林肯遇刺后，继任的安德鲁·约翰逊推行了一系列南部重建纲领。根据这些纲领，南部同盟旧官员再度控制州政府。这种政策遭到共和党激进派的坚决反对。1877年南、北妥协。重建遂以牺牲黑人利益、民主党在南部重新执政而告终。重建后，种族主义势力再度抬头，种族隔离日趋严重，《黑人法典》的出台和“三K党”的出现，使黑人的处境雪上加霜。
约翰逊重建南方
1865年4月14日，副总统安德鲁·约翰逊宣誓就任总统。1865年5月29日，约翰逊发表《大赦宣言》。《宣言》宣布按照林肯于1863年发表的《重建与大赦宣言》，除了不予赦免的14种人外，一切叛乱者概予赦免，并恢复其除奴隶之外的一切财产。约翰逊的《大赦宣言》发表后，提出特赦请求的约有1.5万人，获得总统特赦者达到1.35万人。特别值得一提的是，约翰逊明确提出，对于“有罪的黑人”，一个也不予赦免，而各州的制宪大会代表则应完全由白人选出。
为了避免国会干预，约翰逊利用1865年国会休会期间加紧推行重建纲领。《大赦宣言》发表后一个多月时间里，约翰逊先后发表了有关南北卡罗来纳、佐治亚、密西西比、得克萨斯、亚拉巴马和佛罗里达等7个州的重建宣言，并任命了临时州长。到1865年年末，这些州在不让黑人参与的情况下，制定了州宪法，建立了议会和政府，选出其参加国会的参众议员。选出的国会议员中，包括原南部同盟的副总统1人、将军4人、上校5人、内阁成员6人、国会议员58人。
《黑人法典》
约翰逊的重建纲领实施之后，逃亡的种植园主纷纷返回故乡，夺取被黑人分掉的土地。在各州批准第十三条修正案的同时，南部各州先后制定了《黑人法典》。这些《黑人法典》限制了黑人的自由和民主权利，在政治上，黑人没有选举权、参政权和陪审权；在经济上，黑人不能拥有土地，无权自由选择职业，只能根据合同在种植园主的土地上从事强制性劳动……在人身自由和基本权利方面，黑人无权自由迁徙以及选择居住地，有些州专门划定了黑人居住区，严禁黑人与白人通婚。
三K党
在南部各州制定《黑人法典》的同时，一个仇视黑人的恐怖组织兴起，这就是臭名昭著的“三K党”（三K是英文Ku Klux Klan的缩写，原意为“党派”）。三K党是1866年在田纳西的普拉斯基创立的。三K党的大多数成员是前南军的各级军官，其领导人中有二十多人是南军的将军和校官，该组织的首领是内森·贝德福德·福雷斯特。到1868年，三K党已经发展成头戴兜帽、全力维护白人至上地位的恐怖组织。
在约翰逊任内，三K党的恐怖活动屡见不鲜。1866年4月，孟菲斯发生黑人与警察的冲突，白人暴徒借机向黑人居住区发动袭击。在3天的烧杀劫掠中，46名黑人被杀，八十多人受伤，9家黑人住房被焚毁。同年7月，在新奥尔良，当地黑人和激进派举行反对《黑人法典》的群众大会，遭到由前同盟将军谢里夫率领的大批白人暴徒袭击，导致48人死亡，一百六十多人受伤。在1868年竞选期间，在路易斯安那、佐治亚、阿肯色和田纳西，三K党及类似组织异常活跃。阿肯色发生了二百多起政治谋杀，其中一名共和党国会议员在10月22日遭伏击身亡。
据说，1869年，格兰德·威扎德·福雷斯特下令解散了三K党，但是三K党的活动从来就没有停止，他们继续从事恐怖活动。事实上，三K党已经变成南部民主党用来推翻南部共和党统治的一支准军事组织。
