随后经过清点，此战击毙清兵一万二千人，俘虏两万余人，麻勒吉于官邸自尽，傅塔喇和郎廷玉死于乱军之中，其麾下的满族军官也大多战死，其余大部分汉族官员士卒，均成为明军俘虏。
由于火器优势太过明显，此战明军战死者千余人，受伤残废者三百余人，相对于一场攻坚战来说，代价已经是出乎意料的小，而这自然和清兵已经丧失斗志有很大关系，其中近七成的人员死伤，都是在后续进攻满族内城之时，围剿几名满清重将产生的，所谓狗急跳墙么，何况是本就凶残的鞑子兵？到了八月二十八日，明军终于彻底的肃清全城，完全控制了这座天下雄城。
九月一日大清早，沐剑声在一干亲卫的护卫下进入南京城，这样在时隔三十余年之后，大明的日月金龙旗重新插上了南京城楼之上。手抚城墙上兀自残留的斑斑血迹，看着在炮火打击下残破的街道和房屋，沐剑声感慨万千，战争的残酷性让人揪心，可是这种残酷却又无法避免，之前有赣州城，这次是南京城，之后还会有许许多多的城池，还会发生类似一幕，自己必须要冷静面对，作好一路血战前行的准备。在二十多年之前，国姓爷郑成功曾经有机会夺取此城，可惜最后却功败垂成，痛失好局，为天下人所痛惜，好在现在自己终于夺下了南京，也就得以平复国人心中的那份伤痛。如今自己距离成功的目标又迈进了一大步，以此城为根基，发挥水军的优势战力，只要掌控了长三角膏腴之地，控制住长江水道，则扫平江南指日可待，那时也就有了真正和康熙吴三桂平起平坐的资本，而等到自己真正的消化掌控了整个江南这片土地，只需要再经过短短几年时间积累，自己就能够全方位超越两家对手，那时也就有了一统天下的实力。
的确，攻占南京的意义太过巨大，无论从政治方面，还是军事战略方面，都足以震惊天下各方，整个明军从上到下自然都十分兴奋，免不了连连举行了庆功大会，庆功酒筵等等。当然为了安全起见，沐剑声又下令加强戒备，狠抓军纪、严防奸细，死守城池的同时，命令以张清山手下主管情报的人员为指挥，派出数支小队，进行明察暗访，大力肃清隐藏于各处的敌对分子，保证南京城内外的稳定。
此战的缴获极为丰厚，通过对满清大小藩库的清点，对鞑子要员府邸的清查，和对大小汉奸官员的清查，以及对一些劣迹斑斑的商户的清查，加上对满城里那些满人的彻底清算，仅仅查抄的现银，就超过了一千三百万两，另有各种黄金七十余万两，珍宝古玩字画等价值超过两千万两，数量极其惊人。
在这数额里面，又有近半都是从小小的满城里面查抄而来。面对明军的刺刀，为了保住性命，这些贪生怕死不明真相的满人，几乎都掏空了所有的家底和私藏，几十年苦心掠夺经营尽皆成空。
此外明军还缴获了大批的军械粮草等急用物资，其价值也有数百万两之多，还有大批的土地田产商铺等等，几乎多不胜数，价值更是难以估算。当初在鳌拜时期，清廷大肆推行圈地之法，使得南京城附近的大片土地都被满清勋贵圈占，到如今全都归于王府名下，于是成为沐王府安顿江南人心的重要筹码。
看着这些个惊人的数据，沐剑声感慨万千，难怪说这里是天下财赋中心，由此来看，果不其然啊，而这些满人身家的丰厚，也实在出乎意料，看来以保留性命为条件对他们进行清算，是一条很明智的策略，慕天颜啊慕天颜，你的这份投名状，分量的确很足啊，看来不重用你都不行啊，沐剑声感慨道。
沐剑声为何会有此感慨？一切的原因，都是因为在破城之前，作为清廷江苏巡抚的慕天颜就看出形势不妙，为了提前给自己留出退路，于是提前偷偷的派出心腹人员，携带自己的投效书出城，向明军统帅沐剑声投诚。慕天颜这个人，实为清廷江南官场的不倒翁，颇有手段和心计，先后经历郎廷佐、麻勒吉、阿席熙，再到麻勒吉，期间都能够平安无事，还不断升迁，成为一省要员，可谓深得官场精髓。
这一次他眼看明军势大，南京已然不保，此后江南之地也势必被明军夺占，天下南北分裂已成定局，所以为了搏个前程，觉得自己必须提前投注，于是就有了提前派人下书的行动，就此成为了清廷投效大明的第一位封疆大吏。
为了给沐剑声留下好印象，慕天颜不但把城内的几处关键所在予以指点外，比如藩库、银号、仓库等，还提出了一个敛财的门路，就是设法从那些满人身上刮油水的办法，并且把一些身家不菲的人员予以列出，可谓‘用心良苦’。
他在信中还点出，那些住在满城里面的满人，身家大多不菲，所以只要能够让他们出血保命，那么收获肯定不小，慕天颜的这个办法，给了沐剑声很好的提醒。其实在此之前，沐剑声对于如何处理满城里面那些满人，一时还拿不定主意，全部杀了自然会有负面影响，可是就此释放，却难以让手下众人心服，毕竟两族之间的仇深似海，扬州十日和嘉定三屠，犹自在许多老人的记忆之中，自己不能不考虑这些因素而轻易作出决定。
不过现在有了慕天颜提供的这个办法，就有了解决问题的途径，虽然它还不能让所有人心服，不过却可以成功的避开滥杀的污点，在达成目标的同时，也能够让绝大多数人接受。哪怕就是敌对一方，也无法就此事进行质疑，自己毕竟没有斩尽杀绝，还是留下了这些满人的性命，所以就不用担心清廷进行报复，毕竟北方还有亿万汉族子民，自己不能够给康麻子下狠手的借口。于是在进攻满城之前，沐剑声就严令各部进攻的官兵，进城之后不得滥杀里面的满人，这样就得以保住了绝大多数的满人性命。
虽然士兵们对于绕过满人性命的命令有所质疑，不过明军的严密军纪还是不可抗拒的，这样满人死伤很少。在占领全城之后，沐剑声下令大搜满城，随后集结起全部的满人，宣布让这些人献上买命钱，否则就要以扬州旧事为借口进行屠城。
在这样的威逼之下，这些满人只好舍财买命，试想城内上万满人，累积下来的数目何等巨大？这些人战战兢兢地献上买命钱，随后被全部押往城外的军营予以集中看押，充当为人质。这些满人里面，亲贵子弟不在少数，于是沐剑声网开一面，对于那些手上没有什么血债，而且家资颇厚之人，允许他们设法筹资赎身，当然价码自然不低。
随后这些人为了活命和自由，只好写了书信，派下人往北方的家人或亲友传讯，设法筹集银两赎身，最后有数百人都成功赎身，返回北方，让王府小赚一笔。当然，一些手上有血债的满人，在查明之后予以正法，以此来收拢民心，而其余的那些人则暂时编入劳工营，负责修路架桥等，为建设江南做贡献。
肃清满城之后，明军的指挥中心则暂时搬进满城里面安顿，通过一系列的手段，沐王府再次平添巨资，再加上其它地方的收获，后续的发展资金已经完全不用发愁了，战争果然是获取财富最有效最直接的方式。此后，慕天颜因为献策有功，被沐剑声指派为南京府丞，协助大军安顿城内人心，而有了这个熟悉内情的带路党献策，后续各项工作就轻松许多，更多的俘虏以他为榜样，迅速投靠王府。
不过这些人的反应已经太迟了，沐王府早有江南官场的具体资料，对于这些官员也早有评定，随后少部分人员被留用，部分人员被扔进学校回炉改造，待学成后再任用，而大部分官员都被定罪，随后，其中一部分人员在缴纳了足够的赎金之后予以释放，保住了性命，而一部分人员继续被关押，少数人员因为罪大恶极而被清算。
这样算来，从八月十五日出兵北上，到八月二十七日占领南京，前后仅仅半个月时间，明军就在沐剑声的带领下，以迅雷不及掩耳之势，成功夺占了满清江南腹心大城南京，完成了又一次漂亮的掏心之战。此战之后，沐剑声的赫赫威名迅速传遍天下，名震四方，其个人声望迅速飞涨，力压同时代的诸多名将和前辈，包括秦良玉、李晋王、郑成功等人，都被他远远抛在身后，被很多人称为天下第一名将，又被称为新一代军神，被视为兴复大汉江山的柱石人物。
