另外就是卫所糜烂，如今卫所早已无当年太祖、成祖时期的战斗力，军户更是沦为卫所军官的奴隶，且每年逃亡军户数以万计，根本不能打仗，朝廷只能招募大量营兵参与作战。”
卫所制度在明朝初期发挥过积极的作用，而到后来这一制度逐渐崩坏。其原因有二。
第一，社会地位低。军户的管理非常严格，除籍也很难，要皇帝的赦免才行，比如张居正就是军籍，但是大多数人这辈子都没有机会，这样世世代代的军籍对于这些人来说是一场灾难，普通的百姓根本不愿意嫁女儿到军籍的家庭，他们的妻子丈夫也只能来自于军籍，这种生活上的困破和别人的歧视导致军户们根本没有斗志去保卫国家，不仅自己要当兵自己的后代也要当兵，永远没有出路。
根据万历年间的西方传教士利玛窦在《16世纪的中国》中写道：在这个国家中，也许没有哪个阶层比这些士兵更为卑贱和懒散，平时，他们抬轿、喂马，像奴仆一样受人役使。
它们不仅生活困苦而且还比别人低一等怎么会有奋勇杀敌的斗志呢？
第二，经济困难，生活水平低下。卫所依靠的是屯田制度，没有屯田国家是养不起那么多兵士的，比如洪武末年全国军在一百二十万，永乐后期大概是两百八十万，发饷银是不可能的，国家根本没有那么多钱，所以只能依靠屯田制度，但是屯田有个问题就是这些卫所兵渐渐地成了军官的佃农或者奴隶，长官强取豪夺普通军户的土地。
例如正统四年尚书王骥奏：“贵州卫所良田皆为官豪所占，贫穷军士无寸地可耕”，因为长期不打仗和营养不良也没人训练了，这样的军户根本没有战斗力，他们只是没有受过训练而且长期吃不饱的农民。
因为上述的这两点原因，导致越往后期逃亡的数量越来越多。到了嘉靖万历年间大部分卫所实际人数其实只有在籍人数百分之三十左右，逃亡的军户达到百万人，嘉靖八年仅有兵士79万，与成祖时期的两百多万已经相去甚远，卫所制度这时基本上就宣告破产了。
“不错，有见地。孙卿对京营又有何看法？”朱由校点点头然后继续询问。
“至于京营，据臣所知，里面都是一些接受祖上庇荫，吃空饷之辈，且多年未经战争，战力堪忧。”说到这里，孙传庭面露一丝忧虑，叹了口气。
“孙卿所言甚是，朕欲整顿京营，重振当年洪武、永乐盛况，不知孙卿是否愿意替朕将已经腐败、孱弱的京营打造成一支强军？”
一听皇帝要重用自己，面对这面前天大的机会，孙传庭当即跪下行礼，说道：“愿为陛下，为我大明尽全力，以报陛下知遇之恩。”
“好，卿且起来，朕任命卿为钦差大臣，赐你尚方剑，负责整顿京营，肃清不良风气，给朕打造一支远胜于洪武、永乐年间的京营。”朱由校高兴地用双手扶起孙传庭。
“臣一定替陛下打造一支强军。”孙传庭说着就激动的流出来。
孙传庭退出宫后，过了一会儿，王承恩过来，说道：“陛下，少詹事兼河南道御史徐光启大人已到。”
“传！”
一个高高瘦瘦的老年人在太监的引领下走进了乾清宫，朱由校坐在龙椅上打量此人，气宇轩昂，下颚蓄着一绺长长的胡子，不愧是明末著名的科学家，以前朱由校只在书本上了解过他，而现在能够亲眼看到真人。
徐光启是明朝末年儒学（实学学派，以及经学领域中的汉学学派）、西学、天学（天主教神学）、天文学、数学、水利学、农学、军事学等领域学者，著书有《农政全书》。官至崇祯朝礼部尚书兼文渊阁大学士、内阁次辅。而且还是中西文化交流的先驱之一，曾大力支持学习西方火器，提升军队战斗力，希望以此来成就明末危局。
徐光启进来后向朱由校行礼，礼毕后朱由校赐座。
“徐卿去年在通州督练新军，境况如何？”
“回陛下，军饷、器械供应困难，若是朝廷能够提供足够的钱粮，臣定当训练一支如戚家军一般的强军。”
“至于练兵，朕已经派人着手整顿京营，并督练新兵了。此事先不提了。
徐卿，朕近日梦见仙人，他们告诉朕大明吏治腐败，土地兼并愈演愈烈，百姓惨遭剥削，不得不造反，若是不变法，则大明二百余年国祚将尽，必要改朝换代。
然而，我大明太祖早已位列仙班，不忍大明百姓受此苦难，遂上请昊天上帝托梦以警示朕。朕常读史书，熟知中国历朝历代改朝换代，多是战乱不断，最受苦的还是百姓，为保我亿兆生民安康，而要变法必须专研科学与技术。因此，朕决定设立皇家科学院。”
古人对自然远没有现代人理解的多，绝大多数人都是相信存在鬼神的，徐光启也不例外，从他加入天主教会就知道。听到朱由校说得这么神乎，徐光启于是就相信了。听到“科学”一词，就有些不理解了，便问道。
“陛下所言之‘科学’，究竟为何意？”
“科学者，分门治学，格物致知，研究自然之物得到学问。朕希望卿能担起重任，成为皇家科学院的院长，召集专研格物之学的人才，变法图强。”
“臣定当为陛下，皇家科学院鞠躬尽瘁，死而后已。”
说到这里，徐光启如之前孙传庭一样向朱由校跪谢，徐光启在想自己活到这把年纪了还能得到皇帝的赏识和重用，并且从事自己刚兴趣的领域，自然生出感激之情。
接着朱由校又向徐光启详细讲解创办皇家科学院的细节。
“朕会下旨在皇庄划出一块地用于建设皇家科学院，目前，皇家科学院还没建起来，徐卿先寻找一些有识之士加入科学院，吸引泰西之人加入也可。
徐卿可招募这些有真才实学的外邦人为大明所用。如果他们能到皇家科学院工作，朕可以允许他们建教堂，当然也不能让破坏华夏千年以来的优良传统。”来大明传教进行文化交流可以，但是，必须按照朕的规矩来，否则，立马送你们这些番夷去见上帝。
“微臣明白了，臣与泰西人熟识，如金尼阁、汤若望等人，臣发现泰西之学有许多中学可借鉴之处。必定能为我大明所用。微臣回去后变写信邀请金尼阁等人来京。”
……
