此次被提拔为辅导皇帝读书的崇政殿说书后，程颐随即上疏说：“习惯与智慧一起培养，变化与心性一起形成。现在的老百姓中善于教育子弟的，也必定要聘请以道德著称的儒士，让子弟和他相处，以熏陶成良好的品性。何况陛下年轻，余下时间还很富裕，虽然从天生资质中获得了聪明圣哲的优点，然而辅导培养的办法不可不极为周到。大体上一天之中，接触贤明士大夫的时间多，亲近宦官宫女的时间少，气质就会变化，自然而形成。希望挑选大儒入宫在身边劝导讲解，讲完后留在宫里分别值班，以供随时咨询，偶或有小过失，随事贡献意见进行规劝，时间长了，必定能培养成圣明的品德。”
不仅如此，程颐也深知自己肩上责任重大，忠于职守，他经常以向赵煦皇帝讲书的机会，借题发挥，议论时政。希望以自己的言传身教来影响年幼的赵煦。所以，他每次进讲，脸色很庄重，接着便委婉地劝谏。
当他听说赵煦在宫里盥洗时，看见地上蚂蚁，为不伤生，便避开蚂蚁而行。程颐便问儿皇帝：“有这回事吗？”
赵煦回答说：“是，真怕伤害它们？”
程颐便循循善诱地对他说：“只有把这样的爱心推广到四海去，才是做帝王最重要的方法。”
再说司马光执政以后，见太皇太后高氏对自己言听计从，越觉激发忠忱，誓死报国，无论大小政务，必亲自裁决，不舍昼夜，加上自己本身两次中风的旧疾，最后老病新疾一起向他袭来。
这时，在江宁府养病的王安石，看到司马光不分青红皂白地废除以及将要废除所有新法，改革成果被毁于一旦，他的追随者也是树倒猢狲散，这犹如一付急火攻心的催命汤，结果王安石于元祐元年（1086年）四月忧郁地撒手人寰，享年66岁。
王安石病故的噩耗传来，沉疴不起的司马光也为之感伤。也许是他们毕竟两度同事，曾一度侍候几任皇帝；也许是其人将死，其言也善，司马光因此还特地写信给执政的吕公著，嘱其“优加厚礼”（《司马温公文集》卷十，《与吕晦叔第二简》），朝廷接受了他的建议，并追赠王安石为太傅。不意，同年九月，司马光也紧步其政敌的后尘溘然长逝了，时年68岁。
司马光的病殁，如晴天霹雳，令朝野震惊。太皇太后因此颁诏，皇帝辍朝三日向这们拨乱反正的重臣致哀，黎民百姓则纷纷购买司马光的画像在家里设灵堂祭奠。
更可怕的是，保守派如丧考妣，他们因失去了一位一言九鼎的领袖而自乱阵脚，最终一分为三。
在程颐在奉命主持司马光的治丧期间，即司马光尸骨未寒之际，就暴发了以程颐为首的洛党与以苏轼为首的蜀党之间的矛盾，并逐步公开化。
当时，程颐一方面代父亲撰写《代家君祭司马温公文》，称颂司马光“诚贯天地，行通神明”，“心期行道”，“救弊除烦”，“死生既极于哀荣，名德永高于今古。”（《二程集》p641）另一方面十分虔诚地按照孔子之礼公祭亡灵。
正在这时，新皇颁布大赦令（“方明堂降赦”），文武百官在参加完庆典后，准备前去吊唁司马光。程颐极力阻拦，主张庆吊不同日。并援引《鲁论》振振有词地说：“子于是日哭则不歌。”当时就有人反唇相讥说：“孔子只是说‘哭则不歌’，而没说歌而不哭呀！”（“哭乃不歌，未尝云歌即不哭。”）
早就对程颐不满的蜀学首领、翰林学士侍读苏轼，趁机在大庭广众之下大放厥词，对程颐的迂腐作法进行了无情的嘲讽，顿时引起一群朝臣冷笑，令程颐十分难看。于是洛、蜀之间“遂成嫌隙”（《续资治通鉴》卷八十），继而发展至洛、蜀门人之间的激烈斗争。
尽管苏轼做得有点过分，但程颐有一个致命的弱点——缺乏宽容精神。好友邵雍在临死前曾规劝程颐应“得饶人处且饶人”。
那是邵雍在气息奄奄时，程颐正在其榻前，邵特地以手势助说话，有气无力地对程颐说：“面前路径，须常令宽。路径窄，则自无著身处，况能使人行也？”（《河南程氏文集·遗文》）
面对好友临终嘱咐，程颐虽然表示自当注意，但他说话办事仍然禀性难移。
到了元祐初年，吕公著虽然身为宰相，但他十分看重程颐的意见，“凡事所疑，必质于伊川”，而程颐更是以一个臣子的赤胆忠心，“议论褒贬，无所顾避”（《伊洛渊源录》卷四），向吕公著一吐为快。
这样一来，一方面使程颐的名声越来越大，吸引了许多读书人纷纷向他拜师问学；另一方面他也因经常不讲情面地对大臣们指手划脚，直言招怨，引起了一部分朝臣对他的强烈不满。
尽管程颐为此招惹了不少人，但他并不以为然，依然我行我素地较真。宋神宗的丧事还没有办完，冬至那天，百官对小皇帝上表致贺，程颐咬文嚼字地指责说：“节气变换，此时皇上对神宗的思念正深切，请求改祝贺为安慰。”有的大臣认为他是有意借题发挥。
神宗丧事结束后，几名主事官员请求皇上，是否开始奏乐设宴。在一旁的程颐又居高临下地训斥道：“丧事结束后而举行祭神之礼，尚且应当依据事情的需要来决定奏乐，现特地为丧事结束而奏乐设宴，岂不是把丧事当喜事来办了？”顿时说得主事官员面面相觑，谁敢明目张胆地犯上？只好无奈地听从了他的意见。
程颐按照“理”的要求，以师道尊严对儿皇帝赵煦的言行，同样也是严加约束，毫不留情。
他认为“天下治乱系宰相，君德成就责经筵”（《河南程氏文集》卷六《论经筵第三札子·贴黄》），所以，他“每当进讲，必宿斋豫戒，潜思存诚，冀以感动上意”。他指出，要达到至诚境界的途径，在于对道的信仰深厚，对道的信仰深厚行动就会果决，行动果决对道的遵守就会牢固，仁义忠信的准则不离开心，勿忙紧急的时候必定在心里，颠沛流离的时候必定在心里，出门、在家、说话、沉默的时候都必定在心里，久久而不丧失它，就能安稳地停留在心里，动作和仪容展转都符合礼的规范，而邪恶的思想就无从产生了。小皇帝觉得他有点过于唠叨。
元祐二年（1087年），按照惯例，为保证皇帝的健康，准备在盛夏时节给正在读书的赵煦皇帝放暑假。
对此，程颐深为不满，他先于三月二十六日，上书太皇太后高氏，“辅导少主，不宜疎略如此”，认为不应给皇帝放假，建议将侍臣讲读的地方由迩英阁移到崇政殿或延和殿等其他宽凉处。
为此，看不惯程颐言行的朝中大臣顾临毅然站出来与程颐唱对台戏，在上书高氏奏状中明确提出反对意见，并严正指出在殿上讲读不妥。
程颐得知后，十分恼火，于四月份再次上书太皇太后，引经据典地对顾临进行了义正辞严的反驳。太皇太后与哲宗赵煦不得已，下令修展迩英阁，而程颐觉得这太奢侈，便以辞职相挟，坚持不让步。
更有甚者，程颐还要求把赵煦在宫中的一切衣、食、住、行、言都向他报告，以便他有的放矢地施教。在程颐看来，自己如此执着敬业，是为皇上和国家的未来着想。哪知，终因遭到大臣们的指责，他的这些要求几乎全部落空。
一次暑假，程颐受命与孙觉、顾临等一起审定国子监旧条例。这位执拗公，又以义理的要求，面对那些昔日草拟国子监条例的太学主持者，毫不留情地对旧条例几乎是全盘否定，让人无地自容。礼部尚书胡宗愈听说后，十分恼怒，竟上奏高氏与皇上，请求以“破坏祖宗之法”为由，解除程颐的职务。
又一次，在程颐给赵煦讲课间隙，活泼好动的少年赵煦突然对窗外的春风杨柳万千条颇感兴趣，便站在栅槛上顺手折断了一根树枝。
程颐认为，这与理学的规范相悖。于是，他立即在大庭广众之下严肃地批评了赵煦。他说，皇上的一言一行一定要符合理学的规范，给万民做表率。时下阳春时节，正是万物复苏的时候，岂能无故折断柳条？
顿时，赵煦被他说得脸红脖子粗，虽然当面勉强地表示认错，但心中郁郁寡欢。在坐的官员，则在背后对程颐发泄不满，认为他像训斥乡间小孩子一样地对待圣上，弄得皇帝“不悦”，有失君臣礼仪。就连极力举荐他来的司马光，听说后也觉得他做得太过分，“闻之变不悦”。
自仁宗以来，皇帝的说书官都是侍立讲读，而程颐却以师道尊严为由，始终坚持坐着讲课。
当时年已八旬的文彦博以太师身份任宰辅，对小皇帝十分恭敬，常常侍立终日。哲宗多次对他说：“太师少休。”
可是，赵煦每次都顿首谢恩，但文彦博仍侍立不去。
于是，有人问程颐：“文潞公（文彦博）贵为宰辅，对皇上尚且如此恭敬，你为何倨傲呢？”
程颐以维护师道、布衣尊严的态度解释说：“潞公虽然是三朝老臣，但他毕竟是臣事（幼）主，不得不恭。吾虽然是布衣，但却是皇上之师，师徒之间有师道尊严，岂敢不自重？吾与潞公所以不同也。”（均见《程氏外书》）而且说，他这样做，更重要的不是让小皇帝尊敬自己，而是让皇帝自幼养成尊敬师长的良好习惯。程颐同皇帝如此较真，还与其个性也是分不开的。他一生端谨整肃，身为文人，却无丝毫闲情逸致，凡琴棋书画，花鸟鱼虫之类，一无所好，且视之为玩物丧志。虽然他的独树一帜，被文潞公等赞其“真侍讲也！”（《伊洛渊源录》卷四《伊川先生年谱》）但大多数大臣觉得他这是对圣上之大不敬，圣上也日益对其不满。
不仅如此，程颐对自己分外之事亦毫不含糊，往往不给人留情面。
一日，程颐前往经筵给皇帝说书，他等了半天未见哲宗赵煦踪影，经询问宦官，方知赵煦因患疮疹而未到迩英殿。
于是，程颐前去质问宰相：“皇帝不到迩英殿，太皇太后不应当单独坐在那里召见百官。况且主上有病，大臣装作不知道，不问安，这是对皇上之大不敬！”宰相怕这位老学究较真，第二天，便率领百官奏请问候皇上的病情。程颐也因此招致“大臣亦多不悦”（同上）。更为他日后运乖时蹇埋下了伏笔。
文人相轻是古往今来的一大弊病，程颐与苏轼自然也不能免俗。
那是宋神宗元丰八年（1085年）三月，哲宗赵煦嗣位，太皇太后高氏临朝听政。朝廷致力于清除王安石变法影响、恢复祖宗旧制的工作，前后历时九年。至此，支持变法的政治派别，被时人称之为“元丰党人”，反对变法一派，则被称之为“元祐党人”。帝国政治陷入党争的泥沼，不可自拔。
次年二月，程颐为通直郎、充崇政殿说书，为哲宗皇帝讲书时，苏轼则任翰林学士侍读，与程颐同侍哲宗皇帝。
但是，程颐任讲官深受元老重臣的信赖，“吕申公（公著）为相，凡事有疑，必质于伊川。进退人才，二苏疑伊川有力，故极口诋之。”（《二程集》第343页）由此产生了他们之间在政治上的互相猜疑和诋毁。继而出现程颐“在经筵，归其门者甚众，而苏轼在翰林，亦多附之者，遂有洛党、蜀党之论。二党道不同，互相非毁”（《续资治通鉴长编》卷四百七十一）。
程颐为人行事，“多用古礼”，苏轼谓其不近人情，“深嫉之”（明.陈邦瞻《宋史纪事本末》卷四十五）；关于“人情”，苏轼认为，“道”是顺应人们自然感情的原则，而不是强制性的“勉强力行”。尤其是苏轼和程颐在皇帝面前或朝臣之间争宠斗胜的名位之争，最后导致了洛、蜀门人之间的斗争。
洛党即以程颐为领袖，以朱光庭、贾易、尹焞、张绎等为羽翼；蜀党以苏轼、苏辙为领袖，吕陶、孔文仲、孔平仲等为羽翼。此外尚有包括刘挚、梁焘、王岩叟、刘安世等的朔党，则依违于洛蜀之间，而更多地倾向洛党。
程颐的门人贾易、朱光庭对蜀党攻击程颐心里感到不平，便联合起来攻击苏轼。到了元祐二年（公元1087年），蜀党党朋接二连三地发动了对洛党的强势反攻。苏轼甚至运用奏状的重武器对付程颐，他说：“臣素疾程颐之奸，未尝假以辞色。”刘安世论称，程颐与欧阳棐（欧阳修之子）、毕仲游、杨国宝、孙朴交结执政子弟，号为“五鬼”；孔文仲极力弹劾程颐，谏议大夫斌仲则因蜀党之意称程颐为“五鬼”之魁，“污下俭巧，素无乡行；经筵陈说，僭模忘分；遍谒贵臣，历造台谏；腾口间乱，以偿恩仇。致市井目为‘五鬼’之魁。请放还田里，以示典型。”（同上）尽管疏中虽多夸大贬抑之词，企图置洛党死地，但亦非空穴来风，而是多有实指，具有很大的煽动性。
洛、蜀之争的结局是两败俱伤。
元祐二年（1086年）八月，在蜀的炮轰下，程颐被罢崇政殿说书之职，回到洛阳去管理西京国子监，继续他的讲学生涯。
就在蜀党欢庆胜利、巩固自己的阵地的骨节上，不意，苏轼也于元祐四年被逐出朝廷，外放杭州任知州。
元祐时代的洛党、蜀党，是封建的“品级联合”之中旧党豪贵内部依地方势力而结合的互相倾轧的集团。洛蜀党争也反映为洛学与蜀学的学术宗派之争。
与此同时，洛蜀党争乃是旧党内部的宗派倾轧，和新旧党争是不同的。不论是洛党还是蜀党，他们都共同反对新党及其政策。蜀党的核心人物“二苏”，在神宗朝均因对抗王安石新法被贬；旧党取得政权后，同时召入，先后任翰林学士。苏轼于元祐时任至兵部尚书；苏辙权吏部尚书，使契丹还，为御史中丞。
元祐五年（1090年），就在程颐政治上失意之际，其父程珦于正月十三日在西京国子监公舍寿终正寝，享年85岁。程颐只好告假在家闭门丁忧，其间，他挥泪撰写了《先公太中家传》（《二程集》p646-653），以文人特有的方式追思父亲不平凡的一生。并于当年四月十日将父亲下葬于伊川先茔。
流放涪州，著述《易传》示门人
元祐年间的蜀、洛党争毕竟属于书生意气之争，程颐虽被贬官，但并未遭到太大的迫害。
此后，程颐数次上书辞职，请求放归故里，皆未得到允许。元祐七年（1092年），程颐为父亲丁忧期满，礼部侍郎兼侍讲、曾与司马光同修《资治通鉴》的弟子范祖禹屡次向皇帝进言，赞扬程颐的学识，请求给程颐进朝中复以学职。但因执政的蜀党党首苏辙加以阻挠而未果。其后又因“有怨望轻躁语”而被监察御史董敦逸弹劾，遂被授管勾崇福宫。
尽管在政治上遭受打击，但程颐并未放弃自己的追求，仍坚持穷理、著述与授徒。
屋漏偏遭连夜雨。正在此间，他的几个得意弟子李籲、刘绚、吕大临等接二连三地英年早逝，如此白发人送黑发人，这对于他来说简直是致命一击。在《河南程氏文集》卷十一收录的《祭刘质夫文》、《祭李端伯文》、《祭杨应之文》、《祭朱公掞文》中，记录了他极度悲伤的心情。
悲痛过后，程颐重新振奋起精神，招收了尹焞（字和靖）等新弟子，与杨时、谢良佐、游酢等一起继续从事传经布道的事业。
紧接着，朝廷的政局就像棋局一样，说变就变。等到荐引程颐的一派人的失势，程颐也就跟着倒楣了。或者他的一些奇特的令人非议的行径，给反对派提供了口实，把帐算在举荐他的一派人头上。
形势发展得愈来愈严峻。元祐八年（1093年）九月，高太后去世，哲宗亲政，次年改国号“绍圣”。
新皇帝是一位可能有某种心理生理缺陷的18岁皇帝，他早已把昔日老师程颐的话忘得一干二净，竟然再次起用章惇（字子厚）、蔡卞（蔡京之弟，熙宁三年两兄弟同科举登进士第）等变法派人士，全面恢复变法新政，严酷打击元祐党人，前后历时六年有余。
