定性处理是一项很复杂、很细致、政策性很强的工作，要坚持在各级党委的统一领导下，釆取专案工作与群众路线相结合的方法，发动群众来搞好。要按照中央12号文件的具体规定，根据审查对象的问题大小、态度好坏、一贯表现，逐个进行全面的历史的分析，实事求是地确定性质，分清哪些人是“四人帮”的骨干分子，哪些人是犯有严重政治错误，哪些人是犯有政治错误，分别提出处理的意见，该从宽的从宽，该从严的从严，做到定性准确，处理恰当。
严格按照批准权限，经过审批备案后，成熟一个处理一个，成熟一批处理一批。要通过定性处理，进一步贯彻党的政策，巩固发展清查的成果。至于那些由于受“四人帮”的思想影响，说了错话、做了错事的同志，属于思想认识问题，只要把问题“说清楚”了，认识了错误，接受了教训，改了就好，不需作组织结论。对于那些在“四人帮”及其余党支持、纵容、包庇下搞打砸抢的首恶分子，严重破坏社会治安的犯罪分子，仇恨社会主义、进行阶级报复、反攻倒算的地富反坏分子，罪行严重，证据确凿，民愤极大的，经调查核实，由公安部门依法惩处。至于受“四人帮”极左反动思潮影响，受骗上当，动手打人的，主要是教育他们分清是非，认识错误，接受教训。
定性工作，为了“不冤枉一个好人，也不放过一个坏人”，采取专案工作与群众路线相结合的方法，发动群众来搞好。处理上要把好四道关：一、要核实查证材料。二、要审查结论同本人见面。三、要经过群众讨论；四、要党委审查批准。审查对象的材料，绝大部分同本人见了面。经过审批备案后，成熟一个处理一个，成熟一批处理一批。重点检查了一些专案材料的质量，一般是比较好的，没有发现刑讯逼供和违法乱纪的事。
1978年第二季度开始，在90%以上清查对象的问题已基本查清的基础上，逐步转人定性工作，当年定案、解脱3620人，占审查对象的70%。依法逮捕首恶分子马天水、王秀珍、陈阿大、叶昌明、马振龙、黄金海、戴立清、王承龙、潘国平、胡永年等40多人。根据1978年中发12号文件，全市拟定为骨干分子的不到100人，犯有严重政治错误的300人左右，犯政治错误1000人左右。属于说错话做错事已予解脱的有4000人左右，以上5000余人中需清除出党的500人左右。
到1978年，对各单位的清查工作，进行全面的检查验收。
1999年，严佑民回忆说： 我在上海处理了5000人，已过去了20多年，到现在没有一个翻案的，就是分清了罪与非罪，避免了扩大化。是把“四人帮”的打砸抢分子与“四人帮”下面执行路线错误的人区分开来。凡是“四人帮”下面的“打砸抢”分子，证据确凿的我一个也不放过，抓起来判刑，我把他们作为罪犯处理。对“打砸抢”分子这样处理，群众高兴。其他的，如“四人帮”搞“工人阶级登上政治舞台”，他们选了一些在工厂里做工的工人等，使这些工人成了中级干部，甚至高级干部。这一批人上来时间不长，什么也不懂。部长、大使，有的已派到北京，但是在上海还有很多准备派到北京去，对这批人怎么办？
是“四人帮”要培养他们的，而且他们还没有去，对这批人，如果把他们关起来，把他们杀了，都不行。我就釆取一个办法：从哪里来回到哪里去，你不要再登上政治舞台了。你回到单位后，你自己和单位群众讲清楚就行了。如果你在原单位干过坏事，由原单位按政策处理。上海“四人帮”统治十年，盘根错节。结论让你自己看，自己改。实事求是，没有证据不能定罪。不同意还可以改嘛，直到你同意为止，签字，材料留在你的档案里。这种处理办法，群众受到教育，他自己也受到教育。这样做，避免了以前那种“一年运动，
三年收尾”的情况。20年过去了，处理的这5000人没有一个申诉、翻案的。
“四人帮”在上海经营十年，“四人帮”重用的人不可能都受到惩罚，只能对那些罪大恶极的少数分子判刑。他们重用的人中，亦不乏才干之人，后来这些人因没有做结论、装档案而得到重用、提升。1984-1986年整党，有些人到了北京，向中央领导人反映，你看某某人，他是“三种人”，造反起家，坐直升机上去现在做了高级干部。有人认为王少庸“免予起诉，开除党籍”处理轻了。王少庸是个老干部，上海市委书记。上海群众对他意见很大，上海所有老同志抓起来都是他批的。这算不算证据？这不能算罪的证据，因为，那是“四人帮”控制下的市委讨论通过的，他敢不批吗？严佑民到中纪委汇报工作，中央管清查的干部问明情况以后，对有意见的人表示：那你说怎么处理这些人，把他开除中国国籍？把他关起来？不能这样做。
这样的回答是因为党中央的政策是一贯的。华国锋当时明确提出！我们不会采取‘四人帮’的办法，乱戴帽子，乱整人。”一再强调党的政策是“缩小打击面，扩大教育面”，“缩小打击面到‘四人帮’及其一小撮不肯改悔的死党身上”。上海市委坚决贯彻中国共产党一贯的方针政策。1980年彭真主持审判“四人帮”的工作，仍然坚持这个正确的政策。坚持划清罪与非罪的界限。彭真说：这些材料好多都是路线问题，我们今天审判路线吗？不是。我们审判是审判罪。上海清查没有扩大化，没有再搞“一年运动，三年收尾”，使干部尽快摆脱“文革”中的纷争，使工作、建设尽早走上正轨，为国家的建设保存了一批有才华的干部，使他们在四个现代化建设中发挥才干。
另外，1978年4月16日，严佑民在区县局干部会议上就贯彻中央12号文件的讲话中特别提到对待“四人帮”骨干分子的家属和子女的问题，他说：要把父母的问题和他们子女加以区别。要相信他们中间的绝大多数是可以教育、争取过来的。对他们不要歧视，要循循善诱，
讲清道理，多做耐心细致的思想工作，充分调动他们的积极因素，在各自的岗位上，为社会主义事业贡献力量。一年多来，我们在大学招生的政治审查中，就是这样掌握的，就是王洪文的家属和孩子，我们还是让她们上班工作或上学。我们继续这样做。这同林彪、“四人帮”株连家属、子女做法完全不同。
从1976年10月下旬到1979年年底，上海不仅基本查清了“四人帮”篡党夺权阴谋活动的重大事件，摧毁了“四人帮”在上海的帮派体系，而且上海在清查工作中获得的“四人帮”罪证有98件被选人中央印发的“四人帮”罪证材料之中。在审判“四人帮”时，上海向法庭提供的证据达174件。主持审判“四人帮”的彭真曾当面表扬严佑民，说：上海对“四人帮”的揭、批、查斗争是彻底的，审判“四人帮”时，上海提供的罪证材料占1/3。没有上海的材料，审判“四人帮”就无法进行。曾任上海市副书记、副市长的陈锦华在2005年回顾这段经历时，意味深长地指出！中国革命和建设的历史证明，一个好的政策，而且执行得好，一定会争取人心，凝聚力量，把事情办好。相反地，一个错误的政策，或是好的政策执行得不好，发生偏差，往往也失去人心，得不到支持，工作也做不好，走向失败。”
1981年7月13日，“两案”审判办公室负责人在全国省、市、自治区座谈会上的讲话分析说，各省、市、自治区的揭、批、查斗争大体有三种情况，一是揭、批、查搞得比较好，比较健康、政策掌握得比较好，处理的人不是太多，定性也不算太高，至今申诉的人也不多，在运动中按照政策办事，以理服人，没有违反政策的现象，如上海。
调整领导班子四原则
根据中央指示，在清查的同时，开展清查区、县、局以上的领导班子。上海市委决定由林乎加、严佑民、王一平和中央组织部的局长赵振清具体负责，他们将各组（办）和区、县、局共103个领导班子分为三类：
第一类，31个领导班子比较好，立场坚定，旗帜鲜明，群众信任，领导运动比较主动，革命和生产形势都很好。对这样的班子依靠、支持。
第二类44个，主要领导成员说过错话，做过错事，经过帮助，在揭批“四人帮”以及马、徐、王的斗争中，把自己摆进去，认真进行自我批评，取得群众谅解仍可以留在领导班子中。或虽无大错误但领导弱，班子不够整齐，目前领导运动和工作比较困难，需要加强，就适当调整充实。并通过“三大讲”等形势帮助他们转变立场，搞好运动，抓好工作。
第三类，28个领导班子问题严重，有的长期被“四人帮”控制，基本烂掉，如总工会、妇联、民兵指挥部、组织组、写作组、轻工局、纺织局、一机局等，要下决心逐步彻底改组。目前已派有工作组参加领导，帮助工作，或从组织上整顿、彻底改组。
对班子问题的解决，苏、倪、彭根据中央“破得彻底、立得正确”的指示，先委派一、二、三把手主持工作的办法，再解决整个领导班子问题。目前能够不动的，尽量不动，留到运动后期再作调整。或以帮助工作的形式，看准以后再作正式任命。
在方法上，自上而下，先上后下。一是先解决市委和市革委会各组、办的领导班子和区、县、局的领导班子，再逐级抓下去；二是先充实领导力量后调整领导班子，使领导不中断，工作不脱节。三是先派工作组或派领导干部去主持工作，经过一段时间的考验，看准了再任命正式职务；四是先配好第、二后决领导。
对充实进区、县、局的以上领导班子的，主要从以下三部分人中选拔、遭受“四人帮”及其余党迫害、排挤的老干部；2、把在“四人帮”横行时敢于抵制、敢于斗争、在揭批“四人帮”的斗争中、工业学大庆、农业学大寨的先进单位的领导干部和有一定实践经验的中青年干部；3、劳动模范、先进工作者。
在选拔使用干部、搭配领导班子，上海市委坚持反复研究商量，充分走，做到人。
在建立新班子时，上海市委突出抓了以下几条！
第一，强调建老中青三结合、精干的、能实干的领导班子。对“四人帮”及其余党突击提干的人注意作具体分析，凡是问题不大、表现比较好的，这次建立班子适当予以保留。注意配备熟悉本行业务的“实干家”和勤勤恳恳、埋头苦干的“红管家”，不说空话，会干实事，又红又专的干部选拔到领导岗位。因此新的领导班子，人员精干、分工明确，政治、业务、后勤等各项主要工作都有人抓，领导比较得力。
第二，把整顿领导班子和落实党的干部政策紧密结合起来。通过领导班子，到1979年5月已有267位长期没有分配工作或分配了工作但使用不当的原部、局干部担任区县局的领导工作。那些对“四人帮”深仇大恨的同志，被放在重要部门担任第一、二把手，充分发挥他们的作用。另有66位年老体弱的领导同志担任顾问。党的干部政策得到落实，这些老干部心情舒畅，精神振奋，干劲十足，对工作抓得很紧，很快改变了本单位的面貌。
第三，特别注意选配好第一、二、三把手，在此前提下，要把“四人帮”横行时，敢于抵带彳、敢于斗争，在揭批“四人帮”的斗争中立场坚定、旗帜鲜明、密切联系群众的班子，凡属于“风派”、“震派”、“溜（溜须彳自马）派”人物，凡是政治品质恶劣、作风彳艮坏、投机钻营、玩弄权术的人坚决不让他们进领导班。
第四，并且十分注意整顿好组织部门。“四人帮”横行时，上海区县局以上的组织部门基本上被“四人帮”所巴持，成了“四人帮”及其余党整人的部门，网罗党羽、培植亲信的工具。粉碎“四人帮”以后，上海市委十分注意整顿组织部门，把那些不适宜做组织工作的坚决调离，同时充实了一批作风正派，办事公道，不信邪的干部。市委还经常抓组织部门思想上、作风上的整顿，帮助他们肃清“四人帮”的流毒和影响，恢复发扬党的优良传统和作风。粉碎“四人帮”以前，全市区、县、局以上领导岗位上的干部有1170人。到1978年底经过两年多的努力，列为清查对象的有478人，占41%，其中采取组织措施的有249人，“讲清楚”对象219人。1978年底全市区、县、局以上领导班子的成员，与粉碎“四人帮”以前相比，主要负责人调整了80%以上，领导成员调整了60%以上。经过几个月的验收，区、县、局以上的领导班子没有发现漏查的帮派骨干分子。
上海是“四人帮”发迹之地，张春桥常说“文化大革命”是“改朝换代”，“一月革命”夺权后，他们不分青红皂白实行全面打倒，对干部实行残酷斗争，无情打击。“文革”前，全市共有局级以上干部1054人（包括华东局136人），到1976年已死亡60人，离休、调出99人，尚有895人。1976年10月时，“文革”前局级干部被打倒、未分配工作的五六百人，1978年年底前安排的有473人，占74。2%。
1978年到1979年，在揭批查的基础上，对区县局领导班子第二次作了重新调整，有367人调离岗位或调高了他们的职务或做出其他处理，并陆续安排了一批受“四人帮”打击迫害的干部加强各级领导班子。1979年继续安排“文革”前的局级干部134人，占21。2%。到1980年1月，前原局级以上干部95。2%先后安排使用。“文革”前的局级干部受审查61人，定敌我矛盾性质需要判刑和开除党籍7人，拟定政治错误的10人，属于说错话做错事的32人，定性尚待研究的1人。
由于严佑民在清查中做的工作卓有成效，1979年12月他被选为上海市第七届人大常委会主任，市委第二书记。
