以王安石事业继承人的姿态，出现在帝国政坛最高层的章惇宰相，原是苏轼签判凤翔时结交的朋友，当时任商州令，他性格狂放，胆大妄为，而又志向高远，和苏东坡脾气相投，两人因此有过一段同游同饮的好日子。
元祐年间，苏东坡知贡举，阴错阳差，录取了章惇的儿子章援为第一名，这样，他和章家又多了一层关系。
可是，谁也想不到，章惇竟然成了苏轼的后半生的噩梦。当年的小吏摇身一变为握人生死于掌上的权相，自尊恶化为自大和专横，朋友变成的敌人。因为相知甚深，关注得格外细腻，整治起来自然整治得格外有“雅趣”——
罗大经在《鹤林玉露》说，“苏子瞻（苏轼，字子瞻，号东坡居士）谪儋州，以瞻与儋字相近也。子由（苏辙，字子由）谪雷州，以雷字下有田字也。黄鲁直（黄庭坚，字鲁直，自号山谷道人，又号涪翁）谪宜州，以宜字类直字也”。所有这些，都是章惇出的馊主意，闹了一出猫捉老鼠的恶作剧。
接下来，苏东坡谪居惠州时，他对这一切安之若素。尽管身处遭人唾弃的岭外之地，也不因此而丧志，仍旧悠然地过着清贫的生活。他常常以诗言志，其中有两句诗云：“为报诗人春睡足，道人轻打五更钟。”哪知，此诗传至京师，章惇又不高兴了，嫌苏东坡在逆境中太“快活”，就再贬他到昌化。
与此同时，章惇还不计后果、不留余地地整治政敌，甚至正式提出，要将司马光的坟墓掘开，暴骨鞭尸；制订了一整套摧残元祐党人及其子女后代的计划。是他的同党警告他不要开这种先例，免得冤冤相报时，他才勉强放弃了这个党同伐异的骇人念头。
朋友尚且如此，程颐的境遇就更惨了。到了绍圣四年（1097年）十一月，程颐再遭劫难，被流放到涪州“编管”。宋代官员得罪，轻者送某州居住，稍重曰安置，最重曰“编管”。所谓“编管”是在指定之地，受地方官管制，不得自由行动。当时的涪州（今重庆涪陵市），宋属夔州路，州治涪陵，辖三县。
圣旨下达后，昔日司马光举荐的尚书左右丞、时任西京（洛阳）知府李清臣惟恐牵连自己，于当天就奉命强迫遣送程颐，就连程颐提出回家告别叔母也不允许。
不过，临行前，李氏见程颐如此寒酸，乃赠送他一百两银子，却遭到了程颐的断然拒绝。
程颐先从旱路到山城重庆，再沿长江下行120公里，就是涪州的小山城涪陵了。
他放眼望去，发现与这个依山傍水的小山城隔江相望处，有一个叫北山坪的北岩。
出于好奇，程颐特地从涪陵城的长江岸边登上过江小船，木船在桨声里划开江水，撩开江雾。从船上向北眺望，北岸紫气蒸腾，隐现点点神秘。
随着船夫靠近岩岸，岩壁上数十幅古代摩岩石刻闪入眼帘。经询问才知，这里从唐代开始便兴建了一批佛寺和书院，代代续传，形成了涪陵文化的发祥地。
小船靠岸后，他们一行沿羊肠山路向上攀登，约一个时辰，才爬上了北岩。
在砂岩上竟有一座石窟！它背靠岩壁，面向长江，颇为幽静。
程颐站在洞口，放眼长江，尽管进入冬天，草枯叶黄，凄风阵阵，江水清浅，心中不免有点感伤。好在冬天水落石出，江心的白鹤梁显现出来，而江对面小城周围古木参天，乌杨树麻柳树密集成林，倒也有不少的趣味。
白鹤梁是长江江心西侧一道天然石梁，全长1600米，宽约15米，自西向东顺江延伸。鉴湖却是石梁拦出的江水，平静如镜，与另一面的奔流形成鲜明对照。
进而，程颐想，若是夏天站在这里，眺望夕阳下滚滚东逝水，或许又可以激发起自己的治学灵感。于是，他心里说：若是在如此的仙境治易，岂不快哉。
随后，他转身看了看，只是石窟洞口过于窄小，人不能进，洞内也需要整修方能居住。程颐就与身边的弟子谯定等商量，大家决定一起动手凿洞，以洞为家。
经过弟子们的努力和附近山民的帮助，经过一番整修，人侧身可穿过洞口，洞内的高度与宽度均达到4米，深也有2米多。
接着，他亲自泼墨挥毫，在门额上题写了“点易洞”三个正楷大字。于是，此处便成为他治学的理想之所了。
在接下来的三个年头里，尽管他惨遭厄运，而且这种无情打击还累及于他的子孙和学生。但他仍然以一个学者的责任感孜孜不倦地在“点易洞”中著述。他深情地写道：
“现在农夫冒着严寒、酷暑和大雨，深耕除草，播种五谷，我可以拿来吃；各行各业的技术工匠，制作器物，我可以拿来用；武装的兵士，身披坚甲手拿利器，以守卫疆土，我能够平安无事。我这种人没有什么功劳恩泽贡献给别人，而虚度光阴，安心做天地间一条蛀虫，惟有整理圣人遗留下来的书，或许对别人有些裨益吧。”
于是，他数年如一日，以诚敬之心，用他的如椽巨笔进行《伊川易传》、《春秋传》等巨著的写作。《同治重修涪州志》记载了程颐在此间的活动，该志云：
“渡江老殳，涪陵人。伊川先生谪涪，渡江，中流，舟濒覆，人皆哭，伊川独正襟危坐如常。及岸，老殳问曰：‘当船危时，君正坐，色甚壮，何也？’伊川曰：‘心存诚敬耳。’”
直至元符二年（1099年）正月，其传世之作——《伊川易传》才脱稿。
程颐治《易》，推崇王弼、胡瑗、王安石三家，其所著《伊川易传》继承了王弼的性理传统。他在《易传》的《序》中说：
“《易》，变易的意思，随时变易以服从道的意思。它作为一部书，内容广博一切都包含，是要理顺人性与天命的道理，贯通看得见和看不见的事情之间的因果关系，穷尽万事万物的真实情况，而显示开通民众的心志、成就天下事业的方法。圣人们为后世操心，可以说极为周到了。现在离开古代虽然久远，圣人遗下的经典还在，但是先前的儒者不理解其本意，而只把其言论传下来，后来的学者只知道背诵这些言论而忘记其深长的意味，从秦朝以后，其本大概就失传了。我出生在千年之后，为这些人文内容的湮没不彰而悲伤，要使后人溯流而上找到源头，这就是我写作《易传》的原因。”
从此以后，《伊川易传》便成为洛学学术体系的里程碑了。
不仅如此，程颐还成为洛学“涪陵学派”的启蒙人物。
涪陵学者谯定就是在其学术威名影响下，决定从程颐学《易》经，并深得伊川洛学之精髓，后自成“涪学”。北岩鉤深堂一时“名流汇集，后学辈出”，有“文风齐两蜀，仙洞接三都”之誉。宋代著名理学家、诗人如尹焞、罗从彦、陆游、朱熹、范成大等，接踵至涪或凭吊先师，或聚徒传道，或登临胜境，或题咏刻壁。难怪有人说：“宦海折戟，偏安涪陵，这是程颐的不幸，却是涪陵的大幸。”
绍圣元年（1095），校书郎、《神宗实录》检讨官、著名诗人与书法家黄庭坚，被新党指控其修《神宗实录》中的记载有“多诬”之处，贬黄庭坚为涪州别驾，安置黔州（今四川彭水）；元符庚辰（1100年），再转任宜州（今四川宜宾）。起程前，他特地到程颐点易洞和讲学之鉤深堂旧地重游，并亲笔题写了“鉤深堂”三个大字。被人镌刻于石壁之上，更使鉤深堂名声大振。
宋嘉定元年（1208年），涪州知州范仲武在此建立北岩书院，其正堂奉安伊川先生塑像，范仲武亲自在程颐塑像两侧撰写对联。联云：
伊洛溯渊源，诚意正心，一代宗师推北宋；
涪江汇薮泽，承先启后，千秋俎豆焕西川。
洞内的砂石壁上刻有程颐的传人尹焞之《偶感贴壁》，还配有诗文：
少蒙师教指迷津，老读义经味入神。
无限青山随意好，强来骑马踏红尘。
到了南宋，程颐的继承者朱熹游历此地时，亦有题诗：
渺然方寸神明舍，天下经纶具此中。
每向狂澜观不足，正如有本出无穷。
程颐的巨著虽然大功告成了，但恢复新法的宋哲宗，却在其宠臣的怂恿下，继续对已经落水的程颐痛打之，下令“焚书坑儒”，企图追毁程颐的全部著作。
实际上，由于程颐的著作对巩固封建统治有用，经朝中某些重臣授意，在其门人的保护之下，只是象征性的做了做样子，其著作大都被保留下来了。
元符三年（1100年）正月，24岁的宋哲宗病死。宋徽宗赵佶继位，由讨厌新政的向太后垂帘听政。于是，她再次起用元祐党人，废除变法新政。九个月后，向太后患病归政，宋徽宗正式执掌大权。
次年四月，程颐遇赦还洛，复任宣德郎。十月，复通直郎职，掌管西京国子监。此时，四方来学者又渐渐增多，如张绎、张厚等。其中，长严毅清苦，笃志求道，从学杨时，又师程颢、程颐的罗从彦，不惜鬻田自福建千里迢迢前来向程颐问《易》。后来，罗从彦在沙县洞天岩颜乐斋讲学，著《中庸说》、《豫章文集》。罗学成后，成为洛学闽学化的关键人物。其《观书有感》诗云：
静处观心尘不染，闲中稽古意尤深。
周诚程敬应粗会，奥理休从此外寻。
《自警》诗云：
性地栽培恐易芜，是非理欲谨于初。
孔颜乐地非难造，好读诚明静定书。
这二首诗都将周、程并列，前诗以“周诚程敬”为学者探寻“奥理”之窠窟，后诗以明道《定性书》为周子“孔颜乐处”之扩张。阐发濂溪及明道、伊川一脉融贯。
然而，好景不长。不久，“轻佻不可以君天下”的徽宗，将年号改为“崇宁”，言即心为继承神宗当年推行的王安石之“熙宁变法”。徽宗任用蔡京为宰相，蔡京创立讲义司，利用中央政权对思想学术进行严密的专制统治。
这时，王安石的新学又被蔡京等人篡改为打击旧党及一切异己的思想武器。程颐是元祐学术、政治的代表人物，自然被列为打击的重点目标。
崇宁二年（1103年）四月，范致明上书论程颐“入山著书乞觉察”，奏书打着先王、圣人的旗号，将洛学说成是“私议”、“邪说”，并要求像孔子诛杀少正卯那样处置程颐。奏书咄咄逼人地说：
