袁允即位之初的几个月中，开始考虑怎样增强自己的权力而同时削弱诸藩王的权力，并且利用或有或无的罪名对那些较小较弱的藩王采取激烈的行动。周王是第一个倒台的，接着另外四个王子也垮了下来：代王、湘王、齐王以及岷王。一年之内在五个举足轻重的藩封被废之后，燕王袁棣便成了下一个目标。朝廷承认他是最棘手的敌人，因此在行动上很小心谨慎，可是这样一来，反而给了燕王袁棣集结部队和准备反叛的时间。
袁允对诸藩王封地里的行政也进行了一些改革：设置了宾辅和伴读，并让翰林学士以儒家的为政传统教育和辅导诸幼年王子。袁允还进一步不准王子们参与文武政事。这些加强了皇帝对藩王控制的新条令是意在取消半自治性质藩王封国总战略的一部分。
推行削夺世袭封藩的政策是担心几个有野心的皇叔可能要发难，特别是担心燕王袁棣反叛。先帝袁璋陆续分封了他年长的九个儿子（其中包括袁棣），把他们封在西北边境和长江中部，王位世袭；这些藩王都是用来作为抗击齐丹侵略和镇压叛乱的支柱。王子们都享有巨额年俸和广泛的特权；虽然他们在法律上对境内平民百姓不享有直接的行政权力，但他们每人都节制三支辅助部队，其人数在三千到一万五千之间。
为了确保皇帝对分封诸王的控制，开国皇帝袁璋在他的《祖训录》中曾定下了一系列条令规章来管束诸藩王的行为；其中有一条规定是：在新皇帝登基以后的三年时间内藩王们不许来朝廷，只能留守藩封。可是，如果有“奸臣”在朝廷当道，诸王得准备他们的兵力，听候新皇帝征召他们来“拨乱反正”，而在完成了他们的任务和驱逐了奸佞以后，他们仍应返回封地。
《祖训录》对于合法的继承原则定下了一条重要的规矩；它既适用于藩封王子的继承，也适用皇位的继承。其中主要的一条原则是继承人应该是长子，并为嫡妻所生。如果这一点已不可能，嫡妻所生的第二个儿子将成为合法继承人。为了使这些家法垂诸久远，袁璋对后嗣下了严厉的警告，禁止他们对他的训示有一丝一毫的改动；而且他告诫诸王，对任何违犯者，甚至皇帝本人，他们可以群起而攻之。这位开国皇帝的想法是很不现实的；制度上的调整总是不可避免的。新皇帝袁允现在企图削夺诸王的权力，这就使他与他的叔父们——特别是燕王袁棣——发生了公开的冲突。然而可以理解的是，在这些藩王看来，他想削夺分封诸王一向享有的权利和特权的行动严重地违反了《祖训录》。
削藩的政策是黄子澄和齐泰所出的主意，但是它也可以说是出自皇帝的圣裁。黄子澄是这一政策最积极的拥护者，他使皇帝对采取这项政策的重要性获得了很深的印象，因为他向皇帝讲述了汉代的七国之乱反对汉景帝的故事，而且也提示了这些强大而又拥有半自治权力的藩封所特有的潜在危险性。
他们曾经考虑了两种行动路线：一是彻底废除藩封诸王；一是减少他们的政治和军事大权。主要的目标是燕王，因为此时，先帝袁璋的二子和三子均已故去，只剩下燕王袁棣是现在健在的最年长而又权势最大的藩王，同时他也是皇家礼仪上的尊长。几经斟酌之后，袁允决定走完全废藩的道路。这样便激起燕王袁棣举兵反对皇帝，他表面上是要恢复王朝原来的制度，实际上却是要保持他自己的权力和影响。
道衍和尚是袁璋派到袁棣的王府里来任事的，并博得了他的信任。道衍在袁允被封为储君以后曾向燕王袁棣进言，说他注定会有九五之分，并且鼓励燕王谋划进一步实现他的雄心壮志。当袁允朝廷开始清洗袁棣的兄弟们时候，燕王袁棣马上觉察到他的地位危殆，因而他就和道衍商议，应该采取什么步骤来对付这一威胁。燕王袁棣已经用招降齐丹士兵的办法扩充了他的部队，同时他又和那些对新皇帝已不再抱幻想的宦官内外勾结起来。可是他还无意立即行事，因为他的三个儿子正在南都作为人质，以保证他不乱说乱动。
与此同时，袁允和袁棣双方的间谍来回报告消息。燕王袁棣搞了许许多多鬼把戏，又是装病，又是装疯，请求遣反他的儿子们。直到次年六月，袁允才准许袁棣的几个儿子回到他们父亲身边，这一决定愚不可及。儿子平安回来后，燕王袁棣这才决心用军事行动抗命朝廷了。
敌对行动爆发于七月末。有个忠于朝廷的军官抓到了属于燕王藩国的两名下级官员，并把他们送往南都以煽惑罪处死。燕王袁棣抓到了把柄，利用这个机会在八月五日向邻近几个州县发动军事进攻，借口要清除朝廷里的奸佞官员。这标志着在朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对抗。
为了给他的叛乱设词辩解，燕王袁棣在后来几个月内精心策划了几篇文告。这位藩王坚持说，他正在进行的是终止内乱的正义行动，而且无论衡之以儒家的孝道，还是衡之以规定诸藩王义务的《祖训录》中的条款，他的行为都是对的。他指责皇帝袁允没有把先帝袁璋的病情告知他，没有让他奔临丧葬；另外，他还指责袁允毁坏先皇所居之宫室，背弃了袁璋的祖训。
袁棣还指责皇帝袁允受齐泰、黄子澄等宵小之臣的诱惑，对诸皇子进行了迫害，并且错误地指控他在做军事准备来反对皇帝。他争辩说，他所采取的行动是正当的自卫，同时他要求皇帝袁允去掉左右的奸诈顾问们，恢复先皇的法律和制度。除此之外袁棣还声称，他有义务来执行这次惩戒使命，因为他是马皇后所生的最年长的健在儿子，可谓责无旁贷；袁棣指天誓日地否认他对帝位感兴趣，只是说他是本着《祖训录》中的规定而开始清除朝廷中的奸佞官员的。
