然有点捕风捉影、不负责任了。
这些不负责、捕风捉影的言辞激怒了陈宝箴，陈宝箴觉得这些传单的作者实在是太下流，太流氓。至于以这种下流流氓的语言，表示去维护什么名教、什么正统，其实不过是狗急跳墙，以图报复私忿而已，必为正人君子所不齿。陈宝箴当即对这些传单批道：此等下流污蔑之语，对于被诽谤被侮辱的学堂和学堂教席毫无所损，其根本用意是为了解散学堂，阻挠新政。这种言行既违背了朝廷兴学育才之至意，又为人心风俗之大害，必须查明真相，追究元凶，杀一儆百，以儆效尤。
陈宝箴的态度是鲜明的，所以当他收到王先谦等湖南士绅的联名控告信后，既没有觉得意外，也没有答应他们的请求，而是继续追究宾凤阳等人妖言惑众的细节。
宾凤阳的举动或许真的不被王先谦知道，或许这些传单根本就不是宾凤阳所散发的，而是别人栽赃。总而言之，王先谦获悉陈宝箴的态度后也感到事态严重性，立即致函陈宝箴辩解，表示他向各方面打听，均没有人看到长沙城里有此传单，因此他断定这些传单可能是那些不怀好意的地痞流氓乘机播弄是非，有意向宾凤阳及岳麓书院栽赃。王先谦在信中向陈宝箴保证，宾凤阳是岳麓书院品学俱端的好学生，决不会惹是生非无端造谣。王先谦甚至流露出自己的委屈，有意引咎辞去岳麓书院山长。
陈宝箴收到王先谦的辩解信后复函说，他虽然无法断言这些传单中的下流语言污蔑之词就是宾凤阳所为，但有许多迹象又不能不令人生疑。以理度之，如果这些传单为人假托，宾凤阳等如果品学皆端，见此等市井下流之词，俨然指为己出，必且面赤背汗，于心不安。他即使不愿去替被诽谤、被侮辱的人辩诬，但必将会采取适当的手段为自己辩解。然而，这些蹊跷的事情发生后，宾凤阳等人坦然得很，既不为别人说话，也不为自己辩解，持续沉默。这怎能不让人生疑？陈宝箴劝王先谦相信事实总会调查清楚，既不要过于偏袒自己的学生，更不必因此而辞职。
收到陈宝箴复信后，王先谦第四次致函辩解，而陈宝箴继续复书坚持自己的看法，并不认为王先谦的说法就是对的。只是此事的真实情况始终没有调查清楚，仁者见仁，智者见智。大约只有好事者自己心里清楚。
不过，陈宝箴还是给王先谦留足了面子，此事后来也就不了了之。但王先谦等人并没有就此停止对梁启超等人的攻击。稍后，他以岳麓书院山长的身份联络长沙另外两家书院，以三家书院学生的名义邀请省内士绅出面订立什么《湘省学约》，制定规则，净化思想，清除梁启超等人在湖南的影响，竭力攻击梁启超所宣扬的那些东西只是“康门谬种”，什么主张民权，什么耶稣纪年，什么素王改制，什么保国保种，什么君民平权等，足以表明康梁等人都是中国传统的叛逆，是中国文化的敌人。《湘省学约》期待正心术、核名实、尊圣教、辟异端、务实学、辨文体、端士习等活动，使湖南知识界归复正统大道，不再受那些异端思想的侵袭。
《湘省学约》使湖南知识界分成俨然对立的两大派别，王先谦等人的咄咄逼人并没有吓倒湖南知识界的新派人物。当王先谦等人将这份文件送达省政府的第三天，即1898年7月13日，时务学堂总理熊希龄联合湘籍户部主事黄膺、翰林院庶吉士戴展诚、前广西知县吴獬、候选训导戴德诚等，向湖南巡抚陈宝箴呈递整顿书院的请示报告，以为全省各书院积弊很深，必须大加整顿，矛头直指王先谦。
根据熊希龄等人的建议，此次整顿应该从这几个方面进行，即一、定教法。聘请纯正博学、兼通中西的著名学者编定教法章程；二、端师范。书院不再由庸陋之绅士占据山长位置，而是聘请明正通达之士担任；三、裁束修。裁减那些不称职书院山长的收入或补贴；四、定期限。规定书院山长不能任意决定到院时间，山长每年住在书院处理日常事务不得少于十个月为度；五、勤功课。厘定各书院课程，规定书院课程虽不能照新式学堂那样中西并学，亦须令学生每日必呈札记一条，由山长评阅，不能再托人点窜；六、严监院。改革书院内部管理制度，废除由学生选斋长的办法，改为任命本地教官为监院，或以绅士充当，专职监督书院各方面事务，免滋流弊；七、速变通。从前山长多半守旧、不通时务之人，若听其主持书院，则不能适应时代发展需要，应仿江苏等省经验，将那些不合格的山长尽速辞退，另请博通中西的学者主持。这些建议不仅切中旧式书院弊端，而且从时间来说，主要是针对岳麓书院山长王先谦，是湖南新派人物反攻为守的一次主动出击。
熊希龄等人的反击固然有助于湖南知识界的均势，但这种激烈的举措无疑加重了各方面的冲突。为息事宁人，平衡大局，陈宝箴不仅刻意挽留王先谦，而且痛下杀手，下令免去熊希龄时务学堂提调，辞退韩文举、欧榘甲及叶觉迈等人，另派黄遵宪、汪贻书主持。
南学会停止了，时务学堂改组了，梁启超追随康有为到北京从事政治改革去了，谭嗣同、黄遵宪等被保荐至中央政府担任要职去了，新派人物纷纷鸟兽散，湖南的维新运动至此大致结束。不过，湖南各派势力的冲突并没有随之结束，各派力量转移至京城继续角逐，并演绎出一场轰轰烈烈的活报剧。
