1968年，七机部的混乱达到了顶峰。
6月8日，冶金学和航天材料专家姚桐斌在家中被造反派殴打致死。姚桐斌1945年毕业于上海交通大学，1951年获得英国伯明翰大学博士学位，1957年回国后，一直致力于航天材料科学，被誉为中国第一代航天材料工艺专家和技术领路人。
这位后来被追授“两弹一星功勋奖章”的专家之死，让周恩来悲愤难抑。据说周恩来正参加一个外交宴会，有人把姚桐斌被打死的消息通报给他，他当即变色，手中的酒杯掉在地上，摔碎了。这恐怕是周恩来一生外交生涯中少有的失态。
10月10日深夜，长期遭受迫害难以忍受的赵九章写完最后一份检查，上交了家中最后一件属于公家的东西——一块小黑板之后，服下大量安眠药自杀。
本来，周恩来为了保护包括赵九章在内的一些科学家，国庆节前亲自拟定了邀请科学家参加国庆活动的名单，其中就有赵九章，而且是以他本人的名义发出的请柬。但是赵九章没有接到这份也许能救命的请柬。后来一查，是科学院的造反派私自扣下了。
听到赵九章自杀的消息，周恩来的气愤之情难以言表，他的两眼似乎冒出火来，瞪着天花板，半天没有动……
赵九章是1935年通过庚款考试出国留学的，他去了柏林大学学气象，他堪称是中国空间科学的重要奠基人。
10年后，赵九章终于得到平反昭雪，开追悼会时，竟然找不到他的骨灰，骨灰盒内装着的，是他生前戴过的一顶帽子。
1968年12月5日，杰出的空气动力学家郭永怀赴罗布泊执行完又一次核试验任务，从基地返回北京时，因飞机失事，不幸遇难。
本来，郭永怀是和王淦昌、朱光亚、陈能宽、邓稼先等人一块执行任务的，别人劝他坐火车，他为了省时间，执意坐飞机，火车太慢，到北京要好几天。还说自己作为一名空气动力学家，应该带头坐飞机。没有想到，这成为永诀。
郭永怀牺牲时，怀里还紧紧抱着一个保密包，都给烧焦了。与他一同遇难的，有40多人。这次飞机失事，没有对外报道。
郭永怀的离去，令周恩来极度悲痛，他说：“我再次强调，以后我们国家重要的科学家，尽量不安排坐飞机，更不要集中乘坐飞机。”
钱学森与郭永怀感情深厚，二人情同兄弟，得知郭永怀遇难，钱学森泪流满面，他沉痛地说：“一个有智慧的人，一位世界知名的优秀力学家，离开了人生。生和死，就那么10秒钟。他才59岁……”
几天后，钱学森、李觉、王淦昌、朱光亚、彭桓武、陈能宽、邓稼先、于敏、周光召等人来看望郭永怀夫人李佩，钱学森握着李佩的手，悲痛不已地说：“回国后，我和永怀一起开创中国力学事业，原子弹攻关时候，我向钱三强推荐了他。永怀为中国核武器，立了大功。我们失去了一位好同事，好朋友，好战友，国家失去了一个栋梁之材。”
李佩冷静而坚强地对众人说：“永怀说过，他对自己任何选择，都不会后悔。如果他有来世，我相信，他还会选择这个职业，选择和你们各位做同志，做兄弟，做战友，一起为国家干事情。”
众人的眼里，都是热泪滚滚。
