耶稣会士进入中国后，大力谴责中国人的许多宗教习俗，对山神河神、佛道神祇的崇拜以及佛教徒和道教徒的仪式都被明确界定为迷信。但在面对祭祖和祀孔礼仪时却遇到了麻烦。祭祖仪式中包括为代表祖先的牌位供奉肉、水果、丝、香料，并在尸体、坟墓或牌位前焚香点蜡烧纸，然后在家宴中分享供品。祀孔礼仪只有士人参与，一种是获得秀才功名的人在文庙举行，一种是士人每逢初一、十五所行，这些礼仪中包含对孔子牌位叩头和上香的行为。而在每年春秋还要对孔子进行大祭，在祭祀地贡献牺牲、酒、丝等物，接着是宴飨。这些祭礼在天主徒眼里几乎具有了宗教祭祀的所有外表，因为它们包含献祭、跪拜、祝祷等行为，而且那块被称为“灵位”的牌位很容易让来自欧洲的天主徒想到，中国人认为祖先的灵魂栖居在这块牌子上。利玛窦亦不例外，他在中国的初期便认为这一切暗示着某些超自然的信仰，因而断定祭祖祀孔礼仪属于异教偶像崇拜行为，是打算皈依天主的人必须弃绝的行为。但是他很快又发现，如果禁止中国天主徒参加祭祖祀孔礼仪，那就几乎没人肯归信天主。与此同时，公开反对这种礼仪甚至还会惹怒中国人，令传教士再也无法立足中国。现实的困境迫使利玛窦重新考虑中国礼仪的性质。
利玛窦仔细观察这些礼仪在中国人日常生活中的作用和含义，认真阅读中国经典中有关礼仪的叙述，也咨询他接触过的各个层次的士人学者。他开始认识到，这些礼仪是中国社会秩序得以维系的基础。祭拜祖先和过世父母对中国人而言是孝道的最大表现，而孝是中国儒家伦理的核心，谁若忽视这些礼仪就会不耻于其家族和国人，而要求中国天主徒与其家族和社会相隔离显然不合情理，也有违利玛窦的目标。祀孔仪式则是士人们不可推脱的职责，如果不履行，则既不能获取功名也不得担任官职，并且这一点具有法律效力。这样看来，传教士如敢完全禁止中国天主徒祭祖祀孔，就会被认为是在鼓动中国人脱离政府和社会，是在破坏中国的社会秩序和法律规范，承担这样一项严重罪名对传教士意味着什么可想而知。在不能完全禁止礼仪的现实前提下，又该如何理解它们呢？礼仪在日常生活中的法律规范效用和利玛窦对儒学性质的认识启发他赋予礼仪性质以新的解说。
在利玛窦以儒学为嫁接天主教教义之载体的全套适应策略中，核心点是，儒学不是宗教，而是道德学说及士人的生活方式，并且其中的观念和准则通过士人影响到大众，成为维持社会良好秩序的道德及行为规范，并构成中国的法律基础。既然如此，儒家倡导的祭祖祀孔礼仪也是这样的社会规范体系之一部分，应该没什么迷信的迹象。为了论证这一观点，利玛窦又从礼仪的来源入手，正与他从源头上来解释“天”/“上帝”的涵义以及儒家学说涵义的思路一致。既然这些礼仪起源于坚持神不可知论的孔子，那么研究这些礼仪在早期儒家作品尤其是孔子著作中的表现形式后，应该能发现它们的最初特征。而利玛窦这样研究后的结论是，祭祖祀孔礼仪的本质只是表达敬意的世俗性行为。此外，中国学者、尤其是利玛窦同时代的儒家学者对礼仪的严谨判断是他确立礼仪立场的重要依据。按照中国学者的解释，祭祖与祀孔既不要求也不期望从祈祷对象身上获得任何非凡的介入，仅是秉持“事死如事生”、“事亡如事存”之意，希望对死者表示出最大的尊敬。而且这种解释作为朱熹对儒家经典之阐释的一部分，随着朱子学说1552年以后被定为官学而在儒士中具有普遍约束力。这使利玛窦进一步确信，知识阶层对这些礼仪的规定和实践都没有宗教意味。
确定了对祭祖祀孔礼仪性质的基本认识后，利玛窦并没有忽略解释礼仪为何看起来那么像迷信这个问题。他的解答是，这些礼仪在岁月变迁中被超自然或迷信的错误信仰所污染，因此在部分士人和民众中可能存在宗教性的祖先膜拜和上供行为，但这本来就被中国的有识之士断为错误举止，因此不影响礼仪的本质，并且恰恰需要通过恢复可被天主教认可的、礼仪在经典中的原始含义来纠正。显然，这一思路是利玛窦宣扬的通过天主教义帮助中国人重新认识古籍之真实含义的思想之一部分。1603年12月，利玛窦经过20年的观察研究之后，做出了具有历史性意义的对中国礼仪的决议，其基本观点是：（1）遵守中国传统的尊孔礼仪；（2）认为中国人祭奠祖宗的仪式“大概”不是迷信，因为这些仪式并不能视为有明显的迷信色彩。这一决议得到范礼安及其顾问们的赞同，从而成为耶稣会士在中国工作的一个指导性文件。
但是很明显，利玛窦对中国礼仪性质的认识与他的全部适应策略一样，具有权宜性质，是针对中国社会对外来事物的强大排斥力、中国文化的高度独立性以及传教士所处的不受保护的脆弱地位而做出的妥协举动。他并非真的相信礼仪是纯洁的，所以他对祭祖礼仪是否迷信最终有所保留而使用了“大概”一词，并且补充说既然帝国法律要求执行这些礼仪，天主徒就可以参加祀，而且还提出了一些参加祭祖礼仪的限制条件以帮助天主徒区分迷信与非迷信。至于中国的祭祀礼仪本身，尽管理学家们努力赋予它们无神论性质，但无论是其古代起源还是其现实含义，都包含着宗教意味，在普通民众中尤其如此。中国的祭祖礼仪源于原始社会的图腾崇拜而非孔子，尽管它们在孔子时代已大大世俗化，并且孔子对其加以新的解释而把它们塑造为培养孝道的手段，但既然这些礼仪的形式保留下来，其中的原始图腾崇拜含义并不会完全消失，更何况这种宗教性含义还会被后来弥漫中国社会的各种神灵崇拜所加强。这样的涵义，任何一个要为自己的宗教争取特出地位的信仰者或传教士都不会感觉不到。而且，在讨论“上帝”观念时被利玛窦极力排斥的“无神论”理学思想，在谈论礼仪性质时又被利玛窦所援引，被利玛窦刻意区分的古儒和今儒在这个问题上似乎被他统一起来，这也充分表明利玛窦制订礼仪政策时首先关注传教区生存问题的策略性考虑。
1630年代来到中国的多明我会士和方济各会士出于宗教本能而认为中国礼仪应当被禁止，与利玛窦最初的体验并无不同。但是，有了耶稣会士在中国打下的良好基础，这些晚来的托钵修士也许体会不到耶稣会士创立基业时所面对的环境，感受不到与中国的文化和权力意志适当妥协的必要性。所以，当他们甫抵中国就以禁止中国礼仪的方式传教而遭到中国民众反对时，当他们因为秘密入境和秘密传教而遭到中国官府拘捕和流放时，他们理所当然地认为这是耶稣会士为了阻止他们争抢地盘而背后捣鬼的结果，却没有更多地想一想在一个陌生环境中生存时所应考虑的问题。传教思想的不同、环境的变化和利益纠纷的干扰，使得以黎玉范和利安当为首的托钵修士们义无反顾地指责耶稣会士的礼仪政策是容忍迷信的重大错误。但我们也必须承认，中国祭祀礼仪本身无法被抹杀的迷信成分和利玛窦权宜策略中难以弥合的理论矛盾毕竟成为这套策略受人指摘的有力口实，因此，依据什么来理解礼仪成为礼仪之争的争议焦点，而不是在中国的现实环境下应当采用什么样的方式推进信仰。后面这一点通常被耶稣会士礼仪政策的反对者们乐观地认为不成大问题，耶稣会士用尽妥协之术赢来的中国政府和社会对天主教的宽容局面，被后来者认为中国社会已向天主教敞开了怀抱，正如1742年本笃十四发布的宗座宪章中所言：“他们将停止不必要的担心，因为严格地服从教宗的指示会迟缓异教徒的皈依。可以肯定的是，天主的仁慈决不会让这样的事发生。”而当中国社会最终把无情的一面展示给天主教后，礼仪之争中反对方的期许就被证明过于天真了。
自从黎玉范把礼仪问题提交教廷裁决以来，反对耶稣会士礼仪政策的基本意见就是，中国礼仪是宗教性的，而耶稣会士容忍异教徒的宗教崇拜。从1645年传信部部谕的引述可知，黎玉范所提出诉状中对中国祭祀礼仪的描述如下：（1）中国法律规定地方官必须每月两次祭拜城隍，新官上任也同样。（2）地方官每年两次去孔庙行庄严祭孔仪式，每月两次简单祭孔。祭供牛羊香烛花酒。中试的人去孔庙跪拜孔子。（3）中国人在祖庙祭祖，有先人画像或雕像、祭坛、祭品、司祭，并跪拜祷告。在家中和墓地也有这样的供祭，但简单些。（4）中国人相信牌位上有先人灵魂，会来享用供品，他们置先人牌位于祭坛，设供品，跪拜祈祷。（5）中国人有为死者设灵坛的习俗，灵坛前供香烛鲜花，吊唁者要跪拜灵坛和遗像。（6）中文里“圣”与“神圣”同义。（7）中国许多偶像崇拜的庙宇中有供皇帝牌位的桌子或祭坛，偶像崇拜者习惯一年两三次来此供祭。
阎当1693年训令及同训令文本一道送往欧洲的一封信中对中国礼仪的描述如下：（1）传教士不得在任何时间以任何理由允许天主徒举行、参加或出席一年两度祭祀孔子和祖先的神圣仪式，这些祭祀沾染着迷信。（2）祖先崇拜就是迷信，因为中国人对他们的祖先有所祈求，天主徒不应容忍这种行为，崇拜孔子的行为也非常类似。不过阎当没提对普通形式的礼仪如何处置。
由黎玉范和阎当的论断可见，中国礼仪的反对者对于中国礼仪是宗教性膜拜行为这一点，主要来自于对现实中观察到的行为所做的直观判断。因为他们看到中国人在执行这些礼仪时有跪拜、焚香、使用祭坛和祭品并伴随祝祷性言语的行为，而这些举动在外表上同天主徒祷告上帝的仪式接近，同其他异教徒祝祷自己的神的仪式也接近，所以很自然地断其为异教徒的迷信崇拜。黎玉范和阎当还都格外关注中国人在仪式中的祷告行为，并以此为判定礼仪迷信的重要原因。基督宗教神学强调“施”，而不是向上帝“取”，要求对上帝所安排的一切都要顺从。中国人的祭祀礼仪看起来是通过一场盛宴来邀请神灵下凡，并以供品为条件交换神灵的帮助，与古希腊人祭祀仪式的目的如出一辙，而这自然是有违基督宗教神学的。“跪拜祈祷”这个动作也曾经最令利玛窦疑心，所以当他向士人确认这个过程中并没有向祖先和孔子有所祈求时，他便认为可以容忍这些礼仪了。利玛窦及其追随者们还由此出发，尽力跳过仪式那易于误解的表面，去探询这些行为更本质的意义，并以文化差异为由，提出表面的相似性不是决断事物性质的根本依据。于是在他们对礼仪的描述中，让人产生宗教性联想的词汇都消失不见，代之以对这些行为社会意义的阐释。
卫匡国1655年向圣职部提交的供审议的问题中，对中国礼仪这样描述：1、天主徒文人考得学位后是否能在尊孔堂内举行接受各级学位的仪式？尊孔堂里没有有关偶像崇拜的司祭人员，只有儒生和文人来对孔子行拜师礼，按中国人习俗鞠躬行礼，不供献任何东西。尊孔堂是一个健身房，不是所谓庙宇。2、中国人并不认为亡灵是鬼神，不希望或要求从亡灵那里得到什么。中国人有三种方式纪念故人：（1）为新亡之人设祭桌置牌位，供香烛鲜花，吊唁者要跪拜。（2）一年两次去祠堂，带酒菜香烛供祭祖先。祠堂不是庙，是家族纪念堂。穷人们只能在家中摆天主圣像的祭桌上摆放先人牌位，是限于空间，并非崇拜这些牌位。（3）祭坟，清除坟上杂草垃圾，供祭酒菜。
北京的耶稣会士们为了寻求康熙的支持而在1700年11月30 日联名上呈皇帝批示的那份有关中国礼仪之涵义的文件，当日准备了满文、中文、拉丁文三个版本，呈给康熙的是满文本，其中对中国礼仪的描述大体是对卫匡国言论的重复：（1）崇拜孔子是一种对他的教诲表示尊敬的方式。因为接受了他的教诲，那么怎么能没有下跪和叩头的礼仪？因此这就是整个帝国一致崇敬孔子并尊奉他为师的真正含义。至于说崇拜他是为了祈求智慧、官职或俸禄，那是妄言。（2）对死者执行的祭祀礼仪是一种对其家庭成员表达忠诚爱意和对家族祖先表达感激的热爱的方式。由于早先的立法者制定了祭祀的礼仪，因此在父母、兄弟、亲戚、朋友死后，祭礼就在每年夏与冬的指定时间定期进行。这仅意味着彻底表现爱的精神。供奉已逝祖先的牌位不意味着人们认为先人的灵魂栖息在这块木头上。所谓通过这块牌位来寻求好运和财富是不实之辞。所开展的这些祭祀的目的仅仅是他们可以全力以赴地表达热爱，就好像先人就在面前，因此通过安排一场祭祀，他们就会有与活着的祖先见面的幻觉。这一行为的真实目的是使他们不会忘记家族中的亲属，而将他们保存在记忆中直到永远。不过在送往欧洲的拉丁文本中，对礼仪涵义的解释没这么详细，只是简单肯定礼仪的功用是社会性的。
比较耶稣会士及其反对者们对中国礼仪的阐释，显然双方都只提供了一面之辞，耶稣会士强调孔子为这些礼仪所赋予并被理学家们所认可的理论意义，反对派们则关注17-18世纪中国基层社会实行这些礼仪时所寄予的含义。真实情况当然是，中国祭祀礼仪是宗教性行为与世俗性行为的混合体，与中国文化整体上的融合性特征一致，要对它做出一个非此即彼的判断是不可能正确的。但是，欧洲人惯常的两极对立思维和传教士持有的不同立场促使他们必须对中国礼仪的性质给出一个明晰定义，而教廷的神学家们则不得不依据传教士们的一面之辞决断中国礼仪的是非。结果显而易见，神学家们依据黎玉范和阎当对中国礼仪的描述时，自然会判断礼仪是迷信行为，当依据耶稣会士的解释时，判断礼仪是世俗性行为又在情理之中。教廷在1645年和1656年分别发布两道对中国礼仪持不同立场的指令，正是因为分别听从了黎玉范和卫匡国之辩解的结果，对于如何协调这两份指令，也在1669年11月13日圣职部决议中有明确说明：“根据和问题一起提交的情况介绍，1645年9月12日传信部发布的指令仍然有效。1656年3月23日圣职部发出的命令并没有取消它。必须根据具体情况等认真遵守，一如问题所提出的那样。”在最终禁断礼仪之争的1742年宗座宪章《自上主圣意》中，仍然提到中国礼仪的真实性质取决于有经验者的判断：“那些礼仪是什么？应该注意些什么才可以容忍它们，必须留给宗座巡阅使和处在这样地位上的人去判断，还要让处在世界上这一部分地区的主教和宗座代牧去判断。”两任教宗特使铎罗和嘉乐来华时便都肩负着判断中国礼仪性质的重任，但铎罗不留余地地禁止中国礼仪，嘉乐的“八项许可”却基本上容忍了中国礼仪。至此应该注意到，尽管耶稣会士的礼仪立场被禁止了，礼仪之争也被禁止了，但中国礼仪究竟是什么属性，教廷却也始终不肯给一个绝对断语，那么礼仪之争究竟是在争什么呢，礼仪之争中的关节点究竟是什么呢？
神学之争虽然是一个焦点，但对于争论双方的胜负而言更重要的，或许是决策者对争论双方的态度。耶稣会士及其反对者对中国礼仪各执一端，主要取决于他们对传教方法的理解，而不取决于他们理解中国文化的准确度。教廷听信于哪一方的说辞，关键不是谁的辩解听起来更有道理，而是它是否继续信任和支持耶稣会士。所以，礼仪之争在很大程度上并非有关宗教教义的真理之辩，而是牵涉到各种复杂因素的态度之争和利益之争。礼仪之争和晚明前清整部天主教在华传播史都不是着眼于学习和理解中国文化的过程，所以尽管事实上面对着异质文化遭遇碰撞的问题，却并没有从这个角度来理解问题。耶稣会士在很大程度上表现出文化开放的心态，但其主旨仍是追求自身利益的最大化，他们的开放是在中国遭遇现实困境后被迫做出的策略性调整。中国究其实并不处在传教士和教廷神学家的视野中心，礼仪之争在绝大程度上只是一个西方的问题，这才导致中国人自己对礼仪的解说并不真正取信于教廷，也导致教廷对耶稣会士寻求中国政府支持的举动极其反感。
