达尔文的工作还算顺利，期间，由于前往剑桥、施鲁斯伯里和梅尔旅行，而有所中断。可是，伦敦的生活让他很不满意，因为他时常感到孤独。他突然很想有个家。
达尔文的这段经历，在他女儿——亨利埃塔·利奇菲尔德给母亲写的传记里有所体现。在这个传记里，她向读者展现了父亲的一段心理独白。1837年达尔文，在一张小纸片上信手写下了自己的想法，时隔多年，他的女儿为我们翻开了这段尘封的记忆。
首先，他在纸片上罗列了婚姻的利弊。在他看来，有利的因素有：孩子，老年伴侣，有音乐的家庭气氛，跟一个女人促膝长谈。而不利的方面是：因为孩子过多，必须花费很多精力去养家糊口；由于拥有家室，会给社交活动带来困难。
接着，他又想到：若是没有知心朋友，事业再成功也是徒劳，若是一个老年人没有妻儿环绕膝下，他的晚景一定很凄凉。于是，他的结论出来了——我不要做一只没有性别的工蜂，只知道劳作，孤独地度过此生，那种场景太可怕了！不一会儿，他的脑海里显现出另一种境况：沙发上，坐着一位殷勤温柔的妻子，家庭气氛相当和睦，房间里摆着很多书籍，还播放着柔和的音乐。
此刻，他在大马尔勃罗街的生存状况与这种温馨的一比，简直是天堂和地狱的差别！
结婚！对！要结婚！他坚定了自己的信念。
这个美好的憧憬，在1838年年底实现了。当时，达尔文已经二十九岁。
11月11日对达尔文而言，是个值得纪念的日子。因为，他向家住梅尔的表姐——艾玛·维茨沃德求婚，并得到了许可。据许多书信证明，他们的结合，得到了来自于施鲁斯伯里芒特和梅尔两个家庭的祝福。达尔文的舅舅——乔斯，很早就独具慧眼，发现了达尔文的天分，并且打心眼里喜欢他，因此把女儿嫁给他，他们全家都十分满意。而且，这两家的关系原本就很密切。因为，不久之前，艾玛的哥哥和查理的姐姐卡罗莉娜，刚刚度完蜜月。现在，则更为密切。赖尔夫妇和查理一同分享了他的喜悦，近段时间，他们相处的很好。
查理曾在书信里跟未婚妻写道：
此刻，我感到幸福无比。您非常善良。离开梅尔以后，我还没有正式向您表达感激之情呢！我常常在想，我一定要做一个优秀的人，只有那样才能配得上您。您一直在梅尔生活，在那里有您的家人和许多亲密的伙伴陪同。我们这里的夜晚有些安静，您可能会不习惯，会觉得枯燥乏味……我父亲一再跟我强调乔斯舅舅的话：“娶到她，是你的幸运。”……亲爱的艾玛，请伸出您的双手，我将怀着极其温顺而感激的心情，去亲吻它们。我的幸福之杯里，充满了对您的感情。现在，我最大心愿就是成为能匹配您的人。
而艾玛对于达尔文的情感，体现在她写给姨母西斯蒙迪夫人的书信里：
当您问及查理·达尔文的为人时，我只是草草做了描述。对于他的一些优点，我很少透露。因为我害怕引起您的怀疑……上星期四，他陪着姨母范妮又回到了梅尔。星期日，他向我求了婚，我完全没有想到他会这么做。我一直以为，我们会继续保持多年的友谊，从来没有往婚姻方面考虑。
我觉得很难为情，但内心里很幸福。当时，家里来了许多客人，只有父亲、伊丽莎白、卡罗莉娜知道这件事。亲爱的爸爸，他简直高兴坏了，还流下了幸福的眼泪。您也知道，他一直很看重查理……晚上，我和查理来到爸爸的房间，汉斯利（艾玛的哥哥）也在那儿，我们谈了很久；我们说着说着，我肚子饿了。汉斯利去厨房给我们拿了一些吃的，还特意做了一盘精美小菜……
查理是个很坦然的人，他从不说谎，他说的每一句话都体现了内心的真实想法。他人缘很好，在自己的父亲和姐妹们面前，总是彬彬有礼。他的性格也很温和……还有一点，我觉得很欣慰，他很有上进心……
现在，我感觉，自己的生活里时刻洋溢着幸福。查理很喜欢梅尔。我看得出来，只要有机会，他愿意回到农村……在喝酒的问题上，我跟姨母萨拉不同，我没有那么多的忌讳。不过，查理不饮酒。不管怎么说，这不是什么坏事。这次订婚，我原本不打算告诉您。但是，这是我生命里一次重要转折，作为长辈，您有权知晓……经过一段时间的休养，我动身去做礼拜，可是，我发现自己心不在焉，所以走到半途，又折返了。
由于感情的介入，在这一时期，查理稍稍偏离了学术研究。尽管在每天清晨他还会写作南美洲鸟类的生物学，但是，这项工作时常被打断。结婚之前，他必须找到一处合适的出租屋，作为婚后的住所。对于此事，赖尔夫妇也非常关心。
后来，艾玛去了伦敦，她陪同查理去找房子。有时，他们也会去看戏。最终，他们在高尔街找了一处满意的房子。房子漆得很漂亮。那是一座老房子，房前有一个小花园，也是这个原因，他们最终下定了决心。
1839年1月29日，这对年轻人在梅尔举行了婚礼。没过多久，他们就去了伦敦。从艾玛的书信来看，她在婚后立即担负起了主妇的重担，并且完全胜任。新婚时期，查理夫妇花费了大量时间忙于迎来送往。客人到访时，查理夫妇总是很热情的招待，而查理看起来格外兴奋。
扎德教授是这样描述查理的：“去做客时，我完全被主人的热情吸引了。他很亲切，就算是很短时间的接触，你也会对他产生好感。刚见面时，他真诚地跟你握手，告别时，他温柔地抚摸你的手掌，用挽留的眼光看着你。整个来访期间，他脸上始终挂着笑……”
新婚过后，达尔文和妻子就很少参加社交活动，他们的生活日渐平静，甚至开始深居简出。可是，不幸的事情还是发生了，达尔文的身体每况愈下，他只好前往梅尔和施鲁斯伯里长期休养。1839年年底，达尔文有了一个儿子。他非常喜欢孩子，经常坐下来观察这个小生命。他对孩子的喜爱程度，连他自己都有些吃惊。后来，那些观察成果，都体现在《论感觉的表现》一书里。
另外，他还在继续整理一些地质论文。因为身体的原因，诸如《珊瑚礁》和《南美洲的巨漂砾和冰川》的整理工作，总是时断时续。可他，就是一个如此坚韧的人。这期间，他去地质学会作过报告，发表了《关于某些火山现象之间的联系》的演说，还完成了《“贝格尔”号动物学》一书中有关鸟类部分的研究。
很长时间，达尔文一直把精力放在物种和变种的研究工作上。后来，他才逐步转向研究资料和思考理论。1841年1月，达尔文写信给福克司（一位经验丰富的养禽家）请求他的帮助，书信的内容大致是这样的：
就算您只提供一些最微小的资料，对我而言，都是弥足珍贵的。如果您那里有杂交的非洲猫，或者是杂交的鸽、鸡、鸭，要死去的话，请把它们尸体装在一个小盒子里寄来，我需要它们的骨骼。对我而言，这些东西比任何鹿腿或最好的乌龟更有价值。
1841年年初，他的《珊瑚礁的构造和分布》问世了。在这部作中，达尔文的写作方法，完全有别于其他著作。
其一，基于对研究对象所有细节的了解，著作涉及的内容相当广泛；其二，著作具有高度的概括性：他努力寻求一些规律，以便这些规律最恰当地反映被考察对象的特征；其三，认真对待研究过程中出现的困难。在难题出现之前，他就想办法去克服，还专门对它们加以解释，避免读者产生质疑；其四，从各个学科着眼进行研究考察。因此，在著作里处处体现出他的博学多才。他不仅在地质学和地貌学上有很深的造诣，而且他还擅长动物学。在写作时，他通过潜移默化让读者对他的观点心悦诚服。尽管他所探索的问题还存在着很多分歧，其中还有一些枝节有些晦涩难懂，但是，他的观点说服力很强。同时，这部著作的创作也体现了达尔文坚毅不拔的品质——他毫不避讳研究对象的难点，并能坚持自己的观点，而且对于观点中的漏洞也绝不掩饰。因为他相信一点：从多方的着眼而取得证据，最终会指向一个相同的结论。
在第一章里，达尔文研究了环形岛和珊瑚岛。在此之前，关于这些岛屿的起源问题存在争议，甚至还出现过错误的、虚构的假设。在著作里，他将自己已经研究过的环形岛——基林，作了一番描绘。就珊瑚岛问题，他探讨了暗礁外缘的珊瑚，围成礁湖的珊瑚式的藻类地带、礁湖本身、礁湖底层的沉积物以及靠吃淤泥和珊瑚的动物——比如绿鲪和管海参。另外，对于暗礁和小岛屿的变化情况，达尔文也有所涉及。在达尔文看来，这些数量很大并且遍及各地的岛屿都仅仅在海面上露出顶部，但是，就礁石的表面计算，通常的情况是，海洋越深环形岛的形成基地就越堵峭。
第二章涉及了堡礁。在这种地貌和大陆中间隔着宽阔的水道和礁湖。达尔文重点从一个岛屿或一个群岛屿的堡礁进行研究，在著作中阐明了堡礁的形状和结构非常近似环礁的形状和结构。不仅如此，达尔文为了解释某些环礁和堡礁，还采用了平面图，将自己的想法很直观地表达出来。
达尔文在第三章里讨论了有绿壁的礁或者说岸礁，比起堡礁它们距离大陆的位置很近，并且它们和大陆之间没有像礁湖那样的深水地区。
第四章的内容是描绘珊瑚礁的成长。在这里，达尔文对珊瑚礁增长的有利条件、它们生长的速度、形成暗礁的珊瑚虫生活的深度作了一番广泛论述。从他所有的论断来看，对珊瑚礁影响最大的一个问题是：不能低于最低限的深度，若是低于这个限度，珊瑚虫就无法茁壮成长。
第五章具有极其重要的理论意义。在这一章，达尔文批判了先前存在的一个假设——喷火山口或在由沉积物变来的水下浅滩上，往往会形成大群岛的环礁，并且发展了他自己的学说。达尔文指出，岸礁最终形成了堡礁，堡礁最终形成了环礁。而这种形成有两方面的原因：一是陆地缓慢下沉；一是暗礁的珊瑚的增高，这种增高的实质就是为了营造有利于珊瑚生长的条件。接着，他又将自己的观点用简略、直观的示意图加以阐释。
珊瑚结构的类型的分布情况是最后谈及的内容。在地图上，深蓝色代表着环礁的分布情况，浅蓝色代表堡礁的分布情况，而岸礁的分布情况则用红色表示。根据达尔文的理论，蓝色恰好表示他假设的下沉部分，红色则表示升高部分或定态部分。因此，一幅清晰醒目的图景就在地图上显现出来。如此来看，由于下沉和升高的部分占据了多数空间，地图的颜色没有被涂染成五颜六色。不过，在地图上，那些相互混杂起来的地方恰好就是用深蓝色的斑点或浅蓝色的斑点来表示的。根据达尔文的理论，可以很容易看出：这一区域完全可以依照下沉理论进行解释。
1842年5月18日，达尔文前去梅尔逗留几日。6月15日，他来到施鲁斯伯里。这两个地方，达尔文过得相当愉快。此时，他已经着手草拟物种起源的理论概要。事实上，早在1839年，这个理论在他头脑中已经成形，只是当时还不太完善。达尔文去世十四年以后，他的后人在唐恩的庄园里才发现了《概要》的手稿。当时，继承人准备拆毁这座庄园，谁知，竟在楼梯下面的壁橱里找到了这些珍贵的手稿。
