七月，双方在东部战场进行了第一次大规模交锋。沈约决定在交通枢纽马那萨斯地区同南军主力决战，以便扫清进军里士满的道路。北军由麦克道尔将军指挥，有四万人。南军由名将博雷加德和约翰斯顿指挥，有三万人。北军一开始以优势兵力向布尔河对面的南军阵地发起猛攻。南将杰克逊顶住了北军的5次进攻，因而获得了“石壁”的称号。南军援军到来后，发起反攻，击溃了北军。战斗结果，北方损失近三千人，丢失了大批枪炮弹药，南方损失近两千人。余下的北军仓皇逃回首都，首都全城陷于一片恐慌之中。
自此以后，北军主力长期被牵制在首都周围。沈约政府决定作长期战争的准备，加强海军建设和军工生产。十月，因北军指挥官斯通叛变，北军巴克尔部在包尔斯高地陷入南军包围，北军巴克尔将军阵亡。新的失败再次震动了北方政府。北方政府乃紧急征召五十万志愿军迎敌。
幸运的是，北方海军攻克了具有战略意义的港口罗亚尔，使北方获得了封锁南大西洋沿岸的可靠基地。北方海军还攻克了哈特拉斯角的南方堡垒，迫使南方分兵把守沿海海岸。北方海军法拉格特指挥西海岸分舰队于夏天配合陆军攻占了奥尔良，消灭了南方在密西河上的舰只，控制了这一重要的战略通道。北军海军还配合格兰特军攻克了亨利堡和多纳尔逊堡。这一阶段海战中，北方海军占上风的原因是拥有雄厚的工业实力，建立了一支强大的海军，而南方只能建造一两艘新式战舰。
从这一阶段的整个战局看，南方还是占有优势，掌握了主动权。北方仅在西线取得显著胜利，并封锁了南方海岸。但需要指出的是，双方的战略重点均在东战场。南方暂时占优势的原因，是南方军队有良好的军事素质和立伯特高人一筹的军事才干。而北方的沈约总统则缺乏能有效实现战略设想的悍将。
战争日趋白热化。北军根据沈约命令发起攻势，从西、北、南海陆3个方向攻打南方领土及封锁南方的海岸，此乃“蟒蛇计划”的实现。其中：主力由麦克莱伦指挥攻打里士满；海军协助巴特勒将军从南面攻打奥尔良；西线由兰特指挥攻击密西河沿线，以打通这条战略通道。
在西战场，北军取得重大胜利。兰特指挥军团在舰炮的配合下，先后攻克田纳西河上的战略重镇亨利堡和坎伯兰河上的多纳尔逊堡，俘敌两万人，缴获武器两万余件及大量军用物资。同时，比尔指挥的军团也攻克纳什维尔，迫使南军从密西河上的重镇哥仑布撤走。北方改组了西战场的军事指挥机构，由哈勒克将军统一指挥西线部队，并成立西部分舰队，大大提高了指挥效率和作战能力，当月，波普率在小舰队的支援下夺取了密西河上的十号岛。
不久，南方“弗吉”战舰号攻击北方的海军基地汉普顿，摧毁了北方的两艘战舰。此战引起北方的不安。北方装甲舰“巨蜥”号驰援，同“弗吉”号在切萨皮克湾进行了装甲舰的海战，双方不分胜负。“弗吉”号的出现，阻止了北方沿詹姆斯河对里士满的进攻，从而为南方赢得了保卫里士满的时间。
北军兰特军六万人向匹兹堡进发，在夏洛同南军约翰斯顿麾下的四万人遭遇，双方激战两天，不分胜负，各损失一万余人，南方名将约翰斯顿阵亡。北军继续挺进，到五月底，哈勒克指挥的十一万大军攻克了科林斯和孟菲斯。密西河这条南北大动脉除了维克斯堡以南的一段外，绝大部分已为北军打通。同年四月，巴特勒将军的部队在海军配合下，展开两栖攻击，占领了奥尔良，为打通密西西比河的南段，造成了有利的态势。北方攻克了南方海军基地，“弗吉”号被南方自己炸沉。
但在东战场，北军仍以攻打里士满为主要目标，而不去寻歼敌军主力。麦克莱伦任拥有十万人马的波托马克兵团司令。他忙于把一群乌合之众训练成能打仗的士兵，不惜把对岸五万敌军谎报为十五万人，迟迟不动。在沈约再三催促下，他才发动了所谓“半岛战役”，即先经水路把军队运到詹姆斯河和约克河之间的半岛东端，再沿半岛西进，攻占里士满。五月份，北军准备合击里士满，南方形势危急。南军立伯特将军令杰克逊向北方首都发起攻击，击败北方班克斯军，迫使沈约撤回即将同麦克莱伦军会师的麦克道尔军，使北方失去攻占南方首都的良机。
六月，双方各有十万大军展开“七日会战”。北军在南军立伯特指挥的军团的打击下，损失两万人，被迫退出半岛。立伯特取得了会战的胜利，但也损失了两万人。立伯特乘胜北进。八月底，双方又进行了“第二次马纳萨斯之役”。参战的北军八万人，南军六万人。此战中立伯特以小部队把北军主力吸引在阵地上，主力则机动到敌侧后方向进行攻击，一举击溃了北军新组建的波普军团。立伯特将北军逐出了弗吉，兵临首都城下。沈约急令麦克莱伦率军迎战。九月，北军九万人和南军四万人进行了“安提塔姆会战”。立伯特因兵力过于分散，加上作战命令为北军截获，被北军击败。但北军麦克莱伦追击不利，让立伯特军安然撤退，失去了全歼立伯特军的良机。北军损失两万人，南军损失两万人。但是此战在战略上具有重大意义：它迫使立伯特军停止了对北方的进犯，提高了北军的士气，并改善了北方的国际地位，使基利国等未敢贸然承认南方。
战争时间拖的太长，北方没有取得预期的绝对优势，沈约政府面临着严重的危机。国内人心动荡，后方“铜头蛇”反政府分子的活动十分猖獗，人民参军的热情锐减。许多地方人民群众纷纷上街示威游行，强烈要求沈约清洗军队和政府中的消极怠工者和同情南方分子，立即解放奴隶，无偿把土地分给人民。各政治派别尤其是激进派向沈约施加压力。当时的国际形势也很紧张。基利国、板牙国等一些国家已在准备承认南方为“独立国家”，基利国准备立伯特一旦入侵北方成功就立即付诸行动。
