唐太宗李世民不愧是爱惜忠良的一代明君，在阅览了法琳的对答之后，怒气顿消，宽大为怀，准备将其释放。而宪司却不同意，认为“诸指斥乘舆者，罪当大辟”。太宗反而为法琳辩解道：“法琳虽然毁谤我的祖宗，但并非是无凭无据之说，死刑就免了吧。”最后，朝廷决定免除法琳的死刑，改为流放益州。
法琳死里得生，却并未暗自庆幸，对佛教发展的前景，依然感到惆怅万分。回首自己的一生，童真入道，辗转求学，穷究十翼，包纳九流，护法卫教，披肝沥胆，制论上表，刚正不阿，最后却落得如此下场，不禁悲从心来。遂以屈原自许，借词抒怀，赋《悼屈原篇》一首：
何天道之幽昧兮，乖张列宿；使忠正之屈原兮，而见放逐。谗佞从旨兮，位显名彰；直言不讳兮，遂焉逢殃，和璞捐于山泽兮，燕石为珍；西施屡而不幸兮，嫫母见亲，抚心思念屈原兮，博达广识；君王不察其贞正兮，斥逐去国；凤鸟尚知怀德兮，见覆巢而高翔；麒麟犹忻有道兮，瞩不仁而腾骧，忠谏之不入兮，箕子佯狂；杜伯之谅直兮，遭尤逢殃，比干正而剖心兮，伍子胥贞而挟眼，痛清
白之屈原兮，沈汨罗而不返。
就在这个时候，京城的佛教界传出流言。有人认为：法琳身为一名僧人，不能静思澄神，求出要道，却为博得一己之名，肆意撰写《破邪论》与《辩正论》，最终聪明反误，致使唐太宗嫌恶佛教。如果他真的想维护佛教的话，还是赶快离开京城，迁徙剑南（四川）为妙。法琳听到这样的流言，更是痛心，对自己的朋友说：“以前傅奕、刘进喜、李仲卿等人制论排佛，致使佛教陷入尴尬的局面，当时也有许多高僧斥责他们，却没有得到良好的效果。所以我才撰写《破邪论》与《辩正论》，引道家之经典斥责道教之虚妄，使得这些反佛道士闭口缄默。然而，时过境迁，却有这样的流言出现。殊不知，屈原虽因纳谏而遭流放，其忠正依然为人所仰，卞氏虽因献璧而遭刑罚，其宝玉依然价值连城。”针对这些流言，法琳也写了一首诗予以回答：
仆秉屈原操，不探渔父篇。
问言蓬转者，答为直如弦。
法琳启程迁徙益州，僧俗闻讯，纷纷前往送行，大家跟随法琳的车乘一直步行到郊外。法师辞诀友人，又为诗曰：
非意延非罪，离友复离亲。
山川万里隔，方劳七尺身。
游魂长去楚，分念独留秦。
自匪相知者，谁怜死别人。
与历史上的许多大德高僧一样，法琳对自己的生死也有预感，不仅在诗中提到“游魂”与“死别”，并在临行之际再三谓众人说：“今被南迁，幸希诸德，寄目传书，时访生死”。目睹法琳的身影消失在天际，大家不禁涕泪悲戚，失声痛哭。
贞观十四年（640）夏六月丁卵，法琳行至百牢关菩提寺（今陕西省勉县西南），身患痢疾，遂致不救，于七月二十三日圆寂，终年六十九岁。在生前好友慧序法师的提倡下，僧俗众人将他厚葬于百牢关东山之顶，并高树白塔，勒铭志之。过关来往的行人，遥望白塔，莫不缅怀悲涕。
法琳圆寂的消息传至京师，朝廷上下深感惋惜，大家都知道法琳是被道士秦世英所诬，遂对其深恶痛绝。曾经审问过法琳的御史韦惊，借故上表，言秦世英行为不检，疑阳庶俗，于是朝廷将其逮捕伏诛。这也正应了因果报应之说。
关于法琳的传记，主要有唐代道宣法师撰写的《续高僧传》卷二十四《唐终南山龙田寺释法琳传》。在虞世南的《襄阳琳法师文集序》和陈子良的《辩正论序》中也有其生平记载。宋代李昉等编撰的《太平广记》中收录了一则关于他的传说故事。此外，唐代彦悰法师撰写的《唐护法沙门法琳别传》三卷，以纪年为纲，将法琳的生平、作品及有关诏、序等包罗无遗，而以作品为主，以佛道论衡为重点，其中纪年和记事，可补《续高僧传》之不足。
有关法琳的著作，由唐初著名书法家、时为太子中书舍人、凌烟阁二十四功臣之一的虞世南将其整理成为《襄阳琳法师文集》，并亲自为序。虞世南此举的初衷，正是念及友情，如他在序言末尾所言：“法师与余，情敦淡水，义等金兰。虽服制异宜，风期是笃。辄以藤绠，联彼圭璋，编为次第。”除《破邪论》、《辩正论》之外，《襄阳琳法师文集》还收录了法琳撰写的《诗赋》、《碑志》、《赞颂》、《箴诫》、《记传》、《启论》以及《三教系谱》、《释老宗源》等文，合成三十卷。此文集如今已经佚失，只有虞世南所写的《襄阳琳法师文集序》被收录于《大藏经》，流传下来。而此《襄阳琳法师文集序》（又称《破邪论序》）的拓本，也成为后人研究虞世南书法的重要作品，现为日本收藏家三井高坚所藏。此外，清代文人董诰等编修的《全唐文·卷九百三》中收录了法琳所著文章十二篇；光绪年间由陆心源撰写的《唐文拾遗》中，依据《续高僧传》的内容辑录了法琳的文章三篇；当代学者陈尚君编写的《全唐诗补编》中收录了法琳所撰诗五首。
早在法琳撰写《辩正论》之时，唐初名相杜如晦就曾写信称赞他为“护法菩萨”。《太平广记》中亦有言：“佛法得全，琳之力也，佛经‘护法菩萨’，其琳之谓乎？！”纵观法琳的一生，莫不是与护法卫教息息相关，并最终献出了生命。正如他常引“屈原纳谏”与“卞和献玉”的故事以表达自己的意志一样，法琳虽因护法直言而遭流放身死，但其“护法菩萨”之名依然代代流传下来。
§§§第二节 傅奕的排佛论与法琳的《破邪论》
关于反佛论者傅奕的传记，《新唐书》列传第三十二与《旧唐书》列传第二十九皆有其本传。《广弘明集》与《法苑珠林》中也曾有记载，但所载籍贯却有出入。正史称他为相州邺人（今河南安阳），《广弘明集》卷七称他为北地泥阳人（今甘肃宁县），《法苑珠林》卷七十九称他为太原人。一般学者以正史记载为准。正史中对于傅奕在“隋开皇中，以仪曹事汉王”之前的事迹没有提及，这一点，在《广弘明集》中却记载颇丰：
傅奕，北地泥阳人，其本西凉，随魏入代，齐平入周，仕通道观。隋开皇十三年，与中山李播请为道士，十七年事汉王，及谅反，迁于岐州，皇运初，授太史令。
北周武帝字文邕于建德三年（574）五月，下诏废除佛、道二教，发动了中国历史上第二次大规模的灭佛运动。是年六月，武帝又下诏立通道观，选任佛、道、儒三教名流充当学士，作为研究三教哲理的机构，企图使“圣哲微言，先贤典训，金科玉篆，秘迹玄文，所以济养黎元，扶成教义者，并宜弘阐，一以贯之”。建德六年（577）正月，武帝灭北齐，同时把北齐境内的僧侣、道士及有关宗教人士均充作通道观学士，时年二十三岁的傅奕也加入了通道观学士的行列。
隋朝建立之初，文帝在大兴城（即长安）左右两街设立了大兴善寺与玄都观。玄都观建成之后，便将周代的通道观迁徙过去，此时的傅奕又随之进入了玄都观。在多年的学习研究过程中，傅奕一直对道教经典情有独钟，尤其精通于天文历算。隋开皇十三年（593），傅奕与中山李播一起申请当道士，获得了朝廷的允许。然而傅奕志非出家，心中却一直构想着政治仕途，在当了四年道士之后，突然还俗，出仕汉王谅，担任了仪曹一职。而据唐代杜佑撰《通典·职官五》记载，隋文帝时并无“仪曹”名，炀帝时才改礼部员外郎为仪曹郎，所以说，傅奕虽然出仕于汉王谅，却没有担任一项正式的职务。
隋炀帝即位后，汉王谅随即举兵起事，兵败后被幽禁而死，部下受其牵连则被诛杀。因傅奕没有附和汉王谅的谋反，则免去了死刑，迁徙扶风。李渊此时为扶风郡太守，对傅奕颇加礼遇，两人建立了深厚的友情。待到李渊建立大唐，便任命傅奕为太史丞，不久又晋升为太史令。傅奕终于等到了表达自己政治主张的机会，不仅屡屡上呈的天象秘奏甚合上意，亲自制定的“漏刻新法”也在武德三年（620）获准旌行。
武德四年，傅奕上疏《请废佛法表》，掀起了唐初批判佛教的运动。高祖李渊接到上疏之后，颁发了《问出家损益诏》以征求沙门的意见。此时居于济法寺的法琳法师上疏回答了诏问，并频谒朝堂，最终也没有得到答复。总持寺的普应法师亲自前往“秘书太史局”要求同傅奕公开论战，却被斥为“秃丁妖语”，不予理睬。普应只好退回去撰写《破邪论》两卷，以驳斥傅奕之说。许多佛教学者也纷纷撰书以回应傅奕的上奏，比如绵州振响寺明□法师的《决对傅奕废佛法僧事》、前扶沟令李师政的《内德论》和《正邪论》等。法琳备览诸文，仔细研读，觉得这些文章都是“各疏佛理，具引梵文”，然而作为批驳依据的佛教经论，正是傅奕所攻击的对象，未免显得苍白无力。所以法琳征求大家的意见，说：“经教弈之所废，岂得引废证成？虽欲破邪归正，未遣邪原。今案孔老二教师敬佛文，就彼宗承，斥其虚谬。”众人均认为他的建议非常正确。于是，法琳依据儒、道二教中“敬佛为师”的文献，执笔撰写了大概八千余字的《破邪论》一卷。
有关傅奕排佛论的背景以及法琳《破邪论》的成因，日本学者砺波护在其著作《隋唐佛教文化》第二章中有详细的描述，唐初其他佛教人士对于反佛论的辩斥，也可见于一些学者的相关论著中。本文更不多言，仅对傅奕的排佛论以及法琳法师的辩证向大家简略介绍一下。
傅奕于武德四年的上疏，原文已佚。其序言部分在法琳法师的《破邪论》与道宣法师的《广弘明集》卷十一中收录大概，题为《太史令朝散大夫臣傅奕上减省寺塔废僧尼事十有一条》，正文部分也可在《广弘明集》卷七《叙列代王臣滞惑解下·唐傅奕》条与明□法师的《决对傅奕废佛法僧事》一文中了解大致。清代在编修《全唐文》时，将傅奕上疏的序言与正文从释典中简略整理出来，收录于第一百三十三卷，题为《请废佛法表》。综合上述文献，我们可知傅奕上疏的大意：
臣傅奕听闻，上古中国的明君，教化黎民采纳老子的遗风，施行政治符合孔子的教诲，虽然圣贤有先后，但是道德不别，朝代有更迭，治术却相同，在那样的社会里，八十老父，击壤而歌，十五少童，鼓腹为乐，耕能让畔，路不拾遗，孝子承家，忠臣满国，国君有难，敢于殉命以显忠；父母有病，能够终身以侍奉，为什么会出现这样的太平盛世呢？实乃共遵李孔之教，而无胡佛的缘故，自汉明帝夜梦金人，胡佛传入中土以后，华夏文明受到了染污，扰乱了民众的视听，士绅们以翻受秃丁的邪门戒律为荣耀，儒生们也以谈论妖胡的浪言呓语为风气，壮丽的伽蓝，劳役工匠；金银的佛像，耗尽国蓄。这样的剥削民财，消耗国贮，朝廷贵臣却仍然执迷不悟，实在令人痛心，伏愿陛下将胡佛邪教退还天竺，凡是沙门，放还归乡，令其服役课税，臣傅奕诚惶诚恐，谨上《益国利民事十一条》：
一、请僧尼六十以下，简令作丁，则兵强农劝。
二、寺作草堂土舍，此则国力又增其倍。
三、诸州及县减省寺塔，则民安国治。
四、僧尼衣布省斋，则贫人不饥，蚕无横死。
五、断僧尼居积，则百姓丰满，将士皆富。
六、帝王无佛则大治年长，有佛则虐睡祚短。
七、封周孔之教，送与西域，胡必不行。
八、统论佛教，虚多实少。
九、隐农安匠，市廛处中，国富民饶。
十、帝王受命，皆革前政。
十一、直言忠诤，古来出口，祸及其身。
纵观疏文的内容，我们不难看出，傅奕的真实目的便是妄图在高举充实国家财政、增强武事兵略、维护伦理道德、激发民族意识的旗帜下，掀起一股针对佛教经济予以彻底制裁的排佛运动。自古以来，国家财政的收支是统治阶级关心的头等大事，所以傅奕在《益国利民事》的第一至五条中重点讲述了废佛对于国家财政带来的种种益处，企图以此打动高祖。序文中“请胡佛邪教，退还天竺，凡是沙门，放归桑梓”与第一条“僧尼六十以下，简令作丁”的言论更是疏文的重点所在。然而，仅从经济、军事、人口等问题上展开论述，略显简促，并不能驳斥佛教的教义。傅奕继而在后面几条中从汉民族的传统意识与伦理道德的论点出发，围绕旧有的“忠孝伦理”和“夷夏之辨”的问题加以申辩，认为“欲求忠臣孝子，佐世治民，惟《孝经》一卷，《老子》二篇，不须广读佛经”。而第十条中，所谓的“帝王受命，皆革前政”，似乎与批判佛教没有直接的联系，实则是曾经身为道士的傅奕对于隋朝偏重佛教的政策感到甚为不满，进而向初登帝位的唐高祖大胆提出改变宗教政策的建议。
武德五年正月，法琳完成了批驳傅奕上疏的《破邪论》。此文后来被收录于日本《大正新修大藏经》的第五十二卷，共分六个部分：第一部分是虞世南所写的《襄阳琳法师集序》，此序文虽然并非专为《破邪论》而写，却着重叙述了《破邪论》的成因，并将法琳法师的生平事迹、修行造诣以及思想性格做了简略的介绍，给人以提纲挈领之感。第二部分收录了法琳于武德五年正月二十七日上呈给皇太子李建成的《上殿下破邪论启》。启文中，法琳高度赞扬了儒道二教对于倡导人伦信义所做出的贡献，同时也指出了它们的局限性，即是“未达生死之源”。其言辞恳切，护法之情溢于言表。第三部分收录了正文所要驳斥的论典，也就是傅奕的《太史令朝散大夫臣傅奕上减省寺塔废僧尼事十有一条》，并在字里行间附加弹击之语。第四部分收录了法琳上呈秦王李世民的《上奉秦王论启》，末后题为“武德五年正月二十七日启”。而据《法琳别传》记载，这篇启文应该是在武德六年五月二日上呈秦王的。李世民也正是在看到这篇启文之后，在李渊耳边着实为佛教说了不少好话。第五部分为正文，即法琳所撰《破邪论》。第六部分收录了唐高祖在接到傅奕上疏之后颁发的《问出家损益诏》以及法琳的《答诏问》。八千余字的《破邪论》，基本采用“骈体文”而成，对仗均衡、辞藻华丽，虽为佛学论著，仍然凸显出极高的文学价值。论证方面，多以外典为据，破邪显正，结构清晰，驳论娴熟，难怪此论一经问世，便使得“朝贤贵士，咸诵在心；遁世名儒，家藏一本”。
自古以来，中国社会一直是以儒家礼教来维持国家秩序，而儒家的忠孝伦理思想更是区别于其他诸家的重点。傅奕从此入手，言佛教僧人的做法与传统思想背道而驰，“出臣子之门”、“不侍二亲”、“入国破国”实乃不忠不孝，更违背了“修身、齐家、治国、平天下”的君子纲常。对此，法琳驳斥说：
夫出家者，内辞亲爱，外舍官荣，志求无上菩提，愿出生死苦海，所以弃朝宗之服，披福田之衣，行道以报四恩，立德以资三有。
在法琳看来，僧人虽然是形式上的“割爱舍官”，但较之儒生、道士们“立身处世”的思想境界来说更高一筹，那就是“志求无上菩提，愿出生死苦海”，若说僧人不忠不孝，更是妄言，因为僧人是以真实的修行来回报“父母、国土、众生、佛陀”的恩德，以树立高尚的品德来教化三途六道的众生。其实，在佛教“经、律、论”三藏中，不乏有提倡忠孝的经典，比如《父母恩重难报经》、《佛说净饭王般涅粲经》、《地藏经》、《梵网经》等等。唐初，随着《佛说盂兰盆经》的普遍流通，“目连救母”的故事也被广泛应用到民间画册与戏剧舞台。然而法琳并没有把这些佛教经典吸收为驳论的依据，而是将孔老二教与汉魏史籍中记载的儒、道祖师尊敬佛陀的典故摘录出来，进而对傅奕所谓“胡鬼秃丁，滑稽大言，不及旃孟”的论点加以驳斥。比如：
