嗣昌设十面之网，意在主战，与文灿主抚，本不相中。文灿既至，良玉桀骜，不受节制，其下又与粤军不和，大诟，不得已遣还南军，然良玉实不为用，嗣昌言于帝，乃以边将冯举、苗有才五千人隶焉。时嗣昌号建四正六隅策，文灿则决计招降，初抵安庆，即遣人招张献忠、刘国能，二人听命，乃益刊招降檄布通都。又请尽迁民与粟闭城中，期无所掠当自退。帝怒，谯让文灿，嗣昌以既已任之，则曲为之解，仍上疏克期平定，以今年十二月至明年二月为限。当时任事者，尚有总督洪承畴。嗣昌言于帝：“熊文灿任事仅三月，承畴七年不效，论者绳文灿急，而承畴纵寇莫为言。”帝知嗣昌有意左右，变色曰：“督理二臣但责及时平贼，奈何以久近借之口？”嗣昌乃不敢言。嗣昌建合剿之策，谓必可平定，而专任文灿。文灿则专主抚，所主张本不相合，帝亦不复诘，亦无言者。初，献忠为左良玉军所败，中箭创甚不能战，十一年春，侦知陈洪范隶文灿麾下为总兵，因遣间赍重币献洪范，愿率所部降。洪范以告文灿，受其降。献忠遂据谷城，请十万人饷。文灿又招十三家先后降。嗣昌方以逾期故，疏引罪乞代，帝不许，命察行间功罪，乃盛称文灿功而罪承畴。承畴方与陕抚孙传庭大破李自成，自成走入崤函山中。献忠则在谷城治甲仗，言者知其必反，而帝信嗣昌倚文灿，不为忧。十二年五月，献忠合十三家一时并起，设伏败左良玉兵。帝闻变大惊，削文灿官，戴罪视事。嗣昌于六月甫由兵部尚书改礼部，兼东阁大学士，入参机务，仍掌兵部事。变既闻，上疏请斥，不许。帝以既挠群议用嗣昌，悟其不足倚，而犹冀其一出平乱谢天下，遂命以辅臣督师。再疏辞，不允。以九月杪抵襄阳，入文灿军，听文灿自诉，且檄召文灿所用知府万年策、佥事孔贞会效用军前，而河南巡按高名衡既劾文灿，又劾二人以抚愚文灿不可用。嗣昌发愤疏辩，谓：“廷臣以文灿不能剿贼，诬其无才；不能用兵，诬其无算。文灿特过持重耳，流寇数十百万，不可胜诛，必抚剿并施，方可解散。文灿收拾两年，功已十成六七，独献忠再叛，八营动摇。今以一眚废置，并所用之人訾之，非公论”（此疏见《明史稿·嗣昌传》）。以此曲庇文灿，而帝卒重罪之，文灿以十三年十月弃市。
十一年九月，建州又复入边，以宣大、山西总督卢象升督师御之。象升亦以与嗣昌议不合，遂以监军中官高起潜分其兵，又扼其饷，陷象升阵亡。又与起潜比，谓象升不死。有诏验视，赞画杨廷麟得其尸，嗣昌故靳之。遣三逻卒察其死状，其一人俞振龙者，归言象升实死，嗣昌怒，鞭之三百，暴尸八十日而后殓。终嗣昌未死之日，不得议恤。象升以对建州主战，而嗣昌在本兵因与不合陷之，并欲没其死事之烈，此为嗣昌一大罪状。方是时，文灿主抚亦当嗣昌意，嗣昌归功文灿而欲倾承畴。帝以东事亟，召承畴、传庭入援，嗣昌议移承畴督蓟辽，且尽留承畴所率入援之秦兵，属承畴东守。传庭谓嗣昌：“秦军不可留。秦军妻子俱在秦，久留于边，非哗则逃，不复为吾用。安危之机不可不察。”嗣昌不听，传庭疏争之，帝不能用，不胜郁郁，耳遂聋。初传庭入卫，象升方战殁，命代统诸镇援军，请召对决大计，嗣昌以传庭与己多不同，高起潜亦与传庭不协，合而沮之，竟不得入朝。十二年春，承畴与传庭并受命，承畴督蓟、辽，传庭督保定、山东、河北军务。复疏请陛见，嗣昌大惊，谓传庭将倾己，饬来役赍疏还之，传庭愤甚，耳益聋，不能听机事，遂乞休，嗣昌又劾其托疾。帝大怒，斥为民，下巡抚杨一儁[俊]核真伪。一儁[俊]奏言非伪，并下一儁[俊]狱，传庭长系待决。举朝知其冤，莫敢言。系狱三年，至嗣昌败后，朝士乃交荐起督陕。嗣昌主兵柄时，大将任战者，仅卢象升、孙传庭、洪承畴为最著。嗣昌陷卢死，并仇其死后，陷孙几死，复排洪于外，所倚所庇唯有熊文灿，此其任本兵时之所为也。而其时于颠倒命将是非之外，又有残民以绝国脉之大罪。当万历末，以清犯辽东，三次加派，已驱民走险而致大乱。崇祯间，一再加派，曰剿饷，曰练饷，合前万历末所加名辽饷，共谓之三饷。剿饷、练饷，皆嗣昌主议而帝用之。拥剿饷而不剿，拥练饷而无可练。至清入关而首除三饷，遂取中国，而民已多数安之，是尤为新朝造取代之资矣。谓兵事正殷，非饷不济。清方以兵取天下，较之明以兵守天下者岂不更费武力，然以首革三饷而兴，求之宫廷节约，以养战士，自有其道。明君臣当危亡之时，竭力椓丧，不恤资敌，此固亡国之臣所为，亦岂非亡国之君所信用乎？
当十年三月，嗣昌始履本兵任，议设十面之网，并荐熊文灿为总理，即议增兵十二万，增饷二百八十万，其措饷之策四：一因粮，二溢地，三事例，四驿传。因粮者，因旧额之粮量为加派，亩输粮六合，石折银八钱，伤残地不与，岁得银百九十二万九千有奇；溢地者，民间土田溢原额外者，核实输赋，岁得银四十万六千有奇；事例者，富民输资为监生，一岁而止；驿传者，前此邮驿裁省之银，以二十万充饷（祟祯三年，以给事中刘懋请裁定驿站，给邮乘传有额，而河北游民向借食驿糈者无所得食，溃兵煽之，为陕西民变炽盛之始）。户部不敢违，议上，帝传谕：“不集兵无以平寇，不增饷无以饷兵，勉从廷议，暂累吾民一年。”改因粮为均输，布告天下，使知为民去害之意，是为剿饷。帝言累民一年，本以一年为限，而遂为久计矣。
十二年，清兵入边，破济南始返。未解严时，廷臣请练边兵，嗣昌议各镇练兵数至七十余万。帝又采副将杨德政议，练民兵捍乡土，不他调，天下府千、州七百、县五百，汰府通判、州判官、县主簿。府改设练备，秩次守备；州县改设练总，秩次把总。嗣昌以势有缓急，请先行畿辅、山东、河南、山西，于是有练饷之议。
剿饷在嗣昌原议一年即止，饷尽而乱未平，诏征其半。至行练饷时，反并剿饷皆全征。帝虑失信，大学士薛国观、程国祥以为可行，嗣昌复言：“加赋出于土田，土田尽归有力家，百亩增银三四钱，稍抑兼并耳，贫者何害？”帝意遂决。由是剿饷之外，复增练饷七百三十万。计辽饷在神宗末为五百二十万，崇祯初又增百四十万，后再增剿饷、练饷，计千万（事例所入无定，其数不计入），先后增赋一千六百七十万，民不聊生，益起为乱。迨帝知悔前失，用大学士蒋德璟言，诏罢练饷，自成兵已逼城下，有诏而不复能行矣。夫古礼家之说，年不顺成，天地祖宗可以杀礼，社稷神祇可以变置。古者神权最重，而救国只有夺典礼，而不闻可以剥民生。卧薪尝胆，乃有国者自处于极苦，与军民同其生活，自能尽全国之人力物力以度此难关。若曰暂累吾民，君与相以及有禄之士大夫则不受其累，是薪胆之苦只有人民卧且尝也。崇祯间最用事最专且久之杨嗣昌，独为帝所特简，谓非亡国之君而何？
剿饷之用途犹有可指，若练饷之用途实为可笑。各镇就旧兵而抽练之，当时论者即谓九边自有额饷，概予新饷则旧饷安归？边兵多虚额，今指为实数，饷益虚糜而练数仍不足，且抽练而其余遂不问，则旧饷之兵公然不练，而练者又仍虚文，加练饷而边防愈弱矣。至州县民兵益无实，徒糜厚饷。凡此皆以嗣昌主之，且事巨莫敢难也。此皆嗣昌居中用事之亡国成绩也，其督师以后则又有可言矣。
嗣昌入熊文灿军受代，以十月朔（崇祯十二年）大誓三军，以左良玉有将才，请拜为平贼将军，报可。良玉既佩将军印，志寖骄，遣使以书谢，嗣昌不悦。会贺人龙败献忠于兴安，请进秩赐奖，欲渐贵之，以抗良玉。良玉知之甚愠。恩威不足以相服，而用术数交斗于将帅之间，武夫无肝胆可共，危急时孰能用命？当是时，官军虽新胜，而嗣昌申养锐之戒，诸将遂无斗志，虽遣将但遥相应，未令合击。代嗣昌为本兵者傅宗龙，克十二月平乱，又数趣分道进兵，嗣昌迁延至岁暮未一战。张琮、贺人龙之捷，本非嗣昌功，其所檄湖广巡抚方孔照遣杨世恩、罗安邦两将攻罗汝才、惠登相者，则全军覆于黄草坪。孔照本屡取胜，至是所部一败。嗣昌以孔照先条上熊文灿主抚之误，心衔之，又忮其言中，遂独劾孔照逮下狱。孔照子检讨以智，伏阙讼父冤，膝行沙囗 中两年，帝心动，始议前功，减死遣戍，则遇败巧中他疆臣以自免之一事也。嗣昌驻襄阳，既节制各路军，乃以楚地广衍，乱难制，驱使献忠等入蜀，冀因地险蹙之可全胜。又虑蜀兵扼险，恐彼不得入，遂调蜀锐万余为己用，使蜀中罢[疲]弱不足支。蜀抚邵捷春愤曰：“督师杀我！”争之不能得。于是献忠遂西。其时总督陕西三边军务为郑崇俭，由本兵令兼督蜀军，嗣昌亦檄秦军入蜀，崇俭遂以十三年二月率副将贺人龙、李国奇会左良玉，败献忠于玛瑙山（山在达州，由楚入蜀之路）。崇俭身在行间，嗣昌远处襄阳，而帝以嗣昌一出即奏捷，大悦，赏功犒师，悉归功嗣昌。既而捷春以嗣昌弱其兵，秦师入蜀者，又以崇俭奉命还关中，亦噪而西归，蜀无防御之力，献忠等尽萃蜀中。楚将奉嗣昌令追献忠入蜀者，败于土地岭。献忠攻蜀各郡县，嗣昌果委罪蜀军，斩蜀将邵仲光，而劾捷春逮下狱论死，捷春仰药死狱中。捷春清谨有惠政，被逮日，士民哭送，竞逐散来逮官旗，蜀王亦疏救，不听。则嗣昌不任弃蜀之罪而巧陷他疆臣之又一事也。蜀既陷，嗣昌为自免计，已陷捷春，又奏崇俭撤兵太早，削其籍。迨嗣昌败死，帝尚恨崇俭不与嗣昌犄角共平乱，逮下狱，不俟秋后，以五月弃市。南都时，给事中李清始讼其有胜无败，而为他人巧卸、遂服上刑之冤。则嗣昌既陷蜀，而凡稍能军之疆臣皆为卸罪之故连陷以死之又一事也。
