被淳于越不点名骂了一顿的左丞相李斯早就忍不住了，率先站起来发言：“五帝都各有各的制度和行事法则，夏、商、周也各有各的治国要领，并非代代相袭一成不变。这并不是一定有意和前代唱反调，而是因为时代环境变了，制度和治国法则就不能不跟着变。现在陛下乃是创万世以来空前的伟业，要世世代代传之无穷，岂是你们这些食古不化的儒生所能懂得？刚才淳博士说的是三代故事，那三代又能算得了什么？指挥的兵力不过万乘，控制的范围不过千里，怎么能来和陛下比？”
李斯这番话算是捅了马蜂窝，淳于越带领着70位博士纷纷还击，他们之中至少有20位发言，全都是引经据典，侃侃而论；李斯那边也有党羽助拳。
双方你来我往，唾沫飞溅，最后变成了儒家和法家的思想大战，而且双方的措辞都充满了辛辣刺激。
好一场唇枪舌剑！秦始皇听得津津有味，但始终不参与到其中去。
不知不觉已过夜半，双方的辩论还没有吵出结果。
这些儒生平日里只知道皓首穷经，著书立说，对说话没什么研究。大部分书呆子都是一根直肠子，·尤其是齐鲁两地来的博士，更是豪爽得可以，只要他们认为是真理，不经过大脑的思考就脱口而出。他们本以为自己是在攻击李斯等人订立的政策和制度，却不知句句都伤到秦始皇自认是超过三皇五帝的得意创举。
越往后听秦始皇越不耐烦，心里一直在想：“朕花了这么多经费养你们，给你们这样尊贵的客卿地位，原来你们整天研究的就是如何反对朕的新构想，真是一群食古不化的愚儒！”
天色将明，始皇帝打了个呵欠：“辩论到此为止，李丞相将这次议论写作对策奏朕。”
意犹未尽的儒生们还想再说些什么，但秦始皇已经离朝而去，也只好揣着满肚子的牢骚回去睡觉。他们没有看见，转身而去的李斯，在嘴角上露出了一丝冷笑！
没过几日，李斯拟好了一封对策上奏秦始皇，内容大致是：昔日诸侯相争，各有其国，争相招贤纳士，所以养成了私人教学和游学的风气。现在天下已经统一，法令从一而出，民应当努力从事农工，士应该学习法令制度和各种刑法。但现在这些儒生所教出来的士人，不学习对当下有用的实际学问，整天只知道钻研古书，乱发议论，妖言惑众，致使黎民百姓对陛下所创的法令制度起了疑心。其为害之大，不是任何罪行可以比拟的。同时，这些人只要说到有新法令颁布，就用他们所学的那套旧经典—壤斥，不但个人在内心不服，而且出外就群聚非议，以批评陛下来成名，以唱反调为高明，哗众取宠，成群结党来专门制造谣言诽谤政府。这种情形要是不迅速设法禁止，就会造成百姓不再信服政府任何行政措施的危机，必须要禁！
接下去李斯在对策上提出禁止的具体办法：凡是非秦国历史的所有史书全予以焚毁，不是掌管图书的官方博士类人员，任何人不得私藏诗书及诸子百家的书，这项命令交由郡守、郡尉等地方官执行查禁，搜出的书简全部加以焚毁。另外，凡是有两人以上集合讨论诗书的，论斩弃市，以古制来批评责难现今制度的灭族，官吏知情不报者同罪。接到焚书令30天内不执行的，无论官吏百姓，一律判劳役四年，谪配北边筑长城。实用学问的书简，如医药、卜筮、园艺等例外，有人想学习政治、刑名法令之学，可由官方办理的学校教授。
李斯在这封对策里面痛陈以古非今的错误，并报告天下各地都出现了这种乱象，尤其以齐鲁两地最为严重。
春秋时期，鲁人孔丘孔老二创建了儒家学说，开始私人办学，三千弟子，七十二贤人，三教九流，无所不有，使得儒家思想深入齐鲁大地的各个阶层，讨论政治不再是士大夫和贵族的专利。再加上孔丘孙子子思的门人孟轲，早些年来游说各国，大事宣扬“民为重，社稷次之，君为轻”的以民为本的理念，深得民心，令齐鲁百姓无不敬仰。
其次，齐鲁大地因为齐国的鸵鸟政策而多年没有在本土上发生战争，和平的环境使得民间富裕，百姓有闲暇和余力来讨论理念和政治，士大夫学术结社品头论足，市井贩夫走卒谈论行政得失，批评官员私德。久而久之，讨论国家大事在民间形成了风气。再加上齐法宽松，历代齐王和宰相都采用无为而治的政策。一旦将严酷的秦法加在头上，执法官员莫不以苛察为名，借执行法令之便，勒索贿赂，讨要好处，给人的感觉就是一群喂不饱的饿狼，让百姓无不恨到心底，更觉得还是古制比今制好多了。
李斯当然不会坦言正是中央政府派出的官员的种种劣迹使得新法不得人心，而是将齐鲁不安的情形全归诸古书以及那些钻研、教授古籍的儒生。
李斯最后的警语是：再不查禁古籍，再不禁止儒生私人办学和结社，很快中央集权的新制度就会遭到质疑和挑战，尤其是孟轲“民为重”的鬼话，更直接动摇皇帝的统治权威。
李斯的奏议正说到了秦始皇的痛处，始皇帝当即颁布圣旨，依李斯的奏议，全国焚书！
从辽东到南海，自东海至临洮，只要是大秦统治权能及的地方，只要是中原文化所流到的处所，这30天内，大地上不分昼夜地升起了青烟。
在炫目的火光下，几千年来先圣、先贤的智慧结晶，无数工匠巧艺体力的付出，全化成飞烟灰烬！
焚书的青烟更为秦朝的天空笼上了一层黑幕：清廉的官吏含着眼泪忍着心痛执行命令，贪官污吏们则正好借此机会大发焚书财。收贿赂可以睁只眼闭只眼，没钱送，目不识丁的人家也可以整个翻过来。更恐怖的是各级政府厉行检举及连坐措施，检举者有重赏，知情不报者同罪。于是邻居检举邻居，同事告发同事已不算稀奇，父亲举发儿子，儿子举发父亲，兄弟互相告发的情形也不能算作新闻了。
大秦帝国，笼罩在一片恐怖之中！
竹帛烟销帝业虚，关河空锁祖龙居。
坑灰未冷山东乱，刘项原来不读书。
唐代诗人章碣的一首《焚书坑》，写出了秦朝焚书实为统治力急剧下降的证明。商鞅变法之后的秦国政策，是以中央集权来集结各种力量，使秦国国力迅速增强，进而统一天下。但统一后的秦皇室却因幅员过大，环境太复杂，丧失了执行政策的掌握力，进而造成统治上的无效和混乱。但是作为当事者的秦始皇和李斯，虽感到问题的压力，却看不到问题的核心。以焚书政策来做思想的统一，已充分显示出秦国当权者已经无力对当时的环境作出有效的反应，根本看不到自己的问题，秦帝国崩溃的危机已到了不可挽救的地步。
然而，秦始皇对这种危机一无所知。焚书之后，无书可看，无事可干的儒生谩骂成一片。当这些地下的言论传到了秦始皇的耳朵中后，赢政拍案而起，怒火冲天，一次比焚书更令人发指的行动，彻底将大秦帝国拖入了泥沼！
儒家思想的黑夜
秦始皇的焚书之举激起了普天下儒生的强烈不满，但在朝廷的高压之下，没有儒生敢以身试法，直接面陈反对意见。淳于越原想让秦始皇放弃过于严厉的法治而以封建制度来解决各地区问题，特别是组织结构一向复杂的齐地，没想到却换来了如此严重的后果。如果再有不识相者说三道四，那结果可不敢想像。
但话不吐不快，“书呆子”们虽不敢公开谩骂，背地里却在一泄愤懑。然而他们没想到的是，这种地下活动反而使批评力量传播得更快！秦始皇在民间的耳目众多，这些流言蜚语很快便传到了始皇帝的耳朵中。秦始皇和儒生的关系，也因此而迅速恶化。
焚书的第二年，为突显秦始皇在皇室中的地位，决定为正在修建过程中的阿房宫加建“始皇登天台”。由于此事与宗教有关，始皇便再度要求已经不用去钓鱼的卢生为其工作，主持修建登天台。
之前卢生曾被秦始皇派去求取不老丹，但他却将自己炼丹的配方谎称是不老药的配方交给了秦始皇。秦始皇按方炼丹并服用之后，根本看不出有什么长生不老的迹象，白胡子还是一天比一天多，由此对该配方的真实性产生了怀疑。幸好卢生用三寸不烂之舌保住了小命，但秦始皇对他的不满也日益加深了。
这次在阿房宫修建登天台，其用意不外乎秦始皇想站在台上接见前来访问的仙人，而卢生的任务，则是以一个外交官的身份去邀请仙人下凡。这对卢生来说，可是个难上加难的任务：出海寻仙，没有外人跟着，可以随心所欲地去钓鱼，去游玩，就当作公费旅游了；这回始皇帝要亲眼目睹仙人的真容，卢生傻了眼，到哪找仙人去？就算找来一些仙风道骨的人，也不可能让他们跟普通人一样爬着楼梯上台吧？真正的仙人可是会飞的，任卢生再能说会道，也不能把人给吹上天吧。
卢生琢磨了好久，终于想出一个好主意，他先给秦始皇打上预防针，等事情发展到最后，自己也好借着这根救稻草捡回小命。
经过七八年的密切相处，卢生已经能相当准确地掌握秦始皇的心理，对一向缺乏安全感又好疑的皇帝来说，最害怕的便是别人窥视他私底下的言行，于是卢生便抓住这点来借题发挥：“臣等为陛下求取灵芝仙药但总是空手而回，是因为有什么东西伤害了仙人，所以他们不愿给。我认为，陛下要经常秘密出行才能驱逐恶鬼，恶鬼避开了，神仙真人才会到来。陛下住的地方如果让臣子们知道了，就会妨害到仙人。真人是入水不湿，入火不伤的，并且能够乘驾云气四处遨游，寿命和天地共久长。现在陛下治理天下，还没能做到清静恬淡。因此，希望皇上日常所居及言行切勿随便为人所知，然后不死的仙药才能顺利获得。”卢生这些话，秦始皇不见得相信，但正好让他有足够理由来刻意掩饰其私下的言行，同时也可以避开刺客的暗杀。因此对他的这些胡话表示了赞同，并说：“朕极其仰慕你所说的那些真人，从此之后，朕自称‘真人’，其他人也只能以此来称呼本真人！”
接着，秦始皇按照卢生的说法，命令咸阳四边200里内的270座宫观都用天桥、甬道相互连接起来；把帷帐、钟鼓和美人都安置在其中，全部按照所登记的位置不得移动；他所到的地方，如有人说出去，就马上拉出去砍头！
秦始皇以为，死命令一下，再无人敢犯龙颜了。但令他没想到的是，没过几天，这道杀人旨意真就付诸实施了。
有天秦始皇在新建成的梁山宫山上看到山下经过的李斯的车骑阵容庞大，心中十分不满，便发了几句牢骚。侍从人员便将此事告诉李斯，李斯立刻减少跟随车骑。想不到秦始皇知道这件事后勃然大怒：这说明有人泄露了他私下里的言行，便将当时在场的太监及侍从人员全部处死。虽然这件事所牵连的大多是宫内的奴才们而已，但所有的重臣和近臣都因而大感不安，再也不敢过分地亲近秦始皇了。
最感到害怕的，却是始作俑者的卢生，他和始皇间秘密的事情最多，万一哪天天机泄露，那脑袋肯定就得换个地方安家落户了。因此他和诸儒生商量道：“皇上天性刚愎自用，并吞诸侯取得天下后，更是意得欲从，自以为功业冠古今。他重用狱吏及执法人员，虽有博士70人，也只不过是留着备用罢了。丞相等大臣也仅有接受命令、执行命令的权力，一切以皇命为主。皇上还喜欢以刑杀为威，天下人因为害怕犯罪，更想保持禄位，根本不敢真正尽忠。他从未听过批评，所以日益骄傲，下面的人只好以欺瞒掩饰来取得皇上欢心。秦法规定，一个方士不能兼有两种方术，如果方术不能应验，就要处死。然而占侯星象云气以测吉凶的人多达300，都是正直之士，却因为害怕获罪，就得避讳奉承，不敢直接了当地说出皇上的过错。天下事大小均取决于皇上，他每天处理公事要以石（120公斤）计算，日夜不得休息，贪图权势如此，是不可能帮助他求得仙药的。我已经尽了人力，不能再伺候他了！”
这虽仅是卢生逃避责任的借口，但从这里也可以看出，到了晚年的秦始皇，由于受卢生等方土的影响，变得非常孤独；再加上工作量庞大，日夜不得休息，更使他成了紧张兮兮的神经病。在这样的精神状态下，会做出怎么样的事情，已经很难预料了。
卢生这段话，自然很快在儒生及方士间传开，很多人更表示，连最亲密的战友卢生都跑了，始皇帝的确已到众叛亲离的地步了。
得知卢生在骂了自己一顿便逃跑之后，秦始皇勃然大怒：“前些日子本真人下令搜集诸子百家书籍，不中用的全烧毁，又召集如此多的文学方术之士到此，主要想让天下能兴盛太平！本真人是何等地礼遇卢生他们，现在却这样诽谤本真人，到处说本真人的坏话！”他马上下旨，“立刻去追查成阳城内的儒生，哪个和卢生有来往，还有那些口出狂言、扰乱民生的，无论是何方神圣，都马上查办。”
秦始皇派遣御史审问在成阳的各个儒生。这些手无缚鸡之力，又胆小如鼠的儒生在恐惧之下，相互告密，总共牵引出460余位和卢生有关系的党徒。秦始皇下令，全部活埋坑杀！这便是历史上最有名的惨剧——坑儒事件。
由于秦始皇这时已处在相当不正常的情绪下，因此没有人敢表示任何意见。只有始皇的长子扶苏，基于人道主义立场，向始皇规劝道：“天下初定，远方百姓的向心力尚且不够；诸生都是口诵孔子的门徒，真人降以重罪，恐怕会使齐、楚间的百姓更为不安呢！希望真人明察。”
尚在暴怒中的秦始皇自然无法接受扶苏不断地进谏：什么时候老子轮到被儿子教训了？等我死了之后你再来掺和吧！为了避免在眼前看了生气，他下令扶苏到边疆去监督蒙恬的北征军团。
