接下来的几天朱由校应付来自群臣的各种弹劾奏疏，其中，兵科给事中杨涟上奏，辽东经略熊廷弼，连疆警报连接不断，攻击他的言论也越来越多，既然不能集中精神对付建奴，就应该缴还尚方剑，回来待罪（边警日闻，人言屡至，暨不能全副精神誓清丑7还尚方，席蒿待罪不宜效）。
他还提出，朝廷应当集思广益，找一个得当的人经略辽东，以后任命官员，要在任命之前仔细讨论，而不要在任命以后再议论纷纷。
并请治李维翰，杨镐，李如桢丧师辱国之罪，以为后人戒。
而后又有越来越多的官员弹劾熊庭弼，由于受到东林党官员的不断弹劾，不堪舆论压力，只得上奏皇帝为自己辩解，并请求罢官回乡。
对于熊庭弼，朱由校还是有一些基本认识的。明光宗泰昌元年（1620）八月，时明神宗方死，明光宗即位。努尔哈赤再率兵攻打沈阳，熊廷弼亲自督阵，击退后金，于是辽东局势初步稳定下来。
熊廷弼在任期间督造军器，修缮城堡，调兵遣将扼守各冲要地点，互为应援，守备大固。他还亲巡沈阳、抚顺，相度形势，召置流移，安定民心。熊廷弼的策略是以守为主，反对浪战，并联合朝鲜牵制后金，卓有成效，使后金军一年多内不敢轻进。
从熊庭弼的为政举措来看，能够在短时间内稳定辽东节节败退的局势，他还是有些能力的，鉴于后来东林党人推荐的袁应泰在沈阳指挥不力，让努尔哈赤给攻下来了，其本人也自杀身亡。
朱由校本想保下熊庭弼，可无奈反对熊庭弼的人越来越多，自己如果一直坚持不罢掉熊廷弼的经略之职，不光自己要承受能力，而且压力最后还是会落在熊廷弼身上，对他的也攻击会越来越多。
无可奈何，朱由校只好同意熊庭弼的辞官请求。
而后，群臣推荐，以现辽东巡抚袁应泰为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，经略辽东。
袁应泰接旨后上奏自己能力有限，恐怕会误了国事，不敢任辽东经略，但以赵南星，杨涟，周嘉谟，左光斗，韩爌，等人为主要分子的东林党大臣们力荐袁应泰，觉得只有自己人才可靠。
朱由校知道袁应泰修水利工程，当包工头还行，带兵打仗就算了吧。原本历史上，这位袁经略收编叛军和蒙古人，引狼入室，让老奴在极短时间内攻克沈辽两座辽东重镇。
要是派他去，估计还是跟原来历史一样。
所以，绝不能派他一人前去主政辽东军政。
于是朱由校命无党派的袁可立调任为辽东经略，为一把手，赐尚方剑，便宜行事；而袁应泰为辽东巡抚，二把手。并且命袁应泰全力辅助经略袁可立。
袁可立此人在当御史的时候，因为说话太耿直，被神宗皇帝削职为民了。直到泰昌皇帝继位后才给他平反。袁可立不仅在当御史时雷厉风行、刚正不阿，而且打仗也是把好手。
天启二年四月，六十岁的袁可立正式受命，出任登莱巡抚，挑起了大明朝边防线上的重担子。
而此时的登莱乃山东全境，却正如烂摊一般，各地白莲乱军四起，兵士纷纷逃亡。
袁可立上任路上，曾多次遭到乱军袭扰。
面对危急境地，袁可立毫无惧色，甚至亲自带兵冲杀敌阵，连他六十多岁的夫人，也亲自上阵擂鼓助威。走一路杀一路，最后才算有惊无险，赶到了风雨飘摇的登莱。
不到三年时间，逆转残破不堪的登莱局势：乱军全数被扫平，海岸线上修起了坚固炮台，市面上商旅往来繁荣，海面上战舰云集，一支战斗力强大，规模多达五万的崭新部队华丽登场。
天启三年，袁可立与苦战皮岛的毛文龙密切配合，多次袭扰后金部队，重创八旗。同年七月，袁可立的部将张盘一举攻克金州，拿下旅顺望海堡等要地，收复了辽南失地。
袁可立担任登莱巡抚期间，与后金前后交手七次，每一次都以完胜告终，把后金八旗牢牢地压制在辽南之外。后来，又成功策反刘兴祚，
派一个这样的“牛人”过去，准没错，保证把建奴打回老家。
朱由校原先打算要熊庭弼继续任镇守辽东，但奈何这些东林喷子势力太盛，一直不肯。
任命袁可立又被反对，不过，朱由校力排众议，执意要任命袁可立，否则就留任熊庭弼。
于是各自退一步，让袁可立为一把手，袁应泰为二把手，使二袁共同负责辽东军政。
在袁可立、袁应泰前往沈阳之前，朱由校特地叮嘱他们警惕入城的蒙古人，防止奸细与建奴里应外合，导致沈阳失守。
虽然知道历史如何发展的，但是无可奈何自己在朝堂上十分弱势，缺乏足够权威，而且没有自己人。
只有以后用实力来堵上东林党人的悠悠之口。
朱由校在明珠市读大学的时候，曾经用电脑查找了东林党的相关资料，由此掌握了许多明末党争的信息。明末的党争的“党”并非近代政党，而是结党营私的“朋党”，明末官僚机构中因地缘关系结成的政治派系﹐浙党﹑齐党﹑楚党的合称。
东林党，像赵南星，刘一燝，韩爌，杨涟，左光斗，周嘉谟，以及不在职的叶向高，李三才等人都是东林党的著名人物，孙承宗也是；
然后就是楚党，像官应震、吴亮嗣、黄彦士就是，熊廷弼也是楚党；齐党，给事中亓诗教、周永春就是；浙党，象首辅方从哲和给事中姚宗文。
目前，在朝堂上，东林党势力最大，因为他们在先帝当太子一事上出力最多，而且，之后在“移宫案”中帮助自己顺利登基，暂时不能撕破脸皮。
面对当前朝堂上结党营私拉帮结派，激烈斗争的状况，要是换了明太祖朱元璋，这些家伙绝不敢如此嚣张，这些文官早就被抓的，杀的杀了。
为什么朱由校不能学太祖皇帝用强硬手段呢？今时不同往日，朱由校没有足够的权威，更没有强大的武力和深厚的经济实力。搞不好会被大臣们架空，说不定哪天就不知不觉落水或是其他原因就挂掉了，像明武宗。
大明的官员怎么就不能像建奴一样团结呢，虽说人家内部也有很多矛盾，但在大事上面基本上没火拼起来，没到你死我活的地步。
比如，建奴酋长黄台吉死后，在各方妥协下，由顺治小皇帝登基，后来又在多尔衮的带领下入关逐步夺取天下。
看来，朕摊上了一帮猪队友啊，太坑了。虽然我大明有像孙承宗之类的大明忠臣，在清军攻城时奋力抵抗，被俘后不愿投降最后自杀殉国。
但是，这类忠心耿耿的人太少了，大明很大程度是这些“猪队友”导致的。
所以，朱由校应该做的就是提拔一些可为自己所用的官员，像孙传庭，徐光启之类的能人。
孙传庭接到皇帝宣召到北京的旨意后，立即启程并于九月二十八日入宫觐见。
宫里的太监带着孙传庭由孙传庭不到三十岁岁一副老练成熟的样子，似乎透漏着一股军人的气息，不愧是能够镇压高迎祥，李自成等造反的狠人。
行过礼后，朱由校赐座与他。然后对孙传庭说道：“朕听闻孙卿永城任知县以来，办事雷厉风行，行事得体，想必是不可多得的人才。今日朕召见你，便是想知道孙卿对我大明官兵有何见解，其积弊在何。”
“陛下，臣官职卑微，不敢妄言军事。”
“孙卿尽管畅所欲言，如魏征当年向太宗劝谏一般向朕提供意见，朕虚心求教，无须顾忌太多。”
“谢陛下，微臣就斗胆妄言了。大明官军积弊有四：
一为军饷不足，如今朝廷打仗主要依靠营兵，营兵打仗是为了拿饷银，没有饷银容易影响士气，甚至可能造成哗变；
二为训练太少，微臣观察官兵缺乏足够训练，前几年萨尔浒之战中除戚家军和白杆兵训练有素，能够抵挡数倍于己的建奴军队，反观其他官军，往往需要；
三为火器不足且质量差，我大明官军对鞑虏所占有的优势就是火铳与火炮，若能够使官军装备大量合格的火器，必能够扭转劣势。
再就是军中老弱多而青壮少，打仗拼的是体力，老弱病残没有充足的体力，作战时体力跟不上，无法与体强力壮的敌军抗衡。
此四弊其实归结一起，终究还是在于朝廷的拨款。粮饷拨发多了，自有民壮愿从军者前来应征，士兵就会积极打仗，报效朝廷。有足够的钱便可修葺火器，增加军队火器比重，提高火器威力。
然而，朝廷拨发军饷给士兵，经手的次数愈多，到士兵手上的饷银就愈少，而用于装备火器的银子也就越少，层层克扣之下朝廷的拨款自然就不够了。
