当李自成率领的大顺军攻陷北京、崇祯皇帝吊死的消息传到明朝的陪都南京时，城中官员一片慌乱，为了使朱明王朝苟延残喘，他们就忙着拥立新君。当时，从北方逃难来的明朝宗室有明神宗的侄儿潞王朱常淓和明神宗的亲孙福王朱由崧，也就是在洛阳被农民军镇压的老福王朱常洵的儿子。
这时，南京朝臣在拥立谁为新君的问题上发生了分歧。东林党方面的史可法等人认为朱由崧虽是神宗的亲孙，伦序较近，但以昏庸贪淫着名，而且他们担心朱由崧上台后会记“争国本”和“梃击案”的前仇，与东林党过不去，因此，就主张立较为通达的潞王朱常淓，理由是立贤。而凤阳总督马士英和因被定为“逆案”、罢官闲居在南京的阮大铖等一帮人却早就密谋好，主张立朱由崧，他们恰恰是要利用朱由崧和东林党的世仇，扶他上台，借以打击东林党，因此，他们极力主张应按伦序继统。
这样，两派官僚各为私利，各怀鬼胎，都想借立新君的机会猎取政治地位、掌握大权。于是马士英就勾结高杰、刘良佐等四镇总兵，用武力做后盾，派兵把朱由崧接到南京。东林党人无可奈何，只好屈从。福王在崇祯十七年（1644年）的五月就称了监国，没过几天，就正式即位当了皇帝，以第二年为弘光元年。这就是崇祯政权灭亡后，明皇室在南方建立的第一个南明政权。
这个由马士英等一些阉党余孽拥戴的皇帝所组织的政权，它的腐败程度也就可想而知了。马士英以翊戴元勋的身份入掌内阁，而负有众望的史可法却被排斥到扬州做了督师。马士英又起用阮大铖做兵部尚书，入阁办事。两人狼狈为奸，把朝政搅得一团糟。马士英和阮大铖又以兴复为名，借口筹办经费到处大肆搜刮、滥征赋税，这样，更加重了人民的负担。
在这危急存亡的时候，弘光小朝廷里仍然在闹激烈的党争。马士英、阮大铖等阉党余孽对东林党人大施打击报复，那些东林党的人，张慎言、姜曰广等都遭到排斥，他们不得不一一告退，辞职归家。阮大铖因为自己曾经被列入逆案，因此愤恨不已，说：“他们攻逆案，我就作顺案。”所谓顺案，也就是惩办那些曾经归顺过李自成领导的大顺农民起义军的官员。同时，他又编一本名字叫“蝗南录”的黑名单，指东林党人是蝗虫，凡是被列入“蝗南录”的人都惨遭迫害。
昏聩的南明弘光皇帝成天躲在深宫里纵情声色，他只关心那些梨园的子弟是否有佳色，对政治国事却是不闻不问。
纵情声色、吃喝玩乐的南明弘光皇帝却幻想着清兵停止南侵，这样，他们就能够苟安江南。因而，他们就不惜代价，向清朝统治者屈膝求和，派了一个使团，带上十万两白银，一千两黄金，以及大量缎绢等丝织品向清朝乞求议和，无耻地把这些礼物说成是酬答清军替明朝打退了李自成的农民军。
另外一个议和条件是：割山海关以外的土地，每年向清朝纳银十万两。他们就是这样不思收复失地却想用割地纳贡来换得片刻的淫乐。但是，满清贵族们企求的是在全国范围内建立一个统一政权，而不是半壁河山，更不是早就为清朝所实际占领的关外土地。所以，他们不仅拒绝了南明弘光王朝的议和，而且拘捕了明使，并且指责弘光皇帝“僭立江南”。这样，清军在攻进陕西，打败了大顺军之后，就调出了一支军队来进攻南明弘光政权。
当清兵一路攻来，节节南下的时候，在南明弘光政权内部却是党争激烈的时候。驻守在江北前线的高功这四镇总兵，为争夺富庶地盘，搜刮民财，正在互相之间仇杀着。后来虽有史可法的委曲调停，他们也只是维持表面的和平，却不能协力防守。
南明弘光元年（1645年）的三月，清兵逼近淮北地区，这时负责驻守武昌的左良玉在东林党官员的怂恿下，以“清君侧”为名兴兵顺流而下，直接攻向了南京。马士英和阮大铖声称宁可投降清军也不能让左玉良得逞，于是不顾清军压境的危险，调总兵黄得功前去抵御，接着又调另外的刘良佐和刘泽清两镇总兵率领部队入卫。但左良玉刚到了九江就暴病身死了，他的儿子左梦庚又被黄得功击败，就率军投降了清军。左良玉的军队虽然被击败了，但是负责防守清军的江北四镇的总兵都撤了出来。这样，清兵就好像进了无人之境，只在四月中旬抵达扬州时才遭到史可法领导的扬州军民的抵抗。
但是史可法势孤力单，独木难支，挽救不了南明弘光政权的覆亡。当清兵包围扬州时，史可法坚守孤城，血战了十天。后来，清军攻破了扬州城，史可法自杀不遂，被清军俘获了。但他始终没有屈服清军，最终被清军杀害了。
扬州城被攻破后，明朝防守长江的将领闻风逃之夭夭，士兵们纷纷投降。清军一路毫无阻挡，轻松地渡过长江后，在南明弘光元年的五月十六日那天，开进了南京城。南明弘光皇帝在五月十一日那天就已经仓皇出奔了，逃到芜湖黄得功的军中。黄得功战死后，南明弘光皇帝又被清军俘到南京，后来又被押到北京斩首了。南明弘光政权就这样覆亡了，前后仅仅存在一年的时间。南明弘光政权覆亡后，马士英和阮大铖从南京逃到了杭州，后来他们俩又都双双投降了清朝。
