秦始皇是使用如此简单、残暴的举动，而且毁灭了许多珍贵的文化典籍，令许多后代史家对先秦历史无处可查，情急之下破口大骂，令赢政本人在史籍中声名狼藉。而且此举对当时的政治环境也造成了恶劣的影响，“坑灰未冷山东乱，刘项原来不读书”，章碣的诗正是对焚书坑儒事件最好的诠释。
儒家思想自孔子首创以来，至此跌入了低谷。黑夜直到汉武帝时董仲舒“罢黩百家，独尊儒术”后才渐渐散去。而那时，已经距焚书坑儒事件有74年了。
在司马迁的《史记》中，坑儒悲剧在此告一段落了，但在东汉卫宏的（《诏定古文尚书序》中，秦始皇继成阳坑儒460多人之后，再次坑儒700余人于骊山！
（秦始皇）患若天下不从所更改法，而诸生到者拜为郎，前后七百人。乃密令冬种瓜于骊山坑谷中温处。瓜实成，诏博士诸生说之，人人不同。乃命就视之，为伏机。诸生贤儒皆至焉．方相难不决，因发机，从上填之以土，皆压，终乃无声。
这段历史是真是假，至今仍无定论，但也可以试着分析一下。
如果这场悲剧是真实的，那么司马迁不可能不记载于《史记》之中。司马老爷子本来就对坑儒事件极度反感，这次秦始皇竟然坑杀了700余人，数目远超过第一次的460人；而且还是用卑鄙的欺骗手段，这对一直对秦始皇带有偏见（写他是私生子）的司马迁来说，是一个更大的罪证，如不大写特写，怎么能对得起自己的笔刀呢？如果说他并不知道此事，所以没有写进去，那东汉的卫宏又是从何得知的呢？要知道，司马迁生活的年代距秦朝并不遥远，而东汉却和秦朝差了二百五六十年之久。
因此，可以初步认定，这段记载并不是历史事实，而是出于当时政治的统治需要杜撰罢了。
坑儒事件的事实至此似乎已经无可非议了，但近年来又有一些专家提出了不同的观点：秦始皇到底坑没坑儒？
有学者提出，秦始皇“焚书”有之，“坑儒”则无，所谓“坑儒”实是“坑方士”之讹。当时秦始皇主要针对方术之士大开杀戒，儒生被坑杀者虽有，但为数不多。从历史上看，儒家在秦朝的地位，比以往大有提高，秦始皇的“坑方士”行动，对秦代儒生的社会政治地位，并未造成大的影响。因此，当时以至汉初的儒家学者，对这一事件不甚介意，极少有言及者，直至西汉中期才为人们注意，称之为“坑杀术士”。
西汉始元六年（前81），才有桑弘羊最先提出秦始皇“坑儒”这一说法，这时距秦始皇崩逝已有100多年了，而且尚是“罢黩百家，独尊儒术”炒得最热闹的时候。此后，历代儒家学者为了弘扬孔孟仁义之说，都把“焚书坑儒”作为反面教材，进行抨击。即便如此，儒学家中仍不乏持保留态度者。如唐代韩愈、北宋司马光，对？坑儒”之说采取回避态度，而称“坑杀学士”，或谓“屠术士”。可见，秦始皇的“坑儒”并不是一桩“铁案”，事情的真相到底如何，还有待进一步的考证。当真相大白的那天，我们也许会发现：秦始皇白白地担当了中国学术史上的罪人，承受了2000多年的唾骂。
无论事情的真相到底如何，秦始皇这种简单粗暴的执政措施都让秦朝的统治力进一步下降，他在百姓心目中的暴君形象也进一步深化，最终达到了一个不可收拾的地步：一个个关于大秦帝国即将灭亡的诅咒，像阴魂一样在秦始皇的身边挥之不去，甚至躲无可躲！
埋葬帝国的沙丘平台
焚书坑儒之后的秦始皇在人民心里已经是一个十足的暴君，人们莫不希望他赶快一命归西。但刺杀行动在多次失败之后已经让秦始皇万分戒备，故技重施也只能是徒劳无功，反而会激得秦始皇再次大开杀戒。但他们又不甘心就这样成为鱼肉。既然行动不能威胁到你，那么就从心理上摧毁你的防线。
你秦始皇不是怕死吗？那我们就偏诅咒你死。灵不灵是次要的，就像是癞蛤蟆上脚面，咬不死你也要恶心死你。
秦始皇三十六年（前211），天现异像：火星侵入心宿（心宿二，天蝎座的主星，全天第十五亮星，红色。中国古代又称大火，属东方苍龙七宿的心宿，用来确定季节。传说中国在4000多年前颛顼时，就设立了火正的官职专门负责观测这颗星。因此它在星相学中被看作是皇帝的象征），这种天象象征着帝王有灾。秦始皇因此而变得忧心忡忡。现代人都知道，这不过是天体的运行规律而已每隔一段时间就会出现，跟上天示警根本扯不上。但在那个科技水平极其低下的时代，天人合一的说法占据了主导地位，人们更愿意相信这是上天的预警，更何况已经对鬼神之事深信不疑的秦始皇了呢？
火星侵入心宿之事尚未过去多久，就有一块硕大的陨石从天上掉到东郡（治今河南濮阳西南）地区，也不知道是谁，偷偷地在这块陨石上刻上了“始皇帝死而地分”几个字。这明摆着是在诅咒秦始皇离死不远，而且死后统一的帝国将分崩离析。对这种事极为忌讳的秦始皇听说后怒火冲天，令御史前去挨家查问，搜出来刻字者马上宰掉。事关生死，况且还有连坐制度，一人犯罪，连街坊邻居都要遭池鱼之殃，所以不管御史如何盘查，就是找不出蛛丝马迹。秦始皇怒不可遏，下令将居住在陨石附近的人全部处死，并将陨石销毁！
这件令人极不愉快的事发生后，秦始皇吃不好、睡不香，一天无精打采的，就想着那句恶毒的话，更惦记着那个缺了八辈子德的刻字混蛋究竟死没死在那场大屠杀之中。他倒是不怕多死几个无辜的人，就怕该死的没死，日后又说不定在哪块石头上刻上乱七八糟的东西来吓唬自己。
见皇上抑郁了，宫里那帮以伺候皇上、哄皇上高兴为主业的太监们高兴了—一吝回他们又有机会立功了。经过一番策划，他们找到一个侥幸逃脱坑杀的儒生，让他写了一篇《仙真人诗》（该诗著录干《汉书·艺文志》，但失传已久），进献给秦始皇。已经自诩为真人的秦始皇看到这篇拍马屁的巅峰之作后非常高兴，命乐师为其谱曲，日后再巡游时，每到一处便让一群歌手弹奏演唱。
但一首《仙真人诗》即使唱得耳朵都生出了茧子也不能换来秦始皇在人民心目中的尊贵地位。既然刻石头不行，那就借用鬼神的名义来诅咒秦始皇。
你始皇帝本事再大，也不敢、更不能对鬼神怎么样吧！
同年秋天，秦朝使者从关东（今辽宁一带。秦时关东并不是指今天的东北三省，这一说法是在明代出现的。明代的关特指山海关）返回，夜行华阴平舒道时，遇见一个自称是沧海君的人，手持被秦始皇丢在洞庭湖中的传国玉玺。将玉玺交给使者之后，他又说了一句话：“今年祖龙死！”说完就不见了。
使者将玉玺交还给秦始皇后，自然也将此言原原本本地转告了皇上。秦始皇沉默了好一会，方才说道：“山里鬼怪本来不过只能预知一年的事罢了。”当时已是秋季，也就是说今年的日子已不多，这话未必能应验。
但对鬼神深信不疑的秦始皇虽然嘴说不信，但心里还是有些忌讳，始终无法从中解脱出来。身边最受宠的宦官赵高最会察言观色，对此解释道：“‘祖龙’是指人类祖先。那个叫沧海君的意思是说人类的祖先活不过今年罢了。”
这是一句非常明显的谎言！虽然那个时代达尔文还没有出世，谁也不知道人的祖先是猴子，但在当时的中国人眼中，人的始祖是女娲，这种说法在战国时期非常流行。赵高这么解释，不就是在说今年女娲死吗？且不说女娲是神，没有死的可能，就算她也只不过是个普通人，那8000多年前出生的她也不可能活到现在才死。秦始皇对赵高的这种解释并不相信，但好歹也能得到心理上的一些慰藉，也就不再多说什么了。
而赵高也对自己说的话明显不信，安慰完秦始皇之后，他私下里对太子胡亥（秦朝太子原为长子扶苏，焚书坑儒事件之后，扶苏被废黩，次子胡亥被立为储君，赵高也想学学吕不韦那“奇货可居”的伎俩）说：“祖龙’是指皇上。
神鬼有信，看来皇上活不过今年了！太子要做好准备！”
“做什么准备？父皇的陵寝不是即将竣工了吗？”弱智的胡亥根本不明白赵高说的是什么意思。
赵高故作神秘地一笑：“一切全由老奴安排，太子只需按老奴的意思行事。”
心情不佳的秦始皇很长时间都打不起精神来，在赵高的安排下，他卜了一卦，得到的卦象是出门巡游大吉大利。秦始皇也想出去散散心，就让赵高准备出巡事宜。
那时的皇上出巡不像现在这么简单。我们今天要想出门旅行，只需把目的地定好了，然后买张飞机票或火车票就可以动身了。而秦始皇要想出巡，必须事先计划好出游路线、规模，甚至在某地做某事都要有一个周详的安排；然后还要派使者沿着出巡路线先行一步，在勘查该路线安全性是否符合要求的同时，还要通知当地官员：“近期，有可能是今年或明年，也可能是后年，皇帝要来你这视察。该怎么做自己明白。把那些不太老实的家伙都给我看好了，别出来找不愉快！”忙完这些之后，使者再跑回去复命。负责皇帝出巡事宜的大小官员们便开始制定具体的计划，安排出巡时间。
皇帝的出巡时间问题可是大有讲究的。作为负责人，必须要事先计划好到某地要在哪个时间，比如说皇上要巡海，就不可能让他在冬季到达海边一一要是把皇帝冻坏了，那自己的脑袋也就别想要了。而且，还要事先对国家的局势有个预测，否则当皇上不在家时，国家却发生了动乱，或出现了宫廷叛变，那可就不好办了！
因此，秦始皇有随时心血来潮、想要出行的权利，但什么时候实现这个愿望就是另一码事了。
当年十月癸丑日，始皇外出巡游。左丞相李斯奉命跟随，右丞相冯去疾留守京城。在赵高的示意下，胡亥也向秦始皇表达了想一同去巡游的愿望。秦始皇琢磨了半天。他知道这个儿子没什么理国的本事，让他留守只能给冯去疾添乱，说不定还会趁自己不在家，在后宫闹出点什么丑事；让他跟着也能长长见识，免得日后成为废物一个。
这是秦始皇第五次出巡，同第四次一样，他还是选择了巡海。他巡视了九嶷、会稽山、琅砑港、成山港、芝罘港等地。
巡视之后，秦始皇踏上了归途。时值五月，中原地区天气炎热，年已5l岁的秦始皇病倒在平原津（今河北盐山县南）。
重病后的秦始皇对“死”这个字分外反感，不管是谁，只要在他面前说出这个字或带有这个字意思的言语，都会激得他暴跳如雷，就连胡亥、赵高、李斯都被他臭骂了一顿。先时还好说，骂两句就完事了，随着病情逐渐加重，秦始皇也越来越忌讳，再有侍卫不小心说走了嘴，就直接拉出去砍头！以后侍卫也学乖了，在他面前，能不说话就不说话，闷声保命最重要。
秦始皇也心知自己命不久长，开始为身后事做准备了。在他心里，自己的儿子之中，能够撑起大秦天空的只有扶苏而已；至于胡亥，脓包一个，根本没什么治国的能力。于是他修书一封，告诉扶苏，你爹我已经见你爷爷去了，你麻溜地回咸阳去，把老子的丧事办了，边疆那里就让蒙恬自己拾掇吧。
言外之意就是让扶苏回朝继位。
信写好后，秦始皇将之密封起来，盖上御印，存放在中东府令赵高兼掌印玺事务的办公处，赵高私自将诏书扣下，没有立即交给使者送过去。
出巡车队行至
沙丘平台（今河北广宗西北）时，已是七月时光，秦始皇陷入了弥留阶段。
在赵高的主使下，随行的普通官员已经很难见到秦始皇一面，有什么需要启奏的，都要交给赵高，由他转告始皇帝。
秦始皇三十七年（前210）七月丙寅日，秦始皇驾崩在沙丘平台，享年51岁。曾经那横扫六国、统一天下的千古大帝，在远离国都的沙丘平台走完了他传奇的一生。
左丞相李斯怕秦始皇死讯传出将会使得皇子们和各地乘机制造变故导致天下大乱，于是秘不发丧，造出始皇帝尚在的假象：秦始皇的棺材放置在既密闭又能通风的韫凉车中，让信得过的宦官做陪乘，每走到适当的地方，就献上饭食，百官像平常一样向皇上奏事，只不过在韫凉车中降诏批签的已经不是秦始皇，而是一些宦官了。秦始皇死后的保密工作做得很好，只有胡亥、赵高和五六个曾受宠幸的宦官方才知道秦始皇已经驾鹤西游了，其他人都还蒙在鼓里。
宦官赵高曾见始皇遗诏，知其欲立扶苏为帝，而自己却与胡亥相交深厚，便想篡改遗诏，立胡亥为帝。胡亥那头好说，早就对皇位产生了野心，赵高也没多废话，就说服了胡亥。关键是李斯，这个人手握重权，他不点头，谁也不敢轻举妄动。于是赵高找了个机会密见李斯。
赵高低声对李斯说：“现在陛下已经龙驭上宾，印玺都在胡亥那里，写给扶苏的信也在我手里，还没有发出去，你看谁即位更好一些呢？”
李斯勃然变色道：“这难道是你该说的话吗？谁做皇上先皇早有安排，你这样不守人臣之礼，岂不是要亡国吗？”
赵高知道李斯是个贪恋权位的人，把官位看得比命都重要，要想说服他，只有从官位上下手，于是问道：“丞相想一想，在才能、功绩、谋略、有惠于百姓及与扶苏的关系这五个方面，您哪一方面能高过蒙恬呢？”
李斯愕然，只得据实回答说：“我哪一样都赶不上他！”
“那好，既然您知道赶不上蒙恬，扶苏一旦当了皇帝，您的丞相位置还保得住吗？”李斯默然不语。
