公元前195年左右，西汉高祖十二年。中原战乱四起。燕人卫满率部千余人逃往箕氏朝鲜，后于公元前2世纪初推翻箕氏的后代准王，建立了卫氏朝鲜，其统治中心在现大同江中游一带，之后，又有大量燕人向朝鲜半岛的北部迁入。
公元前108年，汉武帝灭了卫氏朝鲜，在朝鲜半岛的北部建立了乐浪、临屯、真番、玄菟等郡县，史称“汉四郡”，大量汉人迁到朝鲜半岛。汉魏之时，在朝鲜半岛南部分3个部落联盟集团，即马韩、辰韩、弁韩,史称三韩。
公元1世纪开始，中国东北地区兴起的高句丽人，通常认为其主源为夫余人等貊族后裔，沿鸭绿江流域南下，占据朝鲜半岛北部，并于427年迁居平壤，大量的汉人迁入，在高句丽统治下，一起又融合成新的民族；同时，部分高句丽人南下，与半岛南部的马韩人一道建立了百济国；辰韩建立了新罗国家。朝鲜半岛上形成三雄争霸的局面，史称三国时期。高句丽、百济和新罗三国之间互相争斗，一直打到公元七世纪。
自6世纪中叶开始，新罗国力日益强盛。在唐朝支持下，新罗与唐朝军队组成联军，于663年和668年先后征服百济和高句丽。在朝鲜半岛的大部分地区建立起统一的民族国家。[8]
在世界地图上，日本位于亚洲东面，太平洋的西北角。约1.5万年前，日本列岛仍旧与亚洲大陆相连，冰川期过后,出现了日本海，先后形成了朝鲜海峡、津轻海峡、宗谷海峡等。此后，日本逐渐脱离大陆。距今１万年前，形成现在的日本列岛。从日本向东，是浩瀚的太平洋。向北，是荒凉的西伯利亚大陆。向南，是太平洋最深的马里亚纳海沟。
与朝鲜史相比，日本的史书较为混乱，大量充斥着半真半假的神话与伪史。据研究日本的土壤呈酸性，人和动物的骨头难以长期存在，因而不能变为化石。而考古人员只能靠找远古地层中的石器来了解当时人类的文明。日本考古学会宣布，日本尚未发现石器时代早、中期遗址，也没有在列岛找到存在过猿人的证据。
日本人种学家埴原和郎经过研究指出，日本人起源有“二重结构模式”。该模式认为，在日本主要存在两个人群分支演化，一是从绳文时代人到现代阿伊努人；二是从弥生人到现代日本人。绳文人的祖先来自更新世晚期的东南亚古人类，弥生人的祖先则来自亚洲大陆东北部，包括西伯利亚东部、中国东北部和蒙古地区，他们到达日本后，与原住居民发生混血而形成现代日本人的主要成分。据人口每年增长的速率和头骨形态长期变化而做的计算机模拟显示，从弥生时代开始到8世纪的1000多年间,来自亚洲大陆的移民的整个数量被估计为从40万到超过100万，数量与规模巨大。日本NHK曾经播放过一档专题节目，指出本州日本人独有的线粒体基因类型仅占4.8%，而一半与韩国(24.2%)以及中国(25.8%)共有。日本人种学家佐原真在其《日本人的诞生》一书中，引据Y染色体的研究结果，指出在1.2万年前携带D2系统进入日本的“渡来人”，占当时绳纹人的34%，一万年前携带N系统的占5%，而两者都从朝鲜半岛而来。
一万多年前，日本地区的居民是阿伊努人（Ainu)，他们是最早迁过来的人群，从事渔猎，近亲属棕种人。他们创造了绳纹文化，带来了陶器，这种状态持续了数千年，而在公元前2世纪以后，带有铁器的中国大陆黄色人种通过朝鲜半岛，穿越海峡进入了日本，由于拥有铁器文明，这一族群数量开始爆炸，并融合了原住民，形成了日本民族的基础，今天日本人大多数的父系祖先来自大陆迁移者。
在古代，日本进入大陆的主要途径只有朝鲜半岛，因此，日本开化较晚，中华文明有文字记载的历史就已经有了5000多年，从中华文明进入成熟期的汉朝开始，日本文明才在文明史上露出身影，世界上用文字记载日本史的不是日本人，而是中国人。
在日本在处在石器时代（绳纹时代）时，中国已经处于春秋战国时代，形成了由富裕的贵族和贫穷的平民组成的帝王之国；帝国中出现了有高墙保护的城镇，人居住其中，国家处于向中央集权过渡阶段，不久，中国变成了世界上最大的帝国。到了这时候，中国人至少已经有了900年文字书写史，1500年金属工具史，已发明世界上第一个铁器，这些技术传播到朝鲜半岛。
据英国学者肯尼斯·韩歇尔的《日本小史》记载，日本人对于弥生时代的了解，基本来自中国文献。公元２世纪后，中国进入到汉朝的鼎盛期，随着大陆移民不断的迁入，日本列岛的人口和生产技术都有了提高，贫富分化加剧，各部族战争形态也日益激烈，日本列岛部族开始了大混战。在公元82年成书的《汉书·地理志》中，提到日本列岛由100个王国组成的倭地，倭人定期携贡物来汉朝在朝鲜的领地乐浪郡朝贡。当时的日本，还处于刀耕火种的蛮荒时代，日本人只能住在土洞里，其土木建筑技术是朝鲜人传授的。这时的日本人还没有自己的服装，没有针、剪，穿得很不成样式，《魏志·倭人传》记载，日本的男子“其衣横幅，但结束相连，略无缝”；日本的女子“作衣如单被，穿其中央，贯头衣之”。而且男子无论大小，都“鲸面文身，以朱丹涂其身”。即此时日本男人身上如同缠个麻袋，女人身上如背了床单被，浑身刺满了图腾物，还处于原始部落社会的状态。
在古代，“人多势众”往往是一个强国的基本条件，唯有先成为强国，才有可能最后一统天下。日本上古人口稀少，国力不振，因此极欢迎东亚大陆的“归化人”。日本在弥生末期（公元3世纪左右）人口估测约为200万至300万人，大和时代人口则显著增长，至500万人。而日本300至500万左右的人口，相对于当时汉朝6000多万人口仍很少。
据《后汉书倭传》，建武中元二年，日本国王遣使入汉都洛阳进贡，愿为汉臣藩。求汉皇赐名，汉遂赐“倭国”。其王又求汉皇赐封，光武帝又赐其为“倭奴王”，受赐“汉倭奴国王印”，安帝永初元年,“倭国王帅升等献生口百六十人,愿请见”。所谓献贡“生口”，即奴隶，在当时，能够作为贡品的,对于这些原始的部族集团来说,除了某些天然产品之外,就是奴隶——“生口”。1784年(清乾隆四十九年、日天明四年)，在日本北九州地区博多湾志贺岛，即出土一枚刻有“汉倭奴国王”五个字的金印。
在《三国志》《魏志·东夷传》中，用了约两千字的篇幅介绍了三国时代倭国的情况。书中提到了当时在日本有一个很大的女王国称“邪马台国”，下属30多个小国。统治该国的女王为“卑弥呼”。书中提道，邪马台国虽然历代也以男人为王，但是在连续六七十年的战争之后，他们拥立了卑弥呼担任女王。卑弥呼擅用鬼神之事迷惑百姓，年纪很大却没有结婚，只有弟弟辅佐朝政。卑弥呼为王以来从来没有外人能够见到她的面，只有千名仕女以及一名送伙食的男人出入宫闱。
据历史学家考证，邪马台国就在日本九州岛和本州岛，也是日本列岛中离中国大陆最近的地方，这一国对日本人历史文化产生了巨大影响，日本民族精神与风俗在这个国家得以奠定成型，中国语言学家郑张尚芳认为邪马台是Yamato(日语大和)的音译。二者之间的传承关系可见一斑。
邪马台国官吏从中央到地方分七级。中央一级官员由大倭、大率、大夫组成。大倭管理市场,大率是巡视地方的监察官，大夫是刺史。据记载，公元238年，卑弥呼女王派遣使者朝见魏帝曹睿。魏帝赐予卑弥呼以刻有“亲魏倭王”的紫绶金印一枚，包括铜镜百枚在内的礼物若干。邪马台国与列岛另一大势力狗奴国向来不和，卑弥呼女王曾特地遣使者来到魏国求助。而那些不接受邪马台统治的小国，则认为自己是吴泰伯（春秋战国时期吴国第一代君主）之后，与吴国亲近。
在邪马台国，政治制度建立在严格社会等级之上的，人群被划分为贵族（大人）、平民（下户）、奴隶（生口和奴婢）几个等级，大人皆四、五个妻子，是上层统治者，下户则有二、三个妻子。两者间的地位与尊卑差别明显。而奴婢和生口则具有奴隶性质。政治权力在以国王为中心的贵族中按等级分配。邪马台国以及在此基础上形成的大和国都奉行严格的等级制度。
据美国布朗大学历史学教授詹姆斯·麦克莱恩的《日本史》一书，大和国又称倭国、大倭国，晚于日本邪马台国，为4至7世纪日本奴隶制国家。大化改新后天皇执政，大和时期结束。
《日本书纪》是日本最早史书，成书于公元720年(唐开元8年)，记载了早期的日本历史。该书模仿中国史书的体裁称“书”称“纪”，记录皇家历史。就像隋唐以前中国史书的“本纪”一样，在记载初代帝王时，阑入很多神话和传说资料，以突显皇族的神圣渊源。
《日本书纪》分为“神代”和“人代”两个部分，“神代”是其神话传说时代，而“人代”则是日本皇族的历史。“人代”开篇于第一代“神武天皇”，称其在“辛酉年”(公元前660年)即位，开始了日本皇室“万世一系”的脉络。
日本第一代天皇神武天皇一直是个谜，被称为天照大神后裔，其在《日本书纪》中被称作为神日本磐余彦，在《古事记》中则名为神倭伊波礼毗古命。
《日本书纪》将神武天皇的谱系神祇化，追溯其玄祖为“天照大神”，而“天照大神”的父母则是“神世七代”的天神伊耶那岐、伊耶那美夫妇神。从“神武天皇”到《书纪》成书时的“今上”——“女帝”元正天皇(715-724在位)，近1400年，共有44代天皇。据日本历史学家考证，至少前十余代天皇，缺乏史料佐证，其后的谱系也多有不足凭信之处。而日本进入现代社会后，在很长时间内仍然将其视为信史，并写入近代日本第一部根本大法《明治宪法》(1889)，标榜天皇的法统，直至二战结束。
在日本明治时代，许多学者开始接纳日本历史上充斥着“渡来人”（移民）的说法，其中不少学者认定大和民族使这些陆续涌进的渡来人“和化”，即被归化与同化，单一民族“国体论”又变为“混合种族论”，之后又成为后来日本侵占台湾和朝鲜半岛的“借口”之一。既然日本皇族的血统都来自朝鲜半岛，那就证明古时候就是“日朝同族”，朝鲜半岛自然就是天皇的属地之一。这种“同文同种”之说又扩大到中国东北，又扩大到整个中国，成为日本军队侵华的依据之一。民族起源论，最后变成政治指南和国家行为的依据。
1872年，日本明治政府将神武天皇“践祚”之日用西历推算出来，定每年二月十一日为“纪元节”，作为日本的国庆日，全国庆祝。在战后，昭和天皇发表了“人间宣言”，宣布自己和所有日本人一样也是“凡人”，放弃皇族谱系的“神”性，1948年“纪元节”被废止。日本人推崇皇族的“万世一系”，正是想显示日本文化的正统和独特。虽然天皇在盟国占领军的胁迫之下放弃了日本皇族的“神”性，但很多日本人并不愿意放弃对自己民族的优越感。1966年在佐藤政权的运作之下，将“纪元节”改名为“建国纪念日”，恢复为法定节日，把被美国人切断的历史又重新连接起来。
在东亚地图上，日本西南面距离中国大陆约900公里，中间没有岛屿作为连接点。日本的九州岛距朝鲜半岛仅180公里，并且还有对马岛做连接点。中日间900公里的海洋距离并不远，但在古代却是很难投送军事力量的距离，大海与补给线难以轻松逾越。如从陆路进攻日本列岛，要穿过崎岖的朝鲜山脉，及准备好强大的海军力量，因此，日本一直处于一个安全的位置，可自主定位与中国的关系。由于朝鲜半岛夹在日本列岛与中国大陆之间，因此，半岛上的族群常受到中国北方的游牧民族及日本的双重力量挤压，就很难强大起来。
历史上，中国与日本在甲午战争之前，大规模的战争有三次，分别为唐朝白村江战争，元朝蒙古侵日战争，明朝万历战争，除元朝蒙古侵日战争外，战争均以日本失败告终。但冷兵器时代的背景下，日本没有足够的资源来实现其目标。而日本明治维新后卷土重来，之后的战争即是中日历史上的第四次战争。[9]
